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- PDB-1hmd: THE STRUCTURE OF DEOXY AND OXY HEMERYTHRIN AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hmd
タイトルTHE STRUCTURE OF DEOXY AND OXY HEMERYTHRIN AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素HEMERYTHRIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemerythrin / Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Haemerythrin / Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / MU-OXO-DIIRON / Hemerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Themiste dyscritum (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Holmes, M.A. / Letrong, I. / Turley, S. / Sieker, L.C. / Stenkamp, R.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Structures of deoxy and oxy hemerythrin at 2.0 A resolution.
著者: Holmes, M.A. / Le Trong, I. / Turley, S. / Sieker, L.C. / Stenkamp, R.E.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: Active Site Structures of Deoxyhemerythrin and Oxyhemerythrin
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Mccallum, J.D. / Sanders-Loehr, J.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1984
タイトル: Binuclear Iron Complexes in Methemerythrin and Azidomethemerythrin at 2.0-Angstroms Resolution
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983
タイトル: Adjustment of Restraints in the Refinement of Methemerythrin and Azidomethemerythrin at 2.0 Angstroms Resolution.
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982
タイトル: Restrained Least-Squares Refinement of Themiste Dyscritum Methydroxohemerythrin at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the Binuclear Iron Complex in Metazidohaemerythrin from Themiste Dyscritum at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Sanders-Loehr, J.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1978
タイトル: Amino Acid Sequence of Hemerythrin from Themiste Dyscritum.
著者: Stenkamp, R.E. / Lammers, P.J. / Brimhall, B. / Hermodson, M.A.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Crystallographic Studies of Azide, Thiocyanate and Perchlorate Complexes of Methemerythrin
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1978
タイトル: Structure of Methemerythrin at 2.8-Angstroms Resolution. Computer Graphics Fit of an Averaged Electron Density Map
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Mcqueenjunior, J.E.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Structure of Methemerythrin at 5 Angstroms Resolution
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Loehr, J.S.
#10: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1976
タイトル: Structure of the Iron Complex in Methemerythrin
著者: Stenkamp, R.E. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#11: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: An X-Ray Crystallographic Study of Hemerythrin
著者: Loehr, J.S. / Meyerhoff, K.N. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
履歴
登録1990年10月18日処理サイト: BNL
改定 1.01992年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMERYTHRIN
B: HEMERYTHRIN
C: HEMERYTHRIN
D: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,16312
ポリマ－53,4764
非ポリマー6878
水5,278293
1
A: HEMERYTHRIN
B: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子

A: HEMERYTHRIN
B: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子

A: HEMERYTHRIN
B: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子

A: HEMERYTHRIN
B: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,32624
ポリマ－106,9528
非ポリマー1,37416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area16970 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area35310 Å2
手法PISA, PQS
2
C: HEMERYTHRIN
D: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0816
ポリマ－26,7382
非ポリマー3434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16860 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area35440 Å2
手法PISA
3
C: HEMERYTHRIN
D: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子

C: HEMERYTHRIN
D: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子

C: HEMERYTHRIN
D: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子

C: HEMERYTHRIN
D: HEMERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,32624
ポリマ－106,9528
非ポリマー1,37416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.840, 86.840, 80.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Atom site foot note1: HYDROGEN BONDING WOULD ARGUE FOR INTERCHANGING THE SIDECHAIN N AND O ATOMS OF ASN 40 AND GLN 59.
2: SERINE 64 IS ACETYLATED. / 3: PRO 7 OF EACH CHAIN IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質
HEMERYTHRIN


分子量: 13368.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Themiste dyscritum (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P02246
#2: 化合物
ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#3: 化合物
ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE BINUCLEAR IRON COMPLEX (DESIGNATED FEO BELOW) CONSISTS OF TWO FE ATOMS BRIDGED BY A MU-OXYGEN ...THE BINUCLEAR IRON COMPLEX (DESIGNATED FEO BELOW) CONSISTS OF TWO FE ATOMS BRIDGED BY A MU-OXYGEN ATOM, POSSIBLY A HYDROXIDE. FE1 IS HEXACOORDINATE AND FE2 IS PENTACOORDINATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: microdialysis / 詳細: deoxy was converted from oxy.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.1 mMprotein1buttom
20.08 MTris-HCl1reservior
30.02 MTris-HCl1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge F obs: 0.157

-
解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å /
Rfactor反射数
obs0.168 41064
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 24 293 4101
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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