PDB-4mjm: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mjm

タイトル

Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Short Internal Deletion of CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta fold / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2544 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Short Internal Deletion of CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mjm.cif.gz	504 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mjm.ent.gz	415.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mjm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mjm_validation.pdf.gz	487.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mjm_full_validation.pdf.gz	524.2 KB	表示
XML形式データ	4mjm_validation.xml.gz	54.5 KB	表示
CIF形式データ	4mjm_validation.cif.gz	76 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tsdS 3tsb 3usb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ak5-1 4fez-1 1meh-1 1me7-1 4avf-d 6k9y-d 1eep-2 1mei-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP01178

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.328, 84.249, 84.313
Angle α, β, γ (deg.)	110.01, 109.22, 109.19
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 40756.746 Da / 分子数: 4 / 断片: IMPDH-S, Apo form 変異: Short internal deletion of CBS domain (95-200) and Gly is inserted at 95 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BA_0008, BAS0011, GBAA_0008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Magic 参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h-k-l,l,k / Fraction: 0.5
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 79311 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 36.1 Å² / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / R_sym value: 0.485 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TSD

3tsd

解像度: 2.2544→48.832 Å / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.48 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	4055	5.11 %
R_work	0.2064	-	-
obs	0.2094	79280	94.1 %
all	-	87137	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2544→48.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9632	0	32	464	10128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	13176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.602	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1571
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2544-2.2932	0.4112	178	0.4047	3564	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2932-2.3349	0.3452	211	0.3411	3891	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3349-2.3798	0.3532	219	0.3185	3891	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3798-2.4284	0.3319	213	0.2932	3901	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4284-2.4812	0.3376	193	0.2821	3975	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4812-2.5388	0.2803	193	0.2819	3897	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5388-2.6023	0.2884	187	0.2719	3894	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6023-2.6726	0.267	208	0.2714	3920	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6726-2.7512	0.2613	197	0.2551	3983	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7512-2.84	0.2795	214	0.2627	3895	X-RAY DIFFRACTION	93
2.84-2.9414	0.2845	234	0.2435	3946	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9414-3.0591	0.2661	216	0.2448	3887	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0591-3.1981	0.2593	205	0.2244	3910	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1981-3.3665	0.2442	233	0.219	4014	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3665-3.5772	0.2558	165	0.2091	3301	X-RAY DIFFRACTION	80
3.5772-3.8529	0.2256	117	0.1821	2464	X-RAY DIFFRACTION	58
3.8529-4.2397	0.1665	174	0.1576	3166	X-RAY DIFFRACTION	75
4.2397-4.8511	0.1772	198	0.1384	3902	X-RAY DIFFRACTION	93
4.8511-6.1039	0.1733	196	0.1639	3930	X-RAY DIFFRACTION	93
6.1039-30.6026	0.1882	200	0.1585	3988	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.128	-0.2163	0.8924	-0.0288	-0.4296	0.6052	-0.0976	0.504	-0.1927	0.1349	0.0859	-0.2934	-0.2104	-0.1978	-0.0204	0.3208	0.0606	0.0962	0.3858	-0.1077	0.3383	-15.2158	8.7136	-7.1077
2	1.5601	-0.7233	0.3813	5.0404	-1.5795	3.2189	-0.232	-0.1003	0.1508	0.2499	-0.0059	-0.4771	0.0178	-0.0246	0.2504	0.2854	0.0627	-0.0387	0.2394	-0.0012	0.2385	11.2603	1.1147	1.9214
3	3.5867	0.7105	0.9965	1.2305	0.6378	0.9962	0.071	-0.1487	-0.0304	0.0906	-0.0561	0.0598	0.2001	-0.1472	-0.0318	0.297	0.0586	-0.0291	0.2701	0.0584	0.1879	-7.1728	-2.4641	4.5568
4	1.5973	-0.1999	0.6699	0.2262	0.5844	1.4954	-0.0546	-0.0702	-0.212	-0.2559	0.1256	0.1606	-0.2211	0.049	-0.0892	0.3788	0.0725	0.0169	0.2713	0.0875	0.2904	-2.1016	3.3911	-13.3767
5	1.7041	0.6364	-0.8516	2.332	0.8971	0.8668	-0.1964	-0.2658	-0.1714	0.0724	0.2557	0.1954	0.2437	-0.0577	-0.1104	0.2943	0.0725	0.026	0.285	0.0324	0.3442	-34.2733	7.6068	-18.4136
6	2.9869	-0.0981	1.495	0.549	-0.0845	2.8204	-0.0151	0.3754	0.1883	-0.0519	0.0771	0.0055	-0.2071	0.0297	-0.0211	0.3733	0.0258	-0.0385	0.2448	0.0453	0.2598	-25.2694	26.2591	-43.017
7	7.3887	0.2707	-0.3031	7.8805	-1.3516	6.8082	-0.1938	-0.0553	-0.023	0.0823	0.0241	-1.5291	-0.1926	0.605	0.313	0.4419	-0.023	-0.0547	0.2349	-0.0713	0.5598	-12.2558	33.8663	-32.2229
8	4.7492	0.3361	0.8653	2.4689	1.1449	6.8235	-0.0269	-0.24	-0.2775	0.6593	0.1646	-0.4115	0.1386	-0.1138	-0.1113	0.4056	0.0129	-0.1321	0.243	-0.0514	0.4303	-17.0593	31.0598	-24.2829
9	1.3642	-0.0565	-1.1601	3.9268	-0.0063	2.158	-0.2606	0.0009	0.1167	0.5823	0.3267	-0.4318	0.0797	0.109	-0.1225	0.3583	0.0205	-0.0348	0.2797	-0.0088	0.2222	-22.1911	23.8444	-22.0694
10	1.6303	-0.5253	-0.4874	2.0406	-1.0406	1.1813	0.0227	0.1055	0.0366	0.0229	0.0699	0.0116	0.2266	-0.0596	-0.0781	0.3041	0.0329	-0.0429	0.2619	0.0395	0.1881	-28.1604	14.6647	-25.0085
11	4.1404	1.1558	0.0425	3.9351	-0.2104	2.1048	-0.2465	0.731	-0.9048	-0.6141	-0.1495	-0.3044	0.47	0.2764	0.3024	0.6103	0.0756	-0.0005	0.385	0.0267	0.3711	-18.8893	8.6418	-47.7001
12	1.4744	0.3267	0.3245	2.583	-1.3173	2.2483	-0.2695	0.1532	0.1913	0.304	-0.2038	-0.2067	-0.3507	-0.0283	0.4508	0.3146	0.0563	-0.0348	0.2763	0.0299	0.2324	-40.4315	8.3502	-27.4355
13	0.8521	0.0698	-0.1948	1.743	-1.4959	1.2231	0.4531	-0.8724	0.6612	0.5066	-0.0462	0.3019	-0.0195	-0.0982	-0.1714	0.6283	-0.0127	-0.2908	0.4269	0.3804	0.248	-42.9042	-10.4495	-15.1923
14	1.9554	1.032	0.5357	-0.0279	-0.0145	3.143	0.0142	0.2917	0.0401	-0.1905	0.1449	0.22	0.1638	-0.0026	-0.0961	0.438	0.0632	-0.1156	0.2934	0.0637	0.35	-58.0315	-20.1131	-41.3519
15	1.6138	-0.3361	2.2426	3.001	0.7957	4.4685	-0.1666	-0.0821	0.0699	-0.2493	0.1792	0.0158	-0.3268	-0.3746	0.0572	0.3263	0.1035	0.0014	0.3436	0.0842	0.3715	-57.2374	-4.0044	-33.5949
16	2.9645	0.0973	0.8278	0.7031	0.8913	1.3764	-0.1246	-0.2025	0.0832	0.233	0.0499	-0.1026	-0.1139	0.1803	0.1063	0.4699	-0.0299	0.0044	0.366	0.136	0.2494	-47.4543	-10.2047	-24.1278
17	0.9702	1.1406	1.012	1.8853	-0.4987	5.2166	0.0512	0.1905	-0.6136	-0.3344	0.1941	-0.3168	0.0159	1.3488	-0.1568	0.3443	0.1022	-0.0377	0.5571	-0.0616	0.4919	-40.832	-23.9365	-41.6835
18	2.3155	-0.672	-0.0262	1.7655	-0.3076	2.6438	0.4627	-0.0976	-0.1521	0.2595	-0.1494	-0.3929	0.2955	-0.0221	-0.3168	0.4663	-0.0479	-0.1994	0.3256	0.1805	0.5129	-44.9418	-22.8631	-19.1178
19	0.9322	-0.0603	-0.5033	0.8237	0.0771	0.3227	0.7468	0.047	-0.0873	0.4069	-0.3249	0.0473	0.5353	0.0534	-0.4396	0.6044	0.0681	-0.0698	0.4965	0.1218	0.2665	-21.9065	-17.8636	2.3011
20	0.9734	0.4951	0.5988	2.7969	3.308	3.7062	0.2129	0.0506	0.0525	-0.0319	-0.159	-0.2736	0.2137	-0.1404	-0.0239	0.3448	0.0795	-0.024	0.2482	0.0545	0.2769	-23.1297	-42.2401	-1.5443
21	3.689	0.3063	0.0255	1.9125	-0.2743	-0.0191	0.4923	-0.1805	-0.5114	0.2003	-0.0484	-0.4743	0.7177	0.2478	-0.4527	0.5047	0.1023	-0.0837	0.307	0.0197	0.5274	-17.976	-53.2563	2.2736
22	4.3257	0.9592	-0.8054	2.2652	1.0526	1.0344	0.1999	-0.147	-0.637	0.6208	-0.2717	0.3132	0.0074	-0.1217	0.0675	0.5348	0.055	-0.0711	0.2201	0.0328	0.3587	-29.818	-49.3649	1.7736
23	2.2383	-1.6033	1.5189	7.813	-0.0329	0.7249	0.1268	0.2435	-0.2276	-0.4362	-0.0775	0.6967	-0.0607	0.0728	-0.0149	0.2905	0.0263	-0.0299	0.3852	0.0537	0.2405	-40.5857	-39.0178	0.0784
24	1.41	-0.0529	-0.1897	2.2585	-0.5197	1.3645	0.0054	0.2964	-0.141	-0.506	-0.3479	0.1839	-0.0638	-0.2937	0.2116	0.3614	0.0578	-0.0807	0.3814	-0.031	0.2822	-28.7877	-28.3923	-4.3293
25	0.9419	-0.747	-0.5423	2.1201	0.0695	-0.148	0.1178	-0.0341	0.1854	-0.2253	-0.0115	-0.1117	0.0111	0.2389	-0.0457	0.388	0.026	-0.0715	0.3265	0.0656	0.3492	-15.5319	-26.9418	-5.3142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 257 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 258 through 363 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 364 through 470 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 28 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 29 through 223 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 224 through 242 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 243 through 270 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 271 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 312 through 367 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 368 through 437 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 438 through 469 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 0 through 28 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 29 through 257 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 258 through 310 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 311 through 356 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 357 through 427 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 428 through 470 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 5 through 33 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 34 through 77 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 78 through 210 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 211 through 243 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 244 through 293 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 294 through 375 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 376 through 472 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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