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万見
- PDB-4mix: PaToxG Glycosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mix
タイトルPaToxG Glycosyltransferase
要素Putative insecticidal toxin
キーワードTRANSFERASE / tyrosine glycosylation / UDP-GlcNAc / nucleotide-binding domain a/b/a / Rossmann-like / Glycosyltransferase / Rho-proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host Rho small GTPase signal transduction / mannosyl-inositol phosphorylceramide biosynthetic process / mannosyltransferase activity / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / toxin activity / calcium ion binding / host cell plasma membrane ...symbiont-mediated perturbation of host Rho small GTPase signal transduction / mannosyl-inositol phosphorylceramide biosynthetic process / mannosyltransferase activity / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / toxin activity / calcium ion binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #20 / Tox-PLDMTX domain / Dermonecrotoxin of the Papain-like fold / : / Glycosyltransferase, DXD sugar-binding motif / Glycosyltransferase sugar-binding region containing DXD motif / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / Toxin PAU_02230
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bogdanovic, X. / Wirth, C. / Hunte, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A bacterial toxin catalyzing tyrosine glycosylation of Rho and deamidation of Gq and Gi proteins.
著者: Jank, T. / Bogdanovic, X. / Wirth, C. / Haaf, E. / Spoerner, M. / Bohmer, K.E. / Steinemann, M. / Orth, J.H. / Kalbitzer, H.R. / Warscheid, B. / Hunte, C. / Aktories, K.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative insecticidal toxin
B: Putative insecticidal toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6996
ポリマ－75,4042
非ポリマー1,2954
水3,747208
1
A: Putative insecticidal toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3503
ポリマ－37,7021
非ポリマー6472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative insecticidal toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3503
ポリマ－37,7021
非ポリマー6472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.817, 42.127, 116.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative insecticidal toxin


分子量: 37702.242 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2114-2449 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica (バクテリア)
株: ATCC 43949 / 3105-77 / 遺伝子: PAU_02230 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* CdonPlus
参照: UniProt: C7BKP9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 500 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月10日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→57.38 Å / Num. all: 64580 / Num. obs: 64580 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.0229 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 9347 / Rsym value: 0.0245 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
AutoSol- Phenix位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→56.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.649 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26297 3257 5.1 %RANDOM
Rwork0.22249 ---
obs0.2245 61067 98.37 %-
all-62079 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å2-0 Å20.42 Å2
2---0.67 Å2-0 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→56.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4327 0 80 208 4615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.024657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.9976352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3415603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95425.392204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.915805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9541517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213487
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 222 -
Rwork0.388 4431 -
obs-4653 96.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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