PDB-4mhd: Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mhd

タイトル

Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio cholerae in complex with spermidine

要素

Spermidine n1-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / spermidine / N-acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyamine catabolic process / spermine catabolic process / spermidine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: A Novel Polyamine Allosteric Site of SpeG from Vibrio cholerae Is Revealed by Its Dodecameric Structure.
著者: Filippova, E.V. / Kuhn, M.L. / Osipiuk, J. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Ballicora, M.A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2013年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mhd.cif.gz	235.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mhd.ent.gz	192.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mhd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mhd_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mhd_full_validation.pdf.gz	470.2 KB	表示
XML形式データ	4mhd_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	4mhd_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mhd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jjxC 4mi4C 4nczC 4r57C 4r87C 3eg7 PDB 未公開エントリS 4jly 5cnp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kwj-1 4mi4-1 6e1x-1 4mj8-1 7ky3-1 7ky4-1 4r87-1 6e1x-2 4r57-1 4r57-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp01616

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

70.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
283 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.453, 136.012, 139.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-332- HOH

#1: タンパク質	Spermidine n1-acetyltransferase 分子量: 23447.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0947 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9KL03
#2: 化合物	ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン分子量: 145.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₉N₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M NaCl, 30% Ethanol, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月12日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 30239 / Num. obs: 30239 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 43.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3EG7

3eg7
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.32→29.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 13.659 / SU ML: 0.169 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25377	1522	5 %	RANDOM
R_work	0.19561	-	-	-
obs	0.19852	28715	97.93 %	-
all	-	28715	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.973 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→29.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4322	0	30	128	4480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	4506
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.921	1.938	6079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	9735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.477	5	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.774	23.971	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.92	15	789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.546	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.774	2.634	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.773	2.633	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.787	3.937	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.786	3.937	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.802	2.976	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.801	2.977	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.254	4.345	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.824	12.159	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.816	12.119	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.32→2.377 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	120	-
R_work	0.264	1886	-
obs	-	-	88.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9141	-0.3283	-2.6058	6.5524	-0.8611	7.9948	0.015	0.1979	-0.4715	-0.8393	0.249	0.7038	0.121	-0.5478	-0.2639	0.1751	-0.0092	-0.2032	0.187	0.0372	0.3523	-22.5298	-9.5334	45.8153
2	0.4573	-1.0623	0.3874	5.4111	-0.2154	2.7337	0.123	0.0497	-0.258	-0.615	0.1159	0.3545	0.404	-0.201	-0.2389	0.171	-0.023	-0.0721	0.2415	-0.0149	0.2197	-14.2091	-14.1452	48.9205
3	1.8424	0.8504	0.3095	2.8664	-0.7308	1.8831	0.1105	-0.0808	-0.007	-0.6752	-0.0287	0.4918	0.1707	-0.2644	-0.0818	0.4488	0.0183	-0.2088	0.1559	-0.0435	0.1371	-14.7767	-13.1618	33.786
4	1.4517	-0.2476	0.3145	7.6071	-4.2067	5.2933	-0.1309	-0.0211	-0.0611	-1.1229	0.3523	0.1953	0.1958	-0.5621	-0.2215	0.5274	0.0038	-0.0965	0.1689	-0.0655	0.1066	-6.7538	-21.4048	31.5311
5	7.696	0.0113	-0.1183	2.7746	-2.4894	17.7632	0.1656	0.2513	-0.8443	-0.3717	-0.1851	-0.4779	1.5652	1.3514	0.0195	0.1631	0.0743	-0.0339	0.4411	0.0963	0.4222	22.4128	-25.6605	73.5731
6	3.2318	2.7817	2.2418	7.8268	-9.9363	27.7691	0.1324	-0.2241	-0.4915	-0.4233	-0.9912	-0.8679	1.0766	2.0637	0.8588	0.3326	0.0818	-0.0039	0.6969	0.1045	0.6766	15.9478	-33.7004	61.5144
7	0.2778	0.7754	0.2302	4.3235	-1.4269	2.1749	0.0802	0.1114	-0.1646	-0.0051	-0.2431	-0.7593	0.2593	0.6259	0.1629	0.0489	0.0453	-0.0275	0.3512	0.0194	0.2441	15.4979	-28.16	73.998
8	0.7281	-0.0218	0.9073	2.0148	1.2988	6.9068	0.0873	-0.0016	-0.2122	0.1497	-0.0254	-0.4673	0.7459	0.8242	-0.0619	0.0932	0.1056	-0.0228	0.1996	0.0532	0.263	10.2533	-42.5942	74.2424
9	2.6475	-0.637	2.4515	4.4432	-2.5415	4.1087	0.2084	0.4054	-0.1034	-0.8165	-0.4238	-1.3256	0.4895	0.485	0.2154	0.2028	0.0833	0.2227	0.2336	0.0303	0.5766	22.2267	-14.2883	47.6917
10	1.8329	-0.8593	0.8751	3.2345	-4.0867	5.2109	-0.0756	0.3414	-0.2736	-0.3518	-0.1987	-0.2412	0.4032	0.1868	0.2743	0.2506	-0.0167	0.1915	0.1631	-0.0506	0.2514	14.0486	-6.9571	45.3116
11	3.3835	1.8269	0.9966	4.402	1.134	1.458	-0.0259	0.2284	-0.2214	-0.3644	0.0519	-0.6644	0.0429	0.273	-0.026	0.1221	0.0301	0.0474	0.1861	0.0077	0.1601	12.8858	-20.4563	50.3748
12	1.041	-0.9086	0.2668	3.5384	-1.0785	2.5133	0.0377	0.0677	0.1404	-0.7676	-0.092	-0.7985	0.0534	0.3668	0.0543	0.3804	0.0599	0.1819	0.1803	-0.0433	0.2096	12.7258	-23.6424	35.89
13	10.3552	-14.6861	6.6499	33.8354	4.676	19.5852	-0.1444	-0.0322	0.4709	-0.549	0.718	-1.555	-0.8807	0.705	-0.5736	0.4486	-0.0148	0.316	0.1816	-0.0441	0.4801	11.7968	-42.6864	40.5582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	141 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 23
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	24 - 35
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	36 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	100 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 27
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	28 - 46
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	47 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	84 - 168
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	169 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)