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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mjz | ||||||
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タイトル | 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Orotidine-monophosphate-decarboxylase from Toxoplasma gondii. | ||||||
要素 | Orotidine 5'-phosphate decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / glycosyltransferase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Ruan, J. / Ngo, H. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Orotidine-monophosphate-decarboxylase from Toxoplasma gondii. 著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Ruan, J. / Ngo, H. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mjz.cif.gz | 233.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mjz.ent.gz | 189.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mjz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4mjz_validation.pdf.gz | 473.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4mjz_full_validation.pdf.gz | 485 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4mjz_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4mjz_validation.cif.gz | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3qw4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35041.387 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 12-318 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: ME49 / 遺伝子: TGGT1_010340 / プラスミド: pCCK-N'-6XHisTag-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic 参照: UniProt: B9PKU1, UniProt: B6KBH9*PLUS, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.09 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: Protein: 7.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3, 0.02M Magnesium chloride, 0.02M UMP Screen: JCSG+(C3), 0.2M Ammonium nitrate pH 6.3, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR ...詳細: Protein: 7.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3, 0.02M Magnesium chloride, 0.02M UMP Screen: JCSG+(C3), 0.2M Ammonium nitrate pH 6.3, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: Beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 16220 / Num. obs: 16220 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 53.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 797 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3QW4 解像度: 2.75→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 27.675 / SU ML: 0.265 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.175 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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