PDB-4mh2: Crystal structure of Bovine Mitochondrial Peroxiredoxin III

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mh2

タイトル

Crystal structure of Bovine Mitochondrial Peroxiredoxin III

要素

Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CATENANE / DODECAMER / PEROXIREDOXIN / Thioredoxin fold / mitochondrial

機能・相同性

機能・相同性情報

Detoxification of Reactive Oxygen Species / maternal placenta development / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / myeloid cell differentiation / thioredoxin peroxidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cell redox homeostasis / regulation of mitochondrial membrane potential / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to reactive oxygen species ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cao, Z. / McGow, D.P. / Shepherd, C. / Lindsay, J.G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Improved Catenated Structures of Bovine Peroxiredoxin III F190L Reveal Details of Ring-Ring Interactions and a Novel Conformational State.
著者: Cao, Z. / McGow, D.P. / Shepherd, C. / Lindsay, J.G.

履歴

登録	2013年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details ..._struct.title / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mh2.cif.gz	798.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mh2.ent.gz	664.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mh3C 1zyeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zye-d 4mh3-d 2bmx-1 7bz6-1 2bmx-2 3233 5ucx-1 5ucx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

J: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

K: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

L: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

ヘテロ分子

293 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.571, 260.825, 81.661
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial / Antioxidant protein 1 / AOP-1 / Peroxiredoxin-3 / Protein SP-22 分子量: 24348.629 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 63-257 / 変異: F190L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: AOP1, PRDX3 / プラスミド: pET 14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P35705, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 34% 2-Methyl-1,3-Propanediol, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→258.2 Å / Num. all: 151852 / Num. obs: 149669 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZYE

1zye

解像度: 2.2→95.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 11.227 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21868	7516	5 %	RANDOM
R_work	0.18046	-	-	-
obs	0.18235	142057	98.56 %	-
all	-	151852	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.531 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→95.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15385	0	78	476	15939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	16322
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.953	22253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.305	5	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.214	24.022	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.836	15	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.8	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	12514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.824	2.93	8017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.797	4.381	10031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.571	3.168	8305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	501	-
R_work	0.299	10042	-
obs	-	-	94.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5868	-0.3439	0.0223	0.7611	-0.242	0.7297	-0.0243	-0.0107	0.0243	0.0368	0.0085	0.0392	0.0463	0.0561	0.0159	0.0397	-0.0254	-0.0089	0.0651	0.0045	0.0142	-2.4324	-36.3938	12.834
2	1.5535	0.4495	-0.4818	0.7535	-0.1796	1.4143	-0.0131	0.1101	0.0133	-0.0726	0.0328	-0.0186	0.0938	-0.0982	-0.0197	0.0512	-0.0223	-0.0216	0.1273	-0.0009	0.0165	13.2676	-31.7191	-9.1719
3	2.1502	0.7058	0.1112	1.9524	0.2362	0.7966	0.1027	-0.2149	-0.1487	0.1371	-0.0509	-0.3807	0.0337	0.1158	-0.0518	0.0149	-0.0087	-0.0378	0.1486	0.0126	0.1071	44.0643	-19.2302	-2.9305
4	1.4953	0.2027	-0.1475	1.7096	0.3424	1.1909	-0.0367	0.1665	-0.0407	-0.3642	0.0579	-0.221	-0.0547	-0.0082	-0.0213	0.0896	-0.027	0.0594	0.0935	-0.0254	0.0416	50.6302	4.376	-15.7121
5	1.3735	-0.0945	-0.1069	1.7452	0.3707	1.0659	0.0484	-0.0496	0.1398	-0.0458	0.058	-0.3894	-0.0785	0.2103	-0.1064	0.0233	-0.0518	0.0379	0.1297	-0.0444	0.206	59.4298	30.2066	3.9489
6	1.8848	-0.6	-0.7332	2.196	0.822	1.6136	0.1326	0.2744	0.0798	-0.427	-0.0726	-0.2246	-0.2284	-0.0126	-0.06	0.1406	-0.0386	0.0716	0.0961	-0.0038	0.0885	45.355	53.7914	0.4497
7	2.0977	0.1027	-0.627	0.9965	0.0687	1.3369	0.0001	-0.1799	0.0571	0.072	0.0229	0.0028	-0.0458	-0.0102	-0.023	0.0839	-0.0453	-0.0098	0.062	-0.0281	0.12	27.8601	63.9886	27.3575
8	1.6065	0.2329	-0.2955	1.6071	-0.2093	0.8869	0.0516	0.0694	0.3137	-0.0497	0.0035	-0.0235	-0.1286	-0.033	-0.0551	0.065	-0.0052	0.0365	0.0067	0.0087	0.0787	0.4211	66.2287	24.3106
9	1.1744	0.5475	-0.2879	1.429	-0.1196	1.1402	-0.0059	-0.0477	0.0895	0.0231	0.016	0.0399	0.0433	0.0567	-0.0102	0.0504	0.0292	0.0193	0.0516	-0.0214	0.0405	-17.6183	45.9578	43.929
10	1.3606	-0.0477	-0.072	3.5344	0.3092	0.989	-0.0616	0.1729	0.1752	-0.1624	0.0128	0.394	0.061	-0.1686	0.0488	0.0498	-0.0184	-0.0156	0.0744	0.0103	0.0756	-36.787	30.2256	31.4439
11	0.8233	-0.113	-0.0744	2.5362	0.6256	0.8332	0.0073	-0.1308	0.0202	0.45	0	0.1114	0.1277	-0.0021	-0.0073	0.2559	-0.0328	0.0439	0.0758	-0.0159	0.0121	-33.8329	-2.8017	36.8049
12	1.4189	-0.6606	0.1298	1.4873	0.0474	0.8145	0.0099	-0.0007	-0.0316	0.1327	0.0059	0.0128	-0.0415	-0.0391	-0.0158	0.0442	-0.0311	0.0101	0.0513	-0.0114	0.0113	-31.3806	-18.7333	14.5985
13	0.0588	-0.011	0.0192	0.0853	0.0336	0.0515	0.0084	-0	0.0156	0.036	0.0009	-0.0099	-0.0057	-0.0035	-0.0094	0.0966	-0.0194	0.0114	0.1226	-0.0056	0.0439	4.1338	8.9992	15.9666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 164
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-1 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 165
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	301 - 377
14	X-RAY DIFFRACTION	13	B	201 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	13	C	201 - 227
16	X-RAY DIFFRACTION	13	D	301 - 335
17	X-RAY DIFFRACTION	13	E	201 - 227
18	X-RAY DIFFRACTION	13	F	301 - 319
19	X-RAY DIFFRACTION	13	G	201 - 242
20	X-RAY DIFFRACTION	13	H	301 - 335
21	X-RAY DIFFRACTION	13	I	201 - 257
22	X-RAY DIFFRACTION	13	J	301 - 323
23	X-RAY DIFFRACTION	13	K	201 - 228
24	X-RAY DIFFRACTION	13	L	301 - 366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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