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万見
- PDB-4mdd: Crystal Structure of the Glucocorticoid Receptor Bound to a Non-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mdd
タイトルCrystal Structure of the Glucocorticoid Receptor Bound to a Non-steroidal Antagonist Reveals Repositioning and Partial Disordering of Activation Function Helix 12
要素
  • Glucocorticoid receptor
  • Nuclear receptor corepressor 1
キーワードPROTEIN BINDING / nuclear hormone receptor ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response ...: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / negative regulation of glycolytic process / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of JNK cascade / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of fatty acid metabolic process / Notch-HLH transcription pathway / locomotor rhythm / motor behavior / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / estrogen response element binding / cellular response to dexamethasone stimulus / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Nuclear signaling by ERBB4 / core promoter sequence-specific DNA binding / spindle assembly / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / transcription repressor complex / negative regulation of miRNA transcription / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / nuclear receptor binding / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / HDACs deacetylate histones / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / promoter-specific chromatin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Heme signaling / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / Regulation of RUNX2 expression and activity / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear receptor activity / : / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / mitotic spindle / transcription corepressor activity / positive regulation of neuron apoptotic process / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / : / SANT/Myb domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29M / Nuclear receptor corepressor 1 / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Coghlan, M.J. / Luz, J.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Glucocorticoid Receptor Bound to a Non-steroidal Antagonist Reveals Repositioning and Partial Disordering of Activation Function Helix 12
著者: Luz, J.G. / Coghlan, M.J.
履歴
登録2013年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
C: Nuclear receptor corepressor 1
D: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6186
ポリマ－62,5984
非ポリマー1,0192
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.543, 72.543, 229.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29667.309 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 522-777
変異: L525S, L528S, L535A, V538T, F602Y, C638D, E684A, E688A, W712S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR / N-CoR1


分子量: 1631.937 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2260-2274 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75376
#3: 化合物 ChemComp-29M / N-[2-{[benzyl(methyl)amino]methyl}-3-(4-fluoro-2-methoxyphenyl)-5-(propan-2-yl)-1H-indol-7-yl]methanesulfonamide / N-(2-(ベンジル(メチル)アミノ)メチル-3-(2-メトキシ-4-フルオロフェニル)-5-イソプロピル-1H-イン(以下略)


分子量: 509.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32FN3O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris HCl plus 6% 1,6 - Hexanediol + 24% PEG 8K, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→19.8 Å / Num. all: 37462 / Num. obs: 406044 / % possible obs: 99.6 % / Biso Wilson estimate: 51.93 Å2
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.5精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9222 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8948 / SU R Cruickshank DPI: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 870 3.09 %RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.222 28177 99.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1668 Å20 Å20 Å2
2---1.1668 Å20 Å2
3---2.3337 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.328 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3957 0 72 112 4141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.075560HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1455SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes593HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4112HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion523SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4822SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2946 86 2.92 %
Rwork0.2361 2856 -
all0.2377 2942 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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