PDB-4mh3: Crystal structure of Bovine Mitochondrial Peroxiredoxin III

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mh3

タイトル

Crystal structure of Bovine Mitochondrial Peroxiredoxin III

要素

Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CATENANE / DODECAMER / PEROXIREDOXIN / Thioredoxin fold / mitochondrial

機能・相同性

機能・相同性情報

Detoxification of Reactive Oxygen Species / maternal placenta development / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / myeloid cell differentiation / thioredoxin peroxidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / mitochondrion organization / regulation of mitochondrial membrane potential / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cao, Z. / McGow, D.P. / Shepherd, C. / Lindsay, J.G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Improved Catenated Structures of Bovine Peroxiredoxin III F190L Reveal Details of Ring-Ring Interactions and a Novel Conformational State.
著者: Cao, Z. / McGow, D.P. / Shepherd, C. / Lindsay, J.G.

履歴

登録	2013年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details ..._struct.title / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4mh3.ent.gz	674.7 KB	表示	PDB形式
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検証レポート

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文書・詳細版	4mh3_full_validation.pdf.gz	598.7 KB	表示
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CIF形式データ	4mh3_validation.cif.gz	96.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mh3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mh2C 1zyeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zye-d 4mh2-d 2bmx-1 7bz6-1 2bmx-2 3233 5ucx-1 5ucx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

J: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

K: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

L: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

ヘテロ分子

293 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.895, 290.885, 81.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial / Antioxidant protein 1 / AOP-1 / Peroxiredoxin-3 / Protein SP-22 分子量: 24348.629 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 63-257 / 変異: F190L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: AOP1, PRDX3 / プラスミド: pET 14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P35705, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: containing 36% 2-Methyl-1,3-Propanediol, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→288.67 Å / Num. all: 133014 / Num. obs: 130007 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZYE

1zye

解像度: 2.4→102.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 15.085 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22116	6556	5 %	RANDOM
R_work	0.18202	-	-	-
obs	0.184	123547	97.88 %	-
all	-	126310	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.325 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→102.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15631	0	49	253	15933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	16518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.95	22516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.411	5	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.043	24.087	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.395	15	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.122	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.5	3.58	8141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.962	5.354	10191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.202	3.746	8377
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	452	-
R_work	0.35	8306	-
obs	-	-	90.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9019	0.3259	0.0382	1.3398	0.374	1.1045	-0.0705	-0.0621	-0.0824	-0.0087	0.0902	0.0187	-0.0168	-0.0906	-0.0197	0.1225	0.0326	0.01	0.0407	0.0418	0.1008	71.2028	-36.4158	39.7157
2	3.8086	-1.1624	-0.3324	1.9172	0.164	0.8544	-0.103	-0.4787	-0.2049	0.1738	0.1385	-0.0392	-0.0107	0.2167	-0.0355	0.1545	0.0915	0.0117	0.265	0.0868	0.0556	56.5062	-30.6368	61.5906
3	3.7761	-1.8626	-0.3372	2.5913	-0.0973	0.5586	0.0707	0.1157	-0.3278	-0.117	-0.0997	0.3777	0.0614	-0.001	0.029	0.0824	0.038	-0.0163	0.0721	0.0104	0.0734	25.1652	-15.7705	55.0516
4	1.3107	-0.4431	-0.0432	3.1623	-1.064	1.9092	-0.0489	-0.1786	0.0674	0.408	0.0609	0.1761	-0.1018	0.0224	-0.012	0.1177	0.031	0.0408	0.0653	0.019	0.0376	20.3855	7.1134	67.7348
5	2.1286	0.0135	0.2163	3.0802	-0.7374	1.1647	-0.0019	0.0413	0.3164	0.1106	0.1094	0.4103	-0.1193	-0.2372	-0.1075	0.097	0.0805	0.0139	0.0987	0.0656	0.2726	14.0821	34.5107	47.9207
6	1.7194	0.7175	-0.8237	2.8011	-0.9464	1.637	0.082	-0.1794	-0.0183	0.3838	-0.0393	0.0416	-0.0664	0.0847	-0.0427	0.2026	0.084	-0.007	0.0711	-0.0011	0.3061	29.9409	56.4436	52.4412
7	3.375	-0.0722	-1.6103	1.786	-0.7977	2.6648	0.0241	0.5538	0.1822	-0.1761	0.0128	-0.0634	-0.0681	-0.104	-0.0368	0.1169	0.0452	-0.034	0.1517	0.0135	0.281	48.977	66.8166	25.3818
8	2.7406	-0.3403	-0.5809	2.2143	0.1477	1.5778	0.0719	0.0095	0.4802	-0.016	-0.0011	0.0388	-0.1942	-0.12	-0.0708	0.1372	0.0028	0.018	0.0176	-0.0382	0.291	75.7262	66.6914	29.6023
9	2.1747	-0.9798	-1.0416	2.208	0.6151	1.7248	0.1354	0.2791	0.1582	-0.2779	-0.1567	-0.1512	0.0098	-0.0527	0.0213	0.1973	-0.0118	0.0226	0.0924	0.0005	0.0728	94.7937	45.8072	9.4032
10	1.7919	-0.2415	-0.0669	5.3777	-0.1047	0.733	-0.095	-0.1246	0.2554	0.205	0.0807	-0.6636	0.0276	0.1182	0.0142	0.1511	0.001	-0.0222	0.0474	-0.0429	0.1292	111.1855	28.5354	21.9883
11	1.4232	0.2743	-0.1225	4.4955	-0.6306	0.9692	-0.1233	0.1687	-0.1215	-0.5145	0.1271	-0.1564	0.1704	-0.0535	-0.0038	0.2767	-0.0415	0.0721	0.0864	-0.0487	0.0416	105.2436	-5.2765	15.5165
12	2.4206	0.7202	0.4309	2.0885	-0.2426	0.8875	0.0029	0.0003	-0.0497	-0.0744	0.0662	-0.0545	-0.0764	0.0738	-0.0692	0.129	0.0219	0.0404	0.0308	-0.02	0.0707	101.8231	-20.6253	37.3572
13	0.2648	0.0186	-0.0038	0.191	-0.0179	0.0382	-0.0334	-0.0434	0.0014	-0.0306	0.0442	-0.0028	0.0096	0.0011	-0.0108	0.2074	0.0154	0.0018	0.1138	-0.008	0.0036	68.953	4.7332	39.6138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 165
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 168
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 168
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 168
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	4 - 169
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 168
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 168
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	201 - 249
14	X-RAY DIFFRACTION	13	B	301 - 313
15	X-RAY DIFFRACTION	13	C	301 - 319
16	X-RAY DIFFRACTION	13	D	201 - 220
17	X-RAY DIFFRACTION	13	E	201 - 220
18	X-RAY DIFFRACTION	13	F	201 - 207
19	X-RAY DIFFRACTION	13	G	201 - 209
20	X-RAY DIFFRACTION	13	H	301 - 325
21	X-RAY DIFFRACTION	13	I	201 - 220
22	X-RAY DIFFRACTION	13	J	301 - 313
23	X-RAY DIFFRACTION	13	K	301 - 315
24	X-RAY DIFFRACTION	13	L	201 - 243

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)