PDB-4mcu: Crystal structure of disulfide oxidoreductase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mcu

タイトル

Crystal structure of disulfide oxidoreductase from Klebsiella pneumoniae in reduced state

要素

Thiol:disulfide interchange protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxidative folding / virulence factor maturation / Thioredoxin fold / DsbA / disulfide oxidase / DsbB / Periplasmic

機能・相同性

機能・相同性情報

disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Kurth, F. / Premkumar, L. / Martin, J.L.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Comparative Sequence, Structure and Redox Analyses of Klebsiella pneumoniae DsbA Show That Anti-Virulence Target DsbA Enzymes Fall into Distinct Classes.
著者: Kurth, F. / Rimmer, K. / Premkumar, L. / Mohanty, B. / Duprez, W. / Halili, M.A. / Shouldice, S.R. / Heras, B. / Fairlie, D.P. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L.

履歴

登録	2013年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mcu.cif.gz	627.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mcu.ent.gz	534.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mcu_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mcu_full_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示
XML形式データ	4mcu_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	4mcu_validation.cif.gz	57.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mbsC 1dsbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qnn-2 5qog-2 2ndo-d 6urr-d 4od7-3 2rem-3 6usb-d 5qmi-1 5qo9-2 5qod-1 5qo4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein

B: Thiol:disulfide interchange protein

C: Thiol:disulfide interchange protein

D: Thiol:disulfide interchange protein

E: Thiol:disulfide interchange protein

F: Thiol:disulfide interchange protein

127 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein

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3

C: Thiol:disulfide interchange protein

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4

D: Thiol:disulfide interchange protein

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5

E: Thiol:disulfide interchange protein

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6

F: Thiol:disulfide interchange protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.540, 91.540, 147.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein 分子量: 21164.006 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: 342 / 遺伝子: dsbA, KPK_5512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5XZJ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: succinic acid, polyethylene glycol 1500 and 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月16日
放射	モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→53.9 Å / Num. all: 94740 / Num. obs: 94740 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 13833 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	ICE	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1DSB

1dsb

解像度: 1.99→53.9 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Used twin target function (h,-h-k,-l) implemented in phenix.refine

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1962	4816	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1617	-	-	-
obs	0.1676	94693	99.91 %	-
all	-	94693	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→53.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8783	0	0	371	9154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.74	12225
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.233	3275
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1592

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9891-2.0233	0.3191	258	0.2786	4466	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0233-2.0601	0.2839	233	0.2692	4497	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0601-2.0998	0.2816	265	0.2402	4475	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0998-2.1426	0.275	226	0.2377	4536	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1426-2.1892	0.2587	216	0.2331	4487	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1892-2.2401	0.242	256	0.2259	4505	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2401-2.2961	0.2558	265	0.2256	4465	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2961-2.3582	0.2607	195	0.2159	4535	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3582-2.4275	0.2533	212	0.2014	4544	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4275-2.5059	0.2407	225	0.2051	4481	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5059-2.5954	0.1903	228	0.1959	4539	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5954-2.6993	0.2194	274	0.1968	4475	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6993-2.8221	0.2074	264	0.1809	4422	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8221-2.9708	0.2242	238	0.1819	4513	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9708-3.1568	0.1898	249	0.1704	4509	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1568-3.4003	0.1983	223	0.1597	4525	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4003-3.7421	0.1768	241	0.1311	4461	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7421-4.2826	0.1706	284	0.1225	4475	X-RAY DIFFRACTION	94
4.2826-5.3919	0.1682	242	0.1122	4471	X-RAY DIFFRACTION	94
5.3919-33.3857	0.1604	221	0.1379	4483	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1846	0.531	0.0476	1.903	0.0533	1.5216	0.0576	-0.0001	-0.0557	-0	0.049	0.1446	0.1153	-0.0472	-0.113	0.2072	-0.0331	-0.002	0.1551	-0.0023	0.173	34.4831	-33.7038	-4.5534
2	1.0953	0.4337	-0.2827	2.1697	-0.4857	2.1496	-0.0432	0.0498	-0.0864	0.0416	0.0685	0.1108	0.0891	-0.0836	-0.0357	0.2153	-0.0316	-0.007	0.1723	0.0159	0.202	-1.1619	-66.016	-16.0319
3	1.3579	1.1031	0.0212	2.6509	0.2079	1.7695	0.0105	-0.0739	-0.1847	0.0071	0.0634	-0.226	0.2088	0.145	-0.0657	0.1815	0.0156	0.0045	0.2266	-0.026	0.1908	50.5072	-40.7321	-29.2817
4	2.7112	0.1452	0.3851	1.6191	0.2436	3.654	0.0079	0.1705	-0.3463	-0.13	0.0846	-0.1603	0.358	0.4185	-0.0694	0.3078	-0.007	-0.018	0.2722	0.0018	0.2391	8.8589	-64.291	-40.4884
5	1.6835	0.947	-0.1057	2.2837	0.2731	1.8689	-0.0291	0.1852	0.1209	0.0723	0.0706	0.1363	-0.072	-0.0236	-0.0452	0.2158	-0.0255	-0.0102	0.2408	0.01	0.2622	36.5246	-86.1349	-14.885
6	1.0669	-0.2743	0.157	0.7411	-0.2623	1.3154	0.0433	-0.1369	0.0784	0.2489	0.0309	0.0981	-0.1352	-0.1174	-0.0663	0.4559	-0.013	0.0015	0.2476	-0.0064	0.3197	32.9844	-79.4615	10.1017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'

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