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- PDB-4mew: Structure of the core fragment of human PR70 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mew
タイトルStructure of the core fragment of human PR70
要素Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta
キーワードhydrolase / cell cycle / EF-hands / Protein Phosphatase / Calcium Binding / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase type 2A complex / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / protein phosphatase regulator activity / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / protein dephosphorylation / Cyclin D associated events in G1 / regulation of cell cycle / calcium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin; domain 1 - #230 / Recoverin; domain 1 - #220 / PP2A regulatory subunit B'', EF-hand domain / : / EF-hand domain / P2R3B, EF-hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Recoverin; domain 1 - #230 / Recoverin; domain 1 - #220 / PP2A regulatory subunit B'', EF-hand domain / : / EF-hand domain / P2R3B, EF-hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.993 Å
データ登録者Dovega, R.B. / Quistgaard, E.M. / Tsutakawa, S. / Anandapadamanaban, M. / Low, C. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Human PR70 in Isolation and in Complex with the Scaffolding Subunit of Protein Phosphatase 2A.
著者: Dovega, R. / Tsutakawa, S. / Quistgaard, E.M. / Anandapadamanaban, M. / Low, C. / Nordlund, P.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1305
ポリマ－41,8661
非ポリマー2644
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.11, 74.46, 62.33
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta / PP2A subunit B isoform PR48 / Protein phosphatase 2A 48 kDa regulatory subunit


分子量: 41866.066 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 130-483 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R3B, PPP2R3L / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5P8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 16% PEG 2000 monomethyl ether, 0.15 M trimethylamine N-oxide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→37.23 Å / Num. all: 45116 / Num. obs: 45116 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique all: 3010 / Rsym value: 0.601 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(autosol)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.993→37.23 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1931 958 4.13 %Random
Rwork0.1621 ---
obs0.1635 45105 99.07 %-
all-45105 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.993→37.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2844 0 14 347 3205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8033949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4171071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9931-2.0470.3051050.2363040X-RAY DIFFRACTION89
2.047-2.10720.24091480.20513341X-RAY DIFFRACTION100
2.1072-2.17530.20771330.1873389X-RAY DIFFRACTION100
2.1753-2.2530.26831120.1853364X-RAY DIFFRACTION100
2.253-2.34320.21781440.17853356X-RAY DIFFRACTION100
2.3432-2.44980.24131480.17163367X-RAY DIFFRACTION100
2.4498-2.57890.24491450.17073314X-RAY DIFFRACTION100
2.5789-2.74050.21521470.16313367X-RAY DIFFRACTION100
2.7405-2.9520.18631420.16963371X-RAY DIFFRACTION100
2.952-3.24890.18871520.15983318X-RAY DIFFRACTION100
3.2489-3.71860.18091310.13623414X-RAY DIFFRACTION100
3.7186-4.68360.13541790.12713300X-RAY DIFFRACTION100
4.6836-37.23650.16911770.15773301X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2688-0.3349-1.11840.75990.89122.1704-0.05060.0062-0.0516-0.0164-0.01660.02240.120.08590.02970.088-0.0113-0.02950.1070.00270.101245.028431.55267.2065
21.22010.2335-1.03940.5763-0.67442.18960.0665-0.04250.12390.0152-0.00620.0847-0.1189-0.1166-0.03080.11530.01520.00170.1081-0.01820.126425.247442.53634.4843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resseq 134:309)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resseq 310:481)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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