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- PDB-4mhg: Crystal structure of ETV6 bound to a specific DNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mhg
タイトルCrystal structure of ETV6 bound to a specific DNA sequence
要素
  • Complementary Specific 14 bp DNA
  • Specific 14 bp DNA
  • Transcription factor ETV6
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ETS domain / Transcription Factor / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Chan, A.C. / De, S. / Coyne III, H.J. / Okon, M. / Murphy, M.E. / Graves, B.J. / McIntosh, L.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Steric Mechanism of Auto-Inhibitory Regulation of Specific and Non-Specific DNA Binding by the ETS Transcriptional Repressor ETV6.
著者: De, S. / Chan, A.C. / Coyne, H.J. / Bhachech, N. / Hermsdorf, U. / Okon, M. / Murphy, M.E. / Graves, B.J. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Specific 14 bp DNA
C: Complementary Specific 14 bp DNA
A: Transcription factor ETV6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0123
ポリマ－21,0123
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.582, 57.582, 130.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 Specific 14 bp DNA


分子量: 4338.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Custom oligo / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 Complementary Specific 14 bp DNA


分子量: 4222.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: custom oligo / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Transcription factor ETV6 / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel


分子量: 12450.353 Da / 分子数: 1 / Fragment: ETV6 ETS domain, UNP residues 329-426 / Mutation: C334S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Etv6, Tel, Tel1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97360
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22% PEG 8000, 50 mM Sodium Cacodylate, 100 mM NH4Ac, 10 mM MgCl2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. all: 13342 / Num. obs: 13307 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 38.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.199-2.248.10.7111100
2.24-2.288.10.6561100
2.28-2.328.20.6211100
2.32-2.378.10.4991100
2.37-2.428.10.4511100
2.42-2.488.20.4041100
2.48-2.5480.3371100
2.54-2.618.10.2731100
2.61-2.6980.2411100
2.69-2.778.10.1821100
2.77-2.878.10.1771100
2.87-2.997.90.1391100
2.99-3.1280.099199.8
3.12-3.2980.0781100
3.29-3.497.90.0821100
3.49-3.767.80.0731100
3.76-4.147.80.056199.9
4.14-4.747.30.0411100
4.74-5.977.70.0381100
5.97-506.80.036193.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.199→26.34 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 666 5.01 %
Rwork0.1751 --
obs0.1773 13290 99.61 %
all-13342 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.4764 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→26.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数790 568 0 124 1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3252148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.626616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1992-2.36890.24981340.212476X-RAY DIFFRACTION100
2.3689-2.60710.24711300.20432504X-RAY DIFFRACTION100
2.6071-2.98390.2821360.21642489X-RAY DIFFRACTION100
2.9839-3.75770.221360.17082508X-RAY DIFFRACTION99
3.7577-26.3420.18621300.15232647X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.6224-3.31424.43947.344-3.54147.1714-0.0526-0.7459-0.32950.7936-0.08230.2948-0.0962-0.7560.15590.4901-0.11720.05040.3646-0.04940.321616.1786-9.28049.7043
27.1943.187-3.72967.07-4.84013.7909-0.5281-0.35791.1348-0.06350.22681.8371-0.5141-0.27930.15150.5583-0.1415-0.04870.4103-0.02870.662613.0328-0.29051.9857
37.10884.04870.23087.39420.96128.80640.0260.26750.6595-0.14040.16711.6576-0.1447-0.8093-0.20760.4357-0.1352-0.08280.32170.02910.64938.9872-9.1765-1.7784
41.4449-0.12080.24542.2455-0.40981.9263-0.16770.130.3764-0.2766-0.2371-0.35860.16870.00550.40510.4396-0.1721-0.03420.25990.04460.407723.5545-6.8827-0.3894
54.99262.33180.60734.4428-2.88023.03010.2233-0.24340.27010.8156-0.0761-0.1626-0.40040.1459-0.03420.6527-0.2171-0.16780.4016-0.0050.450528.3718-6.56089.2744
69.6409-1.55530.90632.06990.10136.47210.3408-0.21330.0506-0.1508-0.1351-0.22830.11640.3244-0.21740.5081-0.1613-0.05820.28080.06840.324928.6831-13.06510.364
76.74770.05292.86372.61182.97095.8869-0.157-0.0918-0.2257-0.42810.17080.24060.0431-0.0987-0.01060.4202-0.1582-0.02260.21630.02310.279516.1277-21.81732.1598
89.83381.5082-3.4457.54290.60028.7365-0.2807-0.5803-0.03420.35010.07020.9870.8051-0.78450.26740.3665-0.07810.02080.2957-0.01570.486310.0193-16.75724.6596
94.5995-2.2909-1.19814.0076-3.53166.88230.4262-0.16460.4077-0.995-0.188-0.19670.20010.7221-0.13690.6407-0.1140.02470.3377-0.04040.270123.7461-18.4146-10.5422
107.329-0.55062.97763.3485-0.96417.62410.3811-0.4732-0.93380.13490.0635-0.64790.4602-0.0362-0.72270.4836-0.13150.01320.26490.01920.402127.1895-29.08272.1249
112.4123-0.6522-0.73783.40314.35515.55840.1619-0.72390.430.99230.4138-1.251-0.37360.5459-0.5880.6671-0.2343-0.05680.63760.00030.387533.2362-17.698915.5316
128.6246-4.72026.60955.5609-4.31567.20870.4124-0.2851-0.7689-0.71530.55840.22841.01490.2196-0.82920.5061-0.1688-0.01350.5325-0.00470.255729.1674-22.965220.92
131.85770.64982.08242.38111.74512.7672-0.05470.1560.0006-0.52210.3125-0.4757-0.29880.5253-0.18990.4892-0.20440.05210.34320.04120.371731.2643-20.5053.8662
145.9349-3.74214.20893.3319-4.00074.86761.72141.8602-2.7563-1.98440.48210.55480.17281.737-1.89250.8616-0.0375-0.10230.5771-0.22110.603626.9956-27.6291-10.6751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 335:344)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 345:351)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 352:366)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 367:377)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 378:382)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 383:390)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 391:408)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 409:424)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 1:5)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 6:9)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 10:14)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 1:5)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 6:10)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 11:14)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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