PDB-4mky: Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mky

タイトル

Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with an annealed double-strand DNA break.

要素

5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'
5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'
DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

キーワード

TRANSFERASE/DNA / protein-DNA complex / transferase-DNA complex / Nucleotide-binding / polymerase / primase / transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication, synthesis of primer / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Brissett, N.C. / Doherty, A.J.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Molecular Basis for DNA Double-Strand Break Annealing and Primer Extension by an NHEJ DNA Polymerase.
著者: Brissett, N.C. / Martin, M.J. / Bartlett, E.J. / Bianchi, J. / Blanco, L. / Doherty, A.J.

履歴

登録	2013年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mky.cif.gz	500.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mky.ent.gz	411 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mky_validation.pdf.gz	484.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mky_full_validation.pdf.gz	518.3 KB	表示
XML形式データ	4mky_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	4mky_validation.cif.gz	65.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/4mky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/4mky	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2iruS 2irx 2iry 2r9l 3pky S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nq5-d 4hjq-d 5nwk-1 1oiz-d 6w2z-d 6ha9-d 1zc2-d 1o9e-1 5oyc-d 3wzj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

B: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

C: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

D: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

E: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

G: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

I: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

K: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

F: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

H: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

J: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

L: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

150 kDa, 12 ポリマー
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1

A: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

B: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

E: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

G: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

F: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

H: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 6 ポリマー
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2

C: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

D: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

I: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

K: 5'-D(P*DGP*DCP*DGP*DGP*DC)-3'

J: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

L: 5'-D(*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.580, 80.110, 118.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	10 - 291	10 - 291
2	1	B	B	10 - 291	10 - 291
1	2	A	A	10 - 293	10 - 293
2	2	C	C	10 - 293	10 - 293
1	3	A	A	10 - 293	10 - 293
2	3	D	D	10 - 293	10 - 293
1	4	B	B	10 - 291	10 - 291
2	4	C	C	10 - 291	10 - 291
1	5	B	B	10 - 291	10 - 291
2	5	D	D	10 - 291	10 - 291
1	6	C	C	10 - 293	10 - 293
2	6	D	D	10 - 293	10 - 293

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965 分子量: 32825.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT0965, MTCY08D9.01c, MTCY10D7.36c, Rv0938 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P71571, UniProt: P9WNV3*PLUS
#2: DNA鎖	5'-D(PDGPDCPDGPDGPDC)-3' 分子量: 1521.024 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: SYNTHESISED DNA
#3: DNA鎖	5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDGPDTPDAPDC)-3' 分子量: 3029.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESISED DNA
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 200mM Ammonium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.71
1	1	H, -K, -H-L	2	0.29

反射

解像度: 2.4→110.061 Å / Num. all: 58964 / Num. obs: 58964 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.53	6.4	0.825	0.9	0.825	1	96.1
2.53-2.68	6.3	0.619	1.2	0.619	1	96.5
2.68-2.87	6.2	0.424	1.8	0.424	1	97.9
2.87-3.1	6.2	0.284	2.7	0.284	1	99
3.1-3.39	6.4	0.147	5.2	0.147	1	99.8
3.39-3.79	6.8	0.108	7.1	0.108	1	99.9
3.79-4.38	7.3	0.069	10.8	0.069	1	100
4.38-5.37	7.4	0.05	14.1	0.05	1	100
5.37-7.59	7.3	0.053	13.2	0.053	1	100
7.59-46.008	7.1	0.032	16.9	0.032	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 46.5 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	37.64 Å
Translation	2.5 Å	37.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IRU

2iru

解像度: 2.4→37.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.616 / SU ML: 0.14 / SU R Cruickshank DPI: 0.0781 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24529	2951	5 %	RANDOM
R_work	0.19734	-	-	-
obs	0.19969	55990	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.6 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.065 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	19.02 Å²	0 Å²	-6.55 Å²
2-	-	40.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-59.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8680	1060	0	196	9936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.018	10064
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	1.862	13945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.164	5	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.837	22.617	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.86	15	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.128	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.021	7308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.908	2.266	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.4	3.817	5663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.113	2.328	5528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	330	0.25
1	2	B	330	0.25
2	1	A	337	0.26
2	2	C	337	0.26
3	1	A	347	0.25
3	2	D	347	0.25
4	1	B	331	0.27
4	2	C	331	0.27
5	1	B	327	0.25
5	2	D	327	0.25
6	1	C	336	0.26
6	2	D	336	0.26

LS精密化シェル

解像度: 2.397→2.459 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	202	-
R_work	0.277	3833	-
obs	-	-	91.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5953	0.1093	0.4156	1.2905	-0.1096	1.9775	0.0189	-0.201	-0.0818	0.2235	-0.0815	-0.1835	0.0138	0.2634	0.0626	0.1402	-0.0072	0.0606	0.1102	0.0462	0.3521	27.5717	-41.1871	33.1511
2	2.0054	0.1022	-0.3164	1.2161	0.2086	1.9353	0.0194	-0.3887	0.0891	0.2934	0.007	0.0876	0.0345	-0.2653	-0.0264	0.2525	-0.0096	0.0647	0.2566	-0.0204	0.4161	-12.0887	-40.5538	32.8619
3	2.4442	0.0812	0.2651	1.396	0.0898	1.7237	-0.0974	-0.3663	-0.1535	0.2969	0.0649	-0.1774	-0.1428	0.0914	0.0325	0.2303	0.0589	0.0709	0.1213	0.0326	0.4038	55.8753	0.9487	11.1152
4	1.2289	-0.0818	-0.4002	1.4938	0.0222	2.0402	0.0522	0.0257	0.0661	0.0707	-0.0279	0.0204	0.0026	-0.077	-0.0243	0.0718	-0.0094	0.0703	0.0053	0.006	0.3126	16.199	0.0252	11.3345
5	20.1476	-2.2371	8.6692	0.2867	-0.4307	11.3736	0.1213	0.0697	-0.2318	-0.0103	-0.0112	0.0443	-0.1246	0.2525	-0.1101	0.5097	-0.034	0.0552	0.4146	-0.101	0.4352	-12.1378	-40.9043	58.3955
6	17.0722	-0.6219	-2.2394	0.3194	-1.1573	5.4752	-0.0121	-0.0931	0.1086	0.0811	-0.0899	-0.0478	-0.3289	0.358	0.102	0.3339	-0.0254	-0.0508	0.3409	0.097	0.4105	27.3907	-38.1593	58.4494
7	2.8455	5.1658	1.3023	10.5433	3.544	2.0148	0.0906	-0.4967	-0.1732	0.135	-0.3484	-0.4049	-0.029	0.3491	0.2577	0.5794	0.0113	-0.1011	0.5413	0.1121	0.6561	55.8849	2.9406	36.6194
8	27.786	-15.6384	1.9115	12.9684	-1.8358	0.2744	0.2846	-0.6051	-0.4231	1.492	-0.1353	1.2924	-0.2778	0.0544	-0.1494	0.6862	-0.1678	0.3988	0.2141	-0.1375	0.3709	16.5642	-2.5353	36.5655
9	5.1603	0.5971	-3.8976	0.3093	-1.4258	7.2871	0.1082	-0.2404	-0.5835	0.0002	-0.0272	-0.0465	0.0623	0.0391	-0.081	0.5899	0.0086	0.0048	0.4764	0.0516	0.5569	1.1053	-41.1572	49.886
10	3.0087	1.9498	2.3461	1.7731	2.4492	3.554	0.0987	0.0034	0.4833	0.0756	-0.2447	0.2562	0.1343	-0.4084	0.1461	0.5912	0.0113	-0.0048	0.3384	-0.0183	0.4907	14.201	-38.8811	49.755
11	2.8121	1.8603	1.6858	1.8235	1.9189	2.1086	-0.0536	-0.0873	0.3466	0.0374	-0.0597	0.2218	0.0268	-0.0359	0.1133	0.5707	0.0195	0.1206	0.5122	0.0139	0.5284	42.5534	1.9473	28.0542
12	4.3833	2.2592	-2.3574	2.1441	-2.5938	3.2146	0.0201	0.131	-0.7644	-0.0215	-0.1932	-0.2636	0.0536	0.2774	0.173	0.4932	0.0723	-0.0015	0.2954	0.0181	0.458	29.7413	-1.7414	27.7984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 446
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 440
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	10 - 456
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 3
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	1 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	I	1 - 3
8	X-RAY DIFFRACTION	8	K	1 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	1 - 107
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	1 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	J	1 - 105
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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