PDB-4mdv: Crystal structure of calcium-bound annexin (Sm)1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mdv

タイトル

Crystal structure of calcium-bound annexin (Sm)1

要素

Annexin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / annexin / calcium-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

female gamete generation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / host cell / membrane fusion / calcium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hofmann, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and immunological properties of the first annexin from Schistosoma mansoni: insights into the structural integrity of the schistosomal tegument.
著者: Leow, C.Y. / Willis, C. / Osman, A. / Mason, L. / Simon, A. / Smith, B.J. / Gasser, R.B. / Jones, M.K. / Hofmann, A.

履歴

登録	2013年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mdv.cif.gz	300.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mdv.ent.gz	243.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mdv_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mdv_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	4mdv_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	4mdv_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4mdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/4mdv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mduSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5npq-d 1zee-d 2nrb-1 3o1l-1 4ylf-1 5e3i-d 2bu6-1 3oth-d 6lin-1 2bu5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Annexin

B: Annexin

ヘテロ分子

86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.822, 88.486, 68.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and backbone
2	1	1	chain B and backbone

#1: タンパク質	Annexin 分子量: 42815.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: annexin (Sm)1, Smp_074150.1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4QH88
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 12.5% PEG2000, 50 mM TRIS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.3378 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3378 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→24.1 Å / Num. obs: 26180 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.041
反射シェル	最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.386 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MDU

4mdu

解像度: 2.5→24.1 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	2604	5.1 %
R_work	0.1902	-	-
obs	0.1937	24835	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.315 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.786 Å²	0 Å²	-5.6488 Å²
2-	-	-3.3565 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.4294 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5614	0	13	117	5744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5791
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.188	7752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.285	2208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	877
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	981

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1396	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.5455	0.3655	145	0.2975	2446	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5455-2.5944	0.3975	154	0.3	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5944-2.6473	0.4208	120	0.3337	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6473-2.7048	0.3613	115	0.2689	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7048-2.7676	0.3322	145	0.2798	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7676-2.8367	0.3517	160	0.2668	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8367-2.9133	0.382	137	0.2415	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9133-2.9988	0.3387	134	0.2375	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9988-3.0954	0.3649	152	0.2547	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0954-3.2058	0.3287	143	0.2457	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2058-3.3339	0.2955	155	0.2054	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3339-3.4852	0.2803	131	0.2066	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4852-3.6683	0.2562	135	0.1958	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6683-3.8973	0.2441	121	0.1818	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8973-4.1967	0.2196	114	0.1568	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1967-4.6164	0.1785	135	0.1394	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6164-5.2783	0.2266	131	0.141	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2783-6.6272	0.2186	126	0.1898	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6272-24.1333	0.2205	151	0.1617	2547	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7071	-1.0871	0.326	1.1334	0.0222	0.9628	-0.0298	-0.0431	-0.15	0.0252	-0.019	0.1944	0.0607	-0.1086	0.0374	0.233	-0.0018	0.0319	0.2372	0.0472	0.2933	-20.1259	-4.709	-31.7131
2	1.263	-0.2757	-0.2729	1.061	-0.1512	0.5653	-0.0763	0.0852	-0.0908	-0.0276	0.1985	-0.069	-0.119	-0.0303	-0.1118	0.2727	0.022	-0.0119	0.3146	-0.0117	0.2648	6.1373	5.3372	-59.97

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	6 - 364
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	6 - 363

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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