PDB-4mg4: Crystal structure of a putative phosphonomutase from Burkholderia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mg4

タイトル

Crystal structure of a putative phosphonomutase from Burkholderia cenocepacia J2315

要素

Phosphonomutase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / NIAID / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative phosphonomutase from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Lukacs, C.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mg4.cif.gz	743.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mg4.ent.gz	614.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mg4_validation.pdf.gz	500.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mg4_full_validation.pdf.gz	516 KB	表示
XML形式データ	4mg4_validation.xml.gz	86.4 KB	表示
CIF形式データ	4mg4_validation.cif.gz	129.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/4mg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/4mg4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ze3S 4lsb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gzd-d 3bbp-2 3e25-1 1ezi-d 1s14-d 4y9x-1 3e26-1 6ifi-d 3ckn-1 5k81-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-Bucea.00014.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Phosphonomutase

B: Phosphonomutase

C: Phosphonomutase

D: Phosphonomutase

E: Phosphonomutase

F: Phosphonomutase

G: Phosphonomutase

H: Phosphonomutase

ヘテロ分子

223 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphonomutase

H: Phosphonomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphonomutase

F: Phosphonomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Phosphonomutase

E: Phosphonomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Phosphonomutase

G: Phosphonomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	218.600, 91.180, 110.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Phosphonomutase 分子量: 27699.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: BceJ2315_40480, BCAM0587 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EL08
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: JCSG+c2: 20% PEG6000, 1M LiCl, 0.1M NaCit pH4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 236885 / Num. obs: 236354 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.76 % / B_iso Wilson estimate: 14.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.15
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.78 % / R_merge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique all: 17451 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZE3

2ze3

解像度: 1.7→46.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.192 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18912	11843	5 %	RANDOM
R_work	0.15752	-	-	-
obs	0.15911	224512	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14455	0	41	1797	16293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	14893
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.621	1.962	20327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.855	3	32242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.466	5	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.964	22.864	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.925	15	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.159	15	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	17485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.317	1.438	8065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.317	1.438	8064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.064	2.148	10090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.064	2.148	10091
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.115	1.691	6828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.114	1.691	6828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.319	2.441	10238
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.042	13.505	18519
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.042	13.505	18519
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	864	-
R_work	0.201	16560	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3783	0.0876	0.1896	0.1816	0.1273	0.4088	0.0294	-0.016	0.0156	-0.0553	-0.053	0.0184	-0.0011	0.0301	0.0236	0.0454	0.0309	-0.0041	0.0412	-0.0142	0.0223	253.4072	-11.5183	143.5849
2	0.3644	0.0288	-0.1456	0.225	0.0128	0.2896	0.0165	0.0292	-0.0155	0.0096	-0.0074	-0.0045	-0.0158	-0.0143	-0.0091	0.0205	0.0005	0.0035	0.0536	-0.0412	0.0343	247.1846	11.4507	180.3634
3	0.4689	0.0424	-0.2381	0.2072	-0.0275	0.1913	0.0164	-0.017	-0.0524	-0.0191	-0.0301	0.0388	-0.0513	0.0219	0.0137	0.0325	-0.0069	0.0062	0.0453	-0.0286	0.0367	246.2439	-37.2711	181.4298
4	0.3346	0.0324	0.2504	0.2202	0.2104	0.6477	-0.0142	0.0321	0.0046	0.0116	0.0091	0.0642	-0.0036	0.0712	0.0052	0.0534	0.0248	-0.0033	0.049	-0.0123	0.0295	239.1539	22.5631	218.2046
5	0.6902	0.1139	-0.1574	0.4815	-0.0769	0.1253	0.0268	0.0263	0.0622	0.0762	0.0293	-0.0028	0.0143	-0.0194	-0.0561	0.024	-0.0054	-0.0041	0.0241	-0.0241	0.0768	211.4067	-47.2264	194.1968
6	0.7502	0.1689	-0.1241	0.2569	0.0164	0.1172	0.006	0.0301	-0.0377	0.0404	0.0519	0.0107	0.0075	0.0158	-0.058	0.0187	-0.0021	-0.015	0.0403	-0.002	0.0887	212.7849	-0.0204	193.7313
7	0.4808	-0.0348	0.1314	0.1074	0.049	0.3267	0.0302	-0.0356	0.0574	-0.0444	-0.0534	0.0079	0.0205	0.0011	0.0233	0.0363	0.0197	0.0034	0.0425	-0.0182	0.0363	251.6448	31.7042	253.7621
8	0.2536	0.0006	0.2314	0.1708	0.36	1.4962	-0.1737	0.0253	0.0033	0.0345	0.0362	0.0871	0.0024	0.1421	0.1376	0.1373	0.0016	0.0068	0.0259	0.0134	0.0496	241.0057	-23.8843	108.3548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 253
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 253
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 252
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	5 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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