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- PDB-2q2b: Crystal structure of the C-terminal domain of mouse acyl-CoA thio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2b
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of mouse acyl-CoA thioesterase 7
要素Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
キーワードHYDROLASE / Acot7 / C-terminal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


palmitoyl-CoA hydrolase / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty acid catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / neuron projection / mitochondrial matrix / neuronal cell body / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain profile. / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guncar, G. / Forwood, J.K. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for recruitment of tandem hotdog domains in acyl-CoA thioesterase 7 and its role in inflammation.
著者: Forwood, J.K. / Thakur, A.S. / Guncar, G. / Marfori, M. / Mouradov, D. / Meng, W. / Robinson, J. / Huber, T. / Kellie, S. / Martin, J.L. / Hume, D.A. / Kobe, B.
履歴
登録2007年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
B: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9142
ポリマ－39,9142
非ポリマー00
水99155
1
A: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
B: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase

A: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
B: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase

A: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
B: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7416
ポリマ－119,7416
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area39530 Å2
手法PISA
2
A: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
B: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,48112
ポリマ－239,48112
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area22330 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area75280 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.743, 136.743, 99.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Long chain acyl-CoA thioester hydrolase / CTE-II / CTE-IIa / Brain acyl-CoA hydrolase / Acyl-CoA ...Long chain acyl-CoA thioester hydrolase / CTE-II / CTE-IIa / Brain acyl-CoA hydrolase / Acyl-CoA thioesterase 7


分子量: 19956.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Acot7, Bach / プラスミド: pDEST-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q91V12, palmitoyl-CoA hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20-30%PEG 3350, 0.1M Tris, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月6日
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.4 Å / Num. obs: 11896 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1480

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VPM

1vpm


解像度: 2.5→28.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 23.407 / SU ML: 0.262 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.478 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2878 629 5 %RANDOM
Rwork0.22209 ---
obs0.22516 11896 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2187 0 0 55 2242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9552944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8575276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.3623.87193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.97915376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.111514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3771.51425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63522241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.023837
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6624.5703
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 50 -
Rwork0.3 864 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.356-1.3834-10.83595.447-0.53912.15680.8709-0.21421.06690.4999-0.02880.672-2.17880.1851-0.84210.5414-0.01920.05130.14490.04410.2871-25.888611.908536.2347
27.13838.5659-1.600414.4028-1.8040.3621-0.22330.9732-0.9825-1.73420.3933-1.42610.22580.5009-0.170.6346-0.0264-0.01270.6809-0.02250.3131-11.72392.303415.3564
34.4642-2.6756-6.66139.08585.625821.51160.34950.2329-0.20990.1521-0.0901-0.2644-0.12010.4525-0.25940.0656-0.1083-0.08440.15510.03270.0471-17.29821.721529.0577
41.8278-0.493-1.43715.3435-0.71726.4602-0.01320.1669-0.02580.3248-0.3470.5267-0.42630.19260.36020.090.0152-0.05960.22250.04710.1856-22.2966-1.112433.8381
58.60153.4082-12.196114.9082-3.30717.46450.37171.74651.3636-2.60910.30430.7175-0.04190.2784-0.6760.74480.0446-0.00090.69150.040.3238-17.1762.60511.0584
611.0684.8211-7.73977.5875-4.78766.5782-0.00390.74690.25860.01410.18480.5513-0.4708-0.5097-0.18090.1090.0601-0.12480.22310.02130.1134-25.11635.405428.2902
74.47870.3412-2.40693.1804-0.879113.51160.17960.38680.12620.11240.5140.7873-0.6168-0.706-0.6936-0.0012-0.0049-0.070.06880.03510.1799-26.6031.500630.9864
829.9888-4.62624.77620.7149-0.79353.31670.14230.12612.6353-1.8805-0.39550.1865-1.28460.440.25321.033-0.0758-0.1160.6285-0.01140.5313-19.388712.862911.0703
93.7736-0.7582.91133.2629-3.302532.30390.2359-0.0471-0.1508-0.08380.28460.41621.21090.7399-0.52050.0589-0.0081-0.09310.0071-0.01340.1505-22.7089-3.487435.8235
1022.3448-13.44226.210719.041-7.81847.68730.40930.11540.35720.8324-0.14910.658-0.8037-0.3051-0.26030.28590.04780.13180.15060.06940.2064-30.00561.945343.8228
1113.4536-1.02466.875217.3993-3.122413.0081-0.03280.23591.2447-0.5193-0.28491.0525-1.4062-1.85320.31780.33330.2480.05630.43190.14870.5907-38.8597.578232.6668
120.78692.2448-3.96239.8151-7.924525.23360.11710.6759-0.5384-0.10760.630.43230.3478-1.9923-0.7471-0.0498-0.1673-0.1230.43540.07690.6078-36.1088-6.423833.4794
136.3556-1.56772.20139.93953.59129.69530.40811.2862-1.4422-0.8029-0.57090.50561.72350.34190.16280.48290.1541-0.08540.5104-0.31270.3959-13.4715-25.814113.9632
1417.5245-11.115-4.091321.69285.17191.40870.2178-0.38922.59680.53560.0899-1.5275-0.8825-0.4445-0.30780.36860.0223-0.08810.4917-0.14140.3453-5.5464-10.65733.8868
156.6162-5.9767-7.73567.68922.221518.9639-0.0388-0.39270.09590.11580.25-0.1199-1.12390.9312-0.21110.0911-0.0381-0.08530.2837-0.02710.1048-12.7685-7.699427.5797
1612.311-2.3785-5.9295.352-0.920726.1296-0.15271.1355-0.3003-0.58820.18270.5477-0.07111.9445-0.030.27260.0845-0.16280.4199-0.12180.1022-12.7512-14.71116.6395
173.5788-2.34640.32576.02464.35646.82490.52581.0309-0.4877-1.2108-0.47180.1598-0.39110.3454-0.0540.36510.0215-0.13990.4597-0.08670.3159-18.5106-13.235416.2696
1819.8241.5971-7.277511.8381-7.12776.3259-0.2979-2.6633-0.30291.84630.40440.2644-1.2101-0.0252-0.10660.41070.0656-0.02590.5937-0.22910.329-10.7311-13.306238.2338
1910.2470.30911.59393.3783-1.75932.25670.57750.8048-0.8622-0.9598-0.35270.46881.0509-0.2801-0.22480.44110.0398-0.18120.3167-0.22820.2951-20.2083-19.421916.9919
2020.1045-1.756726.99234.4169-3.597453.67640.84160.348-0.9637-0.4259-0.39270.45971.37770.1958-0.44890.02460.0417-0.08490.0936-0.18110.2517-16.8109-18.854825.0038
2123.9123-3.72135.59546.1957-8.786713.43490.0462-2.3707-0.96990.4424-0.1212-0.28120.49430.40790.07490.32280.05-0.04970.47120.01350.2701-11.0026-19.451337.1563
223.2883-0.25990.5713.66771.48855.9260.16741.2670.4306-1.564-0.0073-0.3378-0.5160.5406-0.16010.62290.0714-0.08840.6794-0.05240.3743-19.9853-10.6089.6988
239.65520.0657-2.932813.7769-0.09788.22770.34861.1463-1.4391-0.5733-0.87580.57250.3884-0.19290.52720.4617-0.0669-0.31740.5154-0.31170.639-23.7341-25.367612.5324
2414.13196.1782-8.820325.4768-0.502920.77280.42590.5165-1.83951.4393-0.31433.4167-0.0098-0.7183-0.11160.2886-0.1429-0.39410.768-0.27520.5788-32.1102-18.977617.5968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA177 - 18818 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2AA189 - 20630 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3AA207 - 22148 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4AA222 - 23863 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5AA239 - 24580 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6AA246 - 25887 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7AA259 - 270100 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8AA271 - 281112 - 122
9X-RAY DIFFRACTION9AA282 - 298123 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10AA299 - 307140 - 148
11X-RAY DIFFRACTION11AA308 - 317149 - 158
12X-RAY DIFFRACTION12AA318 - 326159 - 167
13X-RAY DIFFRACTION13BB177 - 18818 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14BB189 - 20330 - 44
15X-RAY DIFFRACTION15BB204 - 21245 - 53
16X-RAY DIFFRACTION16BB213 - 22154 - 62
17X-RAY DIFFRACTION17BB222 - 23863 - 79
18X-RAY DIFFRACTION18BB239 - 24780 - 88
19X-RAY DIFFRACTION19BB248 - 26189 - 102
20X-RAY DIFFRACTION20BB262 - 271103 - 112
21X-RAY DIFFRACTION21BB272 - 286113 - 127
22X-RAY DIFFRACTION22BB287 - 297128 - 138
23X-RAY DIFFRACTION23BB298 - 315139 - 156
24X-RAY DIFFRACTION24BB316 - 326157 - 167

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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