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万見
- PDB-4mi8: Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mi8
タイトルCrystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide
要素
  • Bcl-2 homolog (Gene 16?)
  • Beclin-1
キーワードVIRAL PROTEIN/APOPTOSIS / BH3D / Bcl-2 family / anti-apoptotic and anti-autophagic activities / VIRAL PROTEIN-APOPTOSIS complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization ...cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of lysosome organization / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / engulfment of apoptotic cell / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / negative regulation of autophagosome assembly / positive regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / suppression by virus of host autophagy / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / late endosome to vacuole transport / SMAD protein signal transduction / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / negative regulation of programmed cell death / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / response to iron(II) ion / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / mitotic metaphase chromosome alignment / lysosome organization / Macroautophagy / RSV-host interactions / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / neuron development / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to vitamin E / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / cellular defense response / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / JNK cascade / cellular response to copper ion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / response to lead ion / trans-Golgi network / ISG15 antiviral mechanism / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / GTPase binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / protein-macromolecule adaptor activity / protein-containing complex assembly / defense response to virus / regulation of apoptotic process / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / nuclear body / response to hypoxia / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / endosome / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / cell division / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator M11 / Apoptosis regulator M11, B cell 2 leukaemia/lymphoma like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region ...Apoptosis regulator M11 / Apoptosis regulator M11, B cell 2 leukaemia/lymphoma like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator Bcl-2 homolog / Beclin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Su, M. / Mei, Y. / Sinha, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Targeting gamma-herpesvirus 68 Bcl-2-mediated down-regulation of autophagy.
著者: Su, M. / Mei, Y. / Sanishvili, R. / Levine, B. / Colbert, C.L. / Sinha, S.
履歴
登録2013年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22016年2月17日Group: Structure summary
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
B: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
C: Beclin-1
D: Beclin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3808
ポリマ－38,9964
非ポリマー3844
水2,396133
1
A: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
C: Beclin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5943
ポリマ－19,4982
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area8140 Å2
手法PISA
2
B: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
D: Beclin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7865
ポリマ－19,4982
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
3
B: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
D: Beclin-1
ヘテロ分子

B: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
D: Beclin-1
ヘテロ分子

A: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
C: Beclin-1
ヘテロ分子

A: Bcl-2 homolog (Gene 16?)
C: Beclin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,76116
ポリマ－77,9928
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area15740 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.598, 140.844, 54.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-330-

HOH

21B-363-

HOH

31B-364-

HOH

41C-206-

HOH

51D-213-

HOH

61D-214-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homolog (Gene 16?) / M11 / M11 protein / V-bcl-2


分子量: 16652.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-136 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: GAMMAHV.M11, M11, v-bcl-2, v-bcl-2 GAMMAHV.M11 / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P89884
#2: タンパク質・ペプチド Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 2845.235 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 107-130 / Mutation: G120E, D121A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14457
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 8% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 24220 / Num. obs: 24082 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→27.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.664 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22362 989 5.1 %RANDOM
Rwork0.15637 ---
obs0.15973 24082 99.4 %-
all-24220 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.769 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3566 Å0.2748 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.357 Å0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 20 133 2695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.971.9513539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8895309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.3223.68125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.99515455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9191516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 21 -
Rwork0.155 458 -
obs--27.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90620.3261-0.24657.5447-2.03761.3266-0.00640.3130.0936-0.1901-0.0546-0.5255-0.00730.04550.0610.1386-0.02030.08810.11620.00810.0859-5.631341.370613.2718
22.1173-0.47760.44132.40180.69811.42490.09280.1702-0.13380.1979-0.0260.01580.1699-0.0555-0.06680.0959-0.0378-0.05990.0819-0.00760.07378.240670.904412.7799
38.8079-2.1041-2.59728.4085-2.07963.1155-0.09210.4181-0.6039-0.3665-0.1888-0.30240.2909-0.01810.28090.12760.00660.0980.025-0.02770.1315-6.456226.155414.9517
411.052-0.96353.48484.245-0.38413.7665-0.1786-0.08780.6392-0.11780.13110.0338-0.2871-0.02270.04750.1459-0.0121-0.04630.01050.00670.11448.375786.192713.9477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3C108 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4D106 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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