PDB-1ezi: Structure of a sialic acid activating synthetase, CMP acylneurami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ezi

タイトル

Structure of a sialic acid activating synthetase, CMP acylneuraminate synthetase in the presence and absence of CDP

要素

CMP-N-ACETYLNEURAMINIC ACID SYNTHETASE

キーワード

TRANSFERASE / HOMODIMER / ALPHA-BETA-ALPHA

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acylneuraminate cytidylyltransferase / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mosimann, S.C. / Gilbert, M. / Dombrowski, D. / Wakarchuk, W. / Strynadka, N.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of a sialic acid-activating synthetase, CMP-acylneuraminate synthetase in the presence and absence of CDP.
著者: Mosimann, S.C. / Gilbert, M. / Dombroswki, D. / To, R. / Wakarchuk, W. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2000年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ezi.cif.gz	103.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ezi.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ezi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ezi_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ezi_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	1ezi_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	1ezi_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eyrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1eyr-d 4mg4-4 6ifi-d 6ckk-d 4x7v-d 6ckj-1 2ri1-d 2auy-d 4x7z-d 4x81-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CMP-N-ACETYLNEURAMINIC ACID SYNTHETASE

B: CMP-N-ACETYLNEURAMINIC ACID SYNTHETASE

50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.980, 59.520, 157.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CMP-N-ACETYLNEURAMINIC ACID SYNTHETASE / ACYLNEURAMINATE CYTIDYLYLTRANSFERASE 分子量: 25154.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A0Z8, N-acylneuraminate cytidylyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.59 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 28% PEG 2000, 100 mM Tris-HCl, 1 % Ethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K

結晶化

*PLUS

pH: 8

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	5.0 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop
3	100 mM		1	drop	NaCl
4	1 mM	dithiothreitol	1	drop
5	0.1 mM	EDTA	1	drop
6	16 %	PEG2000	1	reservoir
7	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir
8	10 mM		1	reservoir	MgCl2
9	1 mM	dithiothreitol	1	reservoir
10	10 mM	CDP	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.95
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 22325 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 12 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.22 / % possible all: 83.4
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 25606 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs*: 0.073

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

解像度: 2→19.94 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2016621.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MODELED AS ALA: LYS(A 16), LEU(A 20), GLN(A 205), LEU(A 214), LYS(B 125), GLU(B 213), GLN(B 217), GLN(B 218), ASN(B 221).

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1235	4.9 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.212	25030	88.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 53.04 Å² / k_sol: 0.3383 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.3 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.31 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.34 Å	0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3262	0	0	404	3666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.12
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.36	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.33	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.76	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.5	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.13 Å / R_factor R_free error: 0.026 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	171	4.9 %
R_work	0.312	3323	-
obs	-	-	75.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / σ(F): 1.5 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.267

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 33.6 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	24
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.12
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.342 / % reflection R_free: 4.9 % / R_factor R_work: 0.312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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