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- PDB-5y83: Crystal structure of YidC from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y83
タイトルCrystal structure of YidC from Thermotoga maritima
要素Membrane protein insertase YidC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / yidc / alb3 / oxa1 / sec
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane insertase activity / protein insertion into membrane / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane insertase YidC / : / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein insertase YidC
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.842 Å
データ登録者Huang, Y. / Xin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China2013CB910603 中国
引用ジャーナル: FASEB J. / 年: 2018
タイトル: Structure of YidC from Thermotoga maritima and its implications for YidC-mediated membrane protein insertion
著者: Xin, Y. / Zhao, Y. / Zheng, J. / Zhou, H. / Zhang, X.C. / Tian, C. / Huang, Y.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein insertase YidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2621
ポリマ－52,2621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.745, 103.600, 129.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein insertase YidC / Foldase YidC / Membrane integrase YidC / Membrane protein YidC


分子量: 52261.875 Da / 分子数: 1 / 変異: T24V, K25V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: yidC, TM_1461 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1H2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 20% PEG1500(w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 10459 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 85442
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.8-3.948.310190.5390.940.926100
3.94-4.098.410160.720.6710.94100
4.09-4.288.410300.9350.3250.9531000.9020.961
4.28-4.58.310310.9690.181.0481000.4970.529
4.5-4.798.310410.990.1091.1241000.30.32
4.79-5.168.310320.990.1051.1041000.2910.31
5.16-5.678.210450.9820.11.0631000.2720.291
5.67-6.497.910560.9840.0781.0781000.2090.223
6.49-8.188.110710.9970.0361.1531000.10.106
8.18-507.511180.9970.0241.08997.10.0610.066

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.842→42.758 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 32.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3124 729 5.16 %
Rwork0.2635 --
obs0.266 10459 75.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 235.72 Å2 / Biso mean: 69.7552 Å2 / Biso min: 7.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.842→42.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2679 0 0 0 2679
残基数----342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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