PDB-4mig: Pyranose 2-oxidase from Phanerochaete chrysosporium, recombinant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mig

タイトル

Pyranose 2-oxidase from Phanerochaete chrysosporium, recombinant wild type

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HOMOTETRAMER / GMC OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / PYRANOSE 2-OXIDASE / SUGAR OXIDOREDUCTASE / FLAVINYLATION / HYPHAE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Phanerochaete chrysosporium (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hassan, N. / Tan, T.C. / Spadiut, O. / Pisanelli, I. / Fusco, L. / Haltrich, D. / Peterbauer, C. / Divne, C.

引用

ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of Phanerochaete chrysosporium pyranose 2-oxidase suggest that the N-terminus acts as a propeptide that assists in homotetramer assembly.
著者: Hassan, N. / Tan, T.C. / Spadiut, O. / Pisanelli, I. / Fusco, L. / Haltrich, D. / Peterbauer, C.K. / Divne, C.

履歴

登録	2013年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mig.cif.gz	920.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mig.ent.gz	764.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mig_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mig_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4mig_validation.xml.gz	98 KB	表示
CIF形式データ	4mig_validation.cif.gz	143.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mig	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mifC 4mihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mih-2 4mih-1 4mif-d 3glh-2 6ciq-1 2q2b-2 3q5e-d 4rxo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

C: Pyranose 2-oxidase

D: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

293 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.544, 166.448, 91.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / P2O / P2Ox / POD / POx / PROD / Pyranose oxidase / FAD-oxidoreductase / Glucose 2-oxidase / ...

分子量: 72289.758 Da / 分子数: 4 / 断片: PYRANOSE 2-OXIDASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: p2o, p2ox, pox / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6QWR1, pyranose oxidase

#2: 化合物

ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂

分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂

#3: 糖

ChemComp-G3F / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucopyranose / 3-デオキシ-3-フルオロ-β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁FO₅

#4: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS, 0.1 M MnCl2, 30% (w/v) PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double-crystal monochromator Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.95 Å / Num. all: 235360 / Num. obs: 235360 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→44.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.249 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21427	1514	0.6 %	RANDOM
R_work	0.17334	-	-	-
obs	0.1736	233846	99.02 %	-
all	-	233846	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	-0.9 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18105	0	268	1644	20017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.02	18992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12833
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.003	1.965	25876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.052	3	31233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.878	5	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.011	23.853	885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.164	15	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.88	15	122
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.166	0.2	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	20937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3863

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.897 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	203	-
R_work	0.255	33592	-
obs	-	-	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7532	0.0453	0.3356	1.1752	-0.4016	2.8965	0.0102	0.0798	-0.2159	-0.0837	-0.0513	-0.2556	0.293	0.2716	0.0411	0.0458	0.032	0.0115	0.0286	-0.0004	0.0813	117.4273	22.191	27.7706
2	0.3154	0.0062	0.3296	0.0614	-0.0084	0.5675	-0.0059	0.0025	-0.0319	-0.0434	0.0025	-0.0002	-0.0304	0.0005	0.0034	0.0599	-0.0002	0.0029	0.0523	0.0043	0.0465	106.7968	39.6142	16.895
3	1.0309	0.1604	-0.0814	1.4387	-0.7738	1.1538	-0.0485	0.03	0.0275	-0.0103	-0.0282	-0.1561	-0.0161	0.1111	0.0767	0.0053	-0.0053	-0.0047	0.0705	-0.0044	0.027	127.4491	42.8994	17.6336
4	0.5424	0.0522	-0.2225	0.5318	-0.2979	0.8725	-0.0206	-0.0185	-0.0427	0.0475	0.0077	0.0069	0.0493	-0.03	0.013	0.0435	0.007	-0.0174	0.0623	-0.0185	0.0371	106.3085	34.789	24.7954
5	1.5597	-0.4734	-1.2154	0.2939	0.1934	2.6049	-0.0639	0.1536	-0.0971	-0.076	-0.0614	-0.0241	0.1309	0.1308	0.1253	0.0695	-0.0148	0.023	0.0906	0.0189	0.0628	125.47	48.9371	6.0286
6	0.305	0.0301	-0.0366	0.3757	-0.2465	0.6253	-0.0179	-0.0116	0.0032	0.0159	-0.0085	0.0066	-0.0063	-0.03	0.0264	0.0333	0.0042	-0.0018	0.0439	-0.0103	0.0175	106.0643	45.0424	23.1022
7	2.1483	-0.5656	-0.0391	2.2066	0.0527	0.5897	0.0054	-0.309	-0.1584	0.2953	0.0056	0.0145	0.145	0.0914	-0.0109	0.0838	0.0174	-0.0219	0.0688	0.0071	0.0373	125.1395	7.7614	5.4865
8	0.2181	0.0152	-0.0097	0.6815	-0.0375	0.1726	0.0074	0.0183	-0.007	0.0329	-0.0214	-0.0769	-0.0112	0.0351	0.0139	0.0113	0.0109	-0.0032	0.0303	-0.0008	0.0376	116.2537	31.6488	-4.509
9	1.7637	-0.4586	-0.4211	0.8335	0.0387	1.1969	0.0359	0.0925	-0.1703	-0.1146	-0.0029	0.0379	0.1274	-0.0153	-0.033	0.117	-0.0106	-0.009	0.0089	-0.0234	0.1068	101.216	5.7883	-12.1647
10	0.9539	-0.1062	-0.0403	0.4167	-0.0994	0.4373	0.0097	-0.0134	-0.0652	0.0014	-0.0094	-0.1256	0.0751	0.1412	-0.0003	0.0801	0.0357	0.0082	0.0559	-0.0195	0.0975	119.6855	14.5629	-5.5271
11	2.0253	-0.5673	-1.625	1.2806	0.5806	2.6869	0.0271	-0.1608	0.1173	0.1226	0.0409	0.0307	-0.0928	0.0432	-0.068	0.088	0.0057	-0.0009	0.0592	-0.0014	0.1048	92.9064	19.8532	-5.1703
12	0.71	-0.0721	0.063	0.3992	-0.0727	0.3774	0.0158	0.057	-0.0527	-0.0438	-0.0025	-0.094	0.0593	0.11	-0.0133	0.0469	0.0265	0.0201	0.0441	-0.0161	0.0483	114.8851	17.1138	-16.5437
13	2.3573	0.2329	-0.7679	2.1645	-0.7362	1.0929	0.0135	0.2506	0.3018	-0.1474	0.0534	0.3534	-0.0981	-0.2144	-0.0669	0.0811	0.0065	-0.0569	0.0649	0.0171	0.1168	91.5891	83.1468	-34.0895
14	0.4409	-0.5653	-0.0727	1.391	0.0893	0.0537	0.0056	0.0224	0.0241	0.001	-0.0187	0.0167	-0.0023	0.0042	0.0131	0.0484	-0.0089	-0.0004	0.0486	0.0052	0.0117	99.5663	56.419	-23.5516
15	0.6674	-0.2093	-0.0603	0.6037	-0.0451	0.7342	-0.0376	-0.01	0.1038	0.0374	-0.0069	-0.065	-0.1047	0.0433	0.0445	0.0579	-0.0219	-0.0144	0.0114	0.0113	0.0625	103.7531	80.3327	-12.2011
16	0.49	-0.0557	-0.135	0.5052	-0.2059	1.0121	-0.0278	0.1324	0.0636	-0.1101	-0.0242	-0.0612	-0.0466	0.0498	0.052	0.059	-0.025	0.008	0.0492	0.0254	0.0671	105.6346	75.6098	-27.0972
17	2.701	0.7655	-0.8848	1.3774	-0.5435	1.0149	-0.0906	0.0886	-0.1348	-0.0117	0.0614	0.1254	0.0899	-0.1493	0.0292	0.1031	-0.005	-0.0019	0.0651	-0.007	0.0835	95.1089	70.5531	-1.4027
18	0.451	-0.0015	-0.0661	0.4724	-0.2004	0.6882	-0.0302	0.0875	0.0649	-0.0578	-0.0165	-0.0809	-0.0483	0.0993	0.0467	0.035	-0.0243	0.0071	0.0394	0.0211	0.0585	112.99	73.72	-18.6647
19	2.8338	-0.6333	0.8448	1.5087	0.1554	2.131	-0.0169	0.2935	0.3554	-0.19	-0.0182	-0.1422	-0.2602	0.1455	0.0351	0.0915	-0.0245	0.0048	0.0384	0.0404	0.0614	71.8468	68.1958	-34.7949
20	0.3778	0.0405	0.3266	0.1478	0.0083	0.5182	-0.006	0.0032	-0.0031	-0.0014	0.0089	-0.0436	-0.0371	0.0057	-0.0028	0.035	0.0066	0.0028	0.028	0.0006	0.0314	78.9146	51.0078	-21.8841
21	1.3994	-0.7296	-0.0659	1.5325	0.0217	1.0972	0.0453	0.1286	-0.0088	-0.1813	-0.0148	-0.0221	0.0894	0.102	-0.0305	0.057	-0.0117	0.0156	0.0976	-0.0099	0.0102	86.5014	44.5946	-41.6258
22	0.8366	-0.284	-0.101	0.4333	-0.0344	0.4564	-0.0205	0.0052	0.0591	-0.0026	0.0175	0.048	-0.0753	-0.0228	0.003	0.0895	-0.0179	-0.01	0.083	-0.0014	0.0615	71.286	56.7668	-24.9623
23	2.9911	0.3322	-0.9751	0.2021	-0.2693	0.8661	0.1249	-0.0199	0.2535	0.0119	-0.0331	-0.0314	-0.1012	0.167	-0.0918	0.0601	-0.0057	0.021	0.0886	-0.0163	0.0546	95.302	41.9058	-36.0544
24	0.6372	-0.2477	0.0865	0.3668	-0.0598	0.3072	-0.0123	-0.0205	0.0115	0.0051	0.0148	0.0224	-0.0157	-0.0141	-0.0026	0.0493	-0.009	0.0023	0.0536	0.0003	0.032	72.8824	45.3842	-23.0648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	202 - 272
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	273 - 415
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	416 - 467
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	468 - 617
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	10 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	70 - 161
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	162 - 251
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	252 - 419
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	420 - 467
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	468 - 617
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	13 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	71 - 129
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	130 - 264
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	265 - 419
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	420 - 467
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	468 - 617
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	13 - 71
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	72 - 201
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	202 - 264
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	265 - 415
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	416 - 467
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	468 - 617

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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