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万見
- PDB-2kkn: Solution NMR structure of Themotoga maritima protein TM1076: Nort... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kkn
タイトルSolution NMR structure of Themotoga maritima protein TM1076: Northeast Structural Genomics Consortium target VT57
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown function / protein phosphatase 2A homologue / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsno criteria, model 1
データ登録者Cort, J.R. / Yee, A. / Garcia, M. / Isern, N.G. / Arrowsmith, C.H. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of Themotoga maritima protein TM1076
著者: Cort, J.R. / Yee, A. / Garcia, M. / Isern, N.G. / Arrowsmith, C.H. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年6月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0361
ポリマ－20,0361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with lowest energy, fewest violations, and favorable geometry
代表モデルモデル #1no criteria

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 20035.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1076, TM_1076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0G5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D C(CO)NH
1523D HNCO
1623D HNCA
1723D HN(CA)CB
1823D HBHA(CO)NH
1923D H(CCO)NH
11023D (H)CCH-TOCSY
11123D HNHA
11223D 1H-15N NOESY
11323D 1H-13C NOESY
11434D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-99% 15N, 7% 13C, biosynthetically directed labeling of LV methyls] TM1076, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 1 mM benzamidine, 0.01 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TM1076, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 1 mM benzamidine, 0.01 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TM1076, 300 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 1 mM benzamidine, 0.01 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMTM1076-1[U-99% 15N, 7% 13C, biosynthetically directed labeling of LV methyls]1
300 mMsodium chloride-21
10 mMDTT-31
1 mMbenzamidine-41
0.01 %sodium azide-51
0.6 mMTM1076-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
300 mMsodium chloride-72
10 mMDTT-82
1 mMbenzamidine-92
0.01 %sodium azide-102
0.6 mMTM1076-11[U-99% 13C; U-99% 15N]3
300 mMsodium chloride-123
10 mMDTT-133
1 mMbenzamidine-143
0.01 %sodium azide-153
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: no criteria
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with lowest energy, fewest violations, and favorable geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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