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- PDB-4mfr: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mfr
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD
要素RNA polymerase-binding transcription factor CarD
キーワードTRANSCRIPTION / Tudor-like domain / Five helical bundle / Transcriptional regulator / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth rate / stringent response / rRNA transcription
類似検索 - 分子機能
CarD-like, C-terminal domain / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / RNA polymerase-binding transcription factor CarD / RNA polymerase-binding transcription factor CarD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kaur, G. / Thakur, K.G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD, an essential RNA polymerase binding protein, reveals a quasidomain-swapped dimeric structural architecture.
著者: Kaur, G. / Dutta, D. / Thakur, K.G.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,36031
ポリマ－18,9891
非ポリマー3,37130
水55831
1
A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
ヘテロ分子

A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,72062
ポリマ－37,9772
非ポリマー6,74360
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area16150 Å2
ΔGint-385 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.248, 93.248, 87.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase-binding transcription factor CarD


分子量: 18988.516 Da / 分子数: 1 / 変異: S162A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: carD, Rv3583c, MT3689 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53568, UniProt: P9WJG3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.53 % / Mosaicity: 0.71 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5M Lithium Sulphate, 0.1M HEPES pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月6日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14.2 % / Av σ(I) over netI: 6.1 / 数: 198029 / Rsym value: 0.122 / D res high: 2.5 Å / D res low: 93.248 Å / Num. obs: 13977 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.9146.6299.610.0290.02912.1
5.597.9110010.0540.05413.7
4.565.5910010.0620.06214
3.954.5610010.0580.05814.2
3.543.9510010.0780.07814.3
3.233.5410010.1220.12214.3
2.993.2310010.2060.20614.3
2.82.9910010.3380.33814.4
2.642.810010.4830.48314.3
2.52.6410010.6550.65514.3
反射解像度: 2.5→52.73 Å / Num. obs: 27954 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 4.2 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 48.903 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1991 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→41.182 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS FRIEDEL PAIRS I_PLUS/MINUS COLUMNS.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2429 2547 RANDOM
Rwork0.2146 --
obs0.2174 25575 -
all-25575 -
原子変位パラメータBiso max: 184.5 Å2 / Biso mean: 39.2576 Å2 / Biso min: 12.41 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1290 0 87 31 1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.5001-2.54820.37121470.3087X-RAY DIFFRACTION129818
2.5482-2.60020.35761420.3108X-RAY DIFFRACTION127718
2.6002-2.65670.28171180.2799X-RAY DIFFRACTION129018
2.6567-2.71850.29031650.2814X-RAY DIFFRACTION124318
2.7185-2.78640.32581430.2776X-RAY DIFFRACTION129218
2.7864-2.86180.26151440.2549X-RAY DIFFRACTION128218
2.8618-2.9460.2861480.2402X-RAY DIFFRACTION126618
2.946-3.0410.28241380.2327X-RAY DIFFRACTION128618
3.041-3.14970.25931400.2185X-RAY DIFFRACTION126618
3.1497-3.27570.27481420.2302X-RAY DIFFRACTION130918
3.2757-3.42470.24381460.2064X-RAY DIFFRACTION125818
3.4247-3.60520.18711390.1807X-RAY DIFFRACTION128918
3.6052-3.83090.21241330.1762X-RAY DIFFRACTION129218
3.8309-4.12650.2041530.1692X-RAY DIFFRACTION126818
4.1265-4.54120.16751570.1633X-RAY DIFFRACTION127118
4.5412-5.19730.23711450.1713X-RAY DIFFRACTION126818
5.1973-6.54380.2121100.2291X-RAY DIFFRACTION130918
6.5438-41.18710.27091370.2523X-RAY DIFFRACTION126418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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