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- PDB-4mih: Pyranose 2-oxidase from Phanerochaete chrysosporium, recombinant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mih
タイトルPyranose 2-oxidase from Phanerochaete chrysosporium, recombinant H158A mutant
要素Pyranose 2-oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HOMOTETRAMER / GMC OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / PYRANOSE 2-OXIDASER OXIDOREDUCTASE / FLAVINYLATION / HYPHAE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Pyranose 2-oxidase / : / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucopyranose / Pyranose 2-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hassan, N. / Tan, T.C. / Spadiut, O. / Pisanelli, I. / Fusco, L. / Haltrich, D. / Peterbauer, C. / Divne, C.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of Phanerochaete chrysosporium pyranose 2-oxidase suggest that the N-terminus acts as a propeptide that assists in homotetramer assembly.
著者: Hassan, N. / Tan, T.C. / Spadiut, O. / Pisanelli, I. / Fusco, L. / Haltrich, D. / Peterbauer, C.K. / Divne, C.
履歴
登録2013年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_ref_seq_dif.details / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyranose 2-oxidase
B: Pyranose 2-oxidase
C: Pyranose 2-oxidase
D: Pyranose 2-oxidase
E: Pyranose 2-oxidase
F: Pyranose 2-oxidase
G: Pyranose 2-oxidase
H: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,49724
ポリマ－554,7558
非ポリマー7,74216
水13,962775
1
A: Pyranose 2-oxidase
B: Pyranose 2-oxidase
C: Pyranose 2-oxidase
D: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,24812
ポリマ－277,3784
非ポリマー3,8718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24230 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area78830 Å2
手法PISA
2
E: Pyranose 2-oxidase
F: Pyranose 2-oxidase
G: Pyranose 2-oxidase
H: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,24812
ポリマ－277,3784
非ポリマー3,8718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24120 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area78860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.100, 167.099, 168.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pyranose 2-oxidase / P2O / P2Ox / POD / POx / PROD / Pyranose oxidase / FAD-oxidoreductase / Glucose 2-oxidase / ...P2O / P2Ox / POD / POx / PROD / Pyranose oxidase / FAD-oxidoreductase / Glucose 2-oxidase / Pyranose:oxygen 2-oxidoreductase


分子量: 69344.406 Da / 分子数: 8 / 変異: H158A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: p2o, p2ox, pox / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6QWR1, pyranose oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 糖
ChemComp-G3F / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucopyranose / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucose / 3-deoxy-3-fluoro-D-glucose / 3-deoxy-3-fluoro-glucose / 3-デオキシ-3-フルオロ-β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
b-D-Glcp3fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M NH4Cl, 15% (w/v) PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04094 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: bent Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04094 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.56 Å / Num. all: 233009 / Num. obs: 233009 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.558 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 1500 0.64 %
Rwork0.2054 --
obs0.2058 232946 98.41 %
all-232945 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36504 0 520 775 37799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00838040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16551852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.02513956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0785676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47750.39021370.322520751X-RAY DIFFRACTION97
2.4775-2.5660.35821260.29620886X-RAY DIFFRACTION98
2.566-2.66870.31751410.271820862X-RAY DIFFRACTION98
2.6687-2.79020.31261350.259620893X-RAY DIFFRACTION98
2.7902-2.93730.28471530.24120940X-RAY DIFFRACTION98
2.9373-3.12130.32431470.243221030X-RAY DIFFRACTION99
3.1213-3.36220.29831300.237421061X-RAY DIFFRACTION99
3.3622-3.70050.2741310.212621139X-RAY DIFFRACTION99
3.7005-4.23570.26741270.184321204X-RAY DIFFRACTION99
4.2357-5.33540.22471280.158721254X-RAY DIFFRACTION99
5.3354-48.5680.19171450.161721426X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23420.0316-0.14990.2334-0.16420.1941-0.0457-0.0217-0.12730.03970.0952-0.12740.09970.2782-0.02750.12930.07780.06750.2631-0.16890.3956-32.0748-57.3594-23.2151
20.39430.06180.12930.25740.3610.5087-0.08620.16610.2009-0.214-0.0647-0.007-0.3306-0.0676-0.07760.2586-0.0051-0.00750.1987-0.04290.2117-47.2868-24.6997-31.3008
30.4904-0.1160.1960.21420.10210.23280.07160.0223-0.3045-0.0609-0.02440.13210.0356-0.05210.03660.12290.03220.00870.1324-0.04370.3086-55.7137-58.62-21.8128
40.06370.0306-0.05320.0607-0.00270.2078-0.0024-0.1667-0.18190.06980.01040.09860.15150.0130.0010.1599-0.0043-0.03040.20020.0370.385-46.9842-60.135-11.8336
50.1372-0.06380.00240.0345-0.01160.01570.04360.2049-0.1369-0.1520.0719-0.11420.060.13860.28490.17180.030.12930.4037-0.20630.2754-40.1329-53.8318-39.5895
60.1492-0.0295-0.12940.12750.1110.17320.0044-0.3374-0.15810.29670.026-0.00990.09840.09210.01230.2659-0.0390.06020.27670.09580.2798-57.3109-52.1158.3633
70.11650.0318-0.02840.0832-0.09170.10410.0203-0.12920.03380.03840.0340.0517-0.04080.01650.12250.06410.0110.03540.2206-0.01960.2296-59.6624-49.4242-13.5415
80.2696-0.12180.04360.33520.09870.13430.05470.2168-0.2115-0.15420.0201-0.0519-0.00280.0470.10410.00130.08410.0370.208-0.17510.2358-55.3114-52.6194-30.6526
90.6575-0.12990.04870.11510.33971.37130.0238-0.1563-0.51570.00940.0234-0.04840.4530.1097-0.01550.17750.0869-0.01840.36060.03640.5095-14.5155-47.3375-2.9813
100.6254-0.17950.20030.51230.18550.6319-0.0099-0.00930.0004-0.0748-0.0022-0.2814-0.02710.21420.00990.09820.04360.04960.238-0.03030.3168-25.6847-30.8159-11.4572
111.2147-0.0561-0.04560.93460.14230.3944-0.0761-0.1444-0.014-0.05380.114-0.2166-0.00540.12090.01530.0550.03750.02380.2077-0.0410.2207-27.0186-25.2093-6.4735
120.4062-0.0893-0.2130.16590.05190.1195-0.0473-0.12840.41930.0051-0.07230.2433-0.3236-0.4276-0.05140.44210.3274-0.2560.5537-0.31870.7881-90.0679-3.6543-6.0107
130.25510.03270.01820.06290.0670.1555-0.1155-0.30610.1903-0.0351-0.20480.3434-0.2108-0.3465-0.310.13320.2519-0.10380.5815-0.36410.5832-85.7023-18.7454-2.6104
140.6804-0.03660.05270.38350.09110.3494-0.0327-0.36450.1584-0.0581-0.06680.349-0.1787-0.42590.2254-0.17520.2993-0.02070.4694-0.26170.39-83.1186-23.9167-3.7099
150.4005-0.4698-0.44370.67660.37540.65550.03530.0689-0.15040.036-0.04360.3683-0.0111-0.1948-0.29840.59910.2089-0.26810.34350.02880.7126-85.170413.4358-27.1025
160.0559-0.0213-0.00840.1956-0.08380.2508-0.12420.03690.2531-0.1558-0.04620.0572-0.2086-0.0794-0.26510.45130.1185-0.27540.2361-0.05510.4252-70.3506-4.1621-22.8203
170.1915-0.0420.02810.43610.42070.7546-0.0580.02420.3781-0.25930.0788-0.0978-0.26270.05140.03460.42720.0732-0.19350.1626-0.00410.604-57.143814.7537-14.4663
180.807-0.03250.010.63180.01940.1375-0.01290.14920.3161-0.43840.03420.2736-0.2122-0.0270.00010.49330.103-0.25150.14820.04720.5048-63.13824.5108-25.1675
190.8647-0.0743-0.14670.22540.26740.4357-0.0867-0.2484-0.27780.15650.02480.04110.2897-0.0190.02580.3640.02450.12160.1982-0.02870.1885.626-82.2015-54.0265
200.5021-0.1466-0.15120.6161-0.12460.5966-0.0541-0.143-0.05590.20830.0248-0.03050.0469-0.0330.02090.22260.03080.05030.161-0.050.07446.3261-68.131-51.255
210.11630.07590.07340.1797-0.0620.1434-0.0970.0644-0.00260.0253-0.0203-0.0121-0.1081-0.0383-0.01070.25760.0399-0.02160.1658-0.07670.138811.1513-58.524-57.6207
220.1441-0.12730.07560.21560.05780.1702-0.077-0.0618-0.04470.14270.01040.1425-0.0357-0.14910.27030.26910.0350.10140.185-0.07810.0723-2.7453-63.7118-55.6183
230.3899-0.12290.03640.35150.11680.31-0.0315-0.1272-0.2120.20490.0302-0.19320.16110.08630.00060.3420.0354-0.06960.2077-0.0040.342126.1893-88.4598-61.0093
240.459-0.00370.04130.9055-0.00530.8099-0.0029-0.0563-0.18920.02840.0291-0.29510.17590.06810.00170.30070.0281-0.00060.1712-0.02770.287726.8697-95.9123-72.5089
250.1948-0.0346-0.06940.23960.17680.1870.08810.20080.0915-0.3995-0.0911-0.2329-0.00260.16180.00260.4046-0.07630.10730.36420.05940.461335.8397-43.8407-96.4257
260.59180.0768-0.17140.8127-0.0660.7721-0.02460.10660.2141-0.0740.0293-0.3774-0.24350.16160.00190.3188-0.09560.0160.18750.02940.350730.563-34.3613-84.1363
270.4498-0.13650.13310.25750.13580.193-0.04610.30140.2396-0.33240.0373-0.1032-0.02730.16890.01440.5127-0.09270.02020.34120.08080.22616.9437-51.9934-107.9414
280.42180.0732-0.02830.8266-0.07130.6938-0.11810.34260.063-0.46410.0181-0.21870.01520.1524-0.02250.5081-0.10790.07120.3504-0.02930.10319.9591-64.4583-112.7396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 230 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 231 through 268 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 269 through 395 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 396 through 439 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 440 through 470 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 471 through 617 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 34 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 35 through 287 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 288 through 617 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 99 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 100 through 306 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 307 through 617 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 34 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 35 through 172 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 173 through 263 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 264 through 617 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 1 through 119 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 120 through 439 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 440 through 493 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 494 through 617 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 1 through 172 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 173 through 617 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 1 through 146 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 147 through 617 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 1 through 172 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 173 through 617 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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