[日本語] English
万見
- PDB-4mha: Crystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mha
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER in complex with inhibitor UNC1817
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TYROSINE KINASE / ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA / RATIONAL STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / establishment of localization in cell / Cell surface interactions at the vascular wall / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / nervous system development / spermatogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4MH / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhang, W. / Mciver, A. / Stashko, M.A. / Deryckere, D. / Branchford, B.R. / Hunter, D. / Kireev, D.B. / Miley, D.B.M. / Norris-Drouin, J. / Stewart, W.M. ...Zhang, W. / Mciver, A. / Stashko, M.A. / Deryckere, D. / Branchford, B.R. / Hunter, D. / Kireev, D.B. / Miley, D.B.M. / Norris-Drouin, J. / Stewart, W.M. / Lee, M. / Sather, S. / Zhou, Y. / Dipaola, J.A. / Machius, M. / Janzen, W.P. / Earp, H.S. / Graham, D.K. / Frye, S. / Wang, X.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of Mer specific tyrosine kinase inhibitors for the treatment and prevention of thrombosis.
著者: Zhang, W. / McIver, A.L. / Stashko, M.A. / DeRyckere, D. / Branchford, B.R. / Hunter, D. / Kireev, D. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Stewart, W.M. / Lee, M. / Sather, S. / Zhou, Y. / Di ...著者: Zhang, W. / McIver, A.L. / Stashko, M.A. / DeRyckere, D. / Branchford, B.R. / Hunter, D. / Kireev, D. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Stewart, W.M. / Lee, M. / Sather, S. / Zhou, Y. / Di Paola, J.A. / Machius, M. / Janzen, W.P. / Earp, H.S. / Graham, D.K. / Frye, S.V. / Wang, X.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,96911
ポリマ－71,7792
非ポリマー1,1909
水41423
1
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4725
ポリマ－35,8891
非ポリマー5834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4976
ポリマ－35,8891
非ポリマー6075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.142, 91.460, 69.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 570-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MER, MERTK / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-4MH / 2-(butylamino)-4-[(trans-4-hydroxycyclohexyl)amino]-N-(4-sulfamoylbenzyl)pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 476.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32N6O4S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 32.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 500mM sodium chloride, 2mM beta-mercaptoethanol, incubated with inhibitor (2.5 mM final concentration) overnight, mixed 1:1 with crystallization ...詳細: Protein: 32.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 500mM sodium chloride, 2mM beta-mercaptoethanol, incubated with inhibitor (2.5 mM final concentration) overnight, mixed 1:1 with crystallization solution (27-33% (v/v) Peg400, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月8日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→40.07 Å / Num. all: 19608 / Num. obs: 19608 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.59→2.61 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 483 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1468)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3TCP

3tcp


解像度: 2.59→40.066 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2939 1686 10 %random
Rwork0.2412 ---
obs0.2465 16853 84.91 %-
all-19608 --
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→40.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 73 23 4134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4775681
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.081598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.66450.365670.2608601X-RAY DIFFRACTION41
2.6645-2.75040.2978970.2681878X-RAY DIFFRACTION59
2.7504-2.84870.34381110.2798994X-RAY DIFFRACTION67
2.8487-2.96270.3161250.28151125X-RAY DIFFRACTION77
2.9627-3.09750.31971390.28071252X-RAY DIFFRACTION85
3.0975-3.26080.30241540.28191388X-RAY DIFFRACTION92
3.2608-3.4650.35011590.25911438X-RAY DIFFRACTION98
3.465-3.73230.3211660.2351494X-RAY DIFFRACTION100
3.7323-4.10760.2891650.21811479X-RAY DIFFRACTION100
4.1076-4.70120.26141660.20981491X-RAY DIFFRACTION100
4.7012-5.91990.27811660.23051497X-RAY DIFFRACTION100
5.9199-40.0660.25131710.23131530X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る