PDB-4od7: Complex structure of Proteus mirablis DsbA (C30S) with a non-cova...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4od7

タイトル

Complex structure of Proteus mirablis DsbA (C30S) with a non-covalently bound peptide PWATCDS

要素

(ACE)PWATCDS(NH2) Peptide
Thiol:disulfide interchange protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE/PEPTIDE / Oxidative folding protein / virulence factor maturation protein / disulfide oxidoreductase / Thioredoxin / DsbA / Dithiol exchange / DsbB / Periplasmic / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus mirabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.597 Å

データ登録者

Kurth, F. / Premkumar, L. / Martin, J.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Dithiol Oxidase DsbA Enzyme from Proteus Mirabilis Bound Non-covalently to an Active Site Peptide Ligand.
著者: Kurth, F. / Duprez, W. / Premkumar, L. / Schembri, M.A. / Fairlie, D.P. / Martin, J.L.

履歴

登録	2014年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4od7.cif.gz	338.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4od7.ent.gz	282.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4od7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4od7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4od7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oceSC 4ocfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tky-4 5qnt-2 5qnz-1 5qme-1 5qkr-1 5qo9-2 5qmz-1 6poi-1 6pg2-1 5qmm-1 5qnn-2 5qog-2 5qkl-1 5qmp-2 5qod-1 5qo8-1 5qkz-1 5qm5-2 5qno-2 5qo0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein

B: Thiol:disulfide interchange protein

C: Thiol:disulfide interchange protein

D: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide

E: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide

F: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide

ヘテロ分子

65.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein

D: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein

F: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Thiol:disulfide interchange protein

E: (ACE)PWATCDS(NH2) Peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.056, 74.056, 93.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein 分子量: 21011.627 Da / 分子数: 3 / 変異: C30S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: HI4320 / 遺伝子: dsbA, PMI2828 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: B4EZ68
#2: タンパク質・ペプチド	(ACE)PWATCDS(NH2) Peptide 分子量: 802.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG3350, 0.2 M KSCN, 0.2 M NDSB-221, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月23日
放射	モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.597→64.13 Å / Num. all: 74969 / Num. obs: 74969 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.597→1.68 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10489 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	ICE	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OCE

4oce

解像度: 1.597→37.718 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: the following twin law was applied in the refinement: h,-h-k,-l

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1995	3774	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1725	-	-	-
all	0.178	74969	-	-
obs	0.178	74969	98.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.597→37.718 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4512	0	12	542	5066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.555	6256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.482	1666
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	696
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	814

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5982-1.6257	0.2928	182	0.3037	3221	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6257-1.6553	0.2855	191	0.2777	3594	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6553-1.6871	0.2941	170	0.2697	3563	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6871-1.7215	0.2847	194	0.2772	3547	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7215-1.759	0.3056	196	0.2557	3545	X-RAY DIFFRACTION	94
1.759-1.7999	0.2854	154	0.2592	3577	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7999-1.8449	0.2573	192	0.2376	3560	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8449-1.8947	0.2489	169	0.2278	3599	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8947-1.9504	0.2337	192	0.2221	3581	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9504-2.0134	0.2388	187	0.2204	3516	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0134-2.0853	0.23	205	0.2127	3608	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0853-2.1687	0.2511	176	0.2029	3590	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1687-2.2674	0.2233	206	0.2002	3535	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2674-2.3868	0.2264	206	0.1929	3611	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3868-2.5362	0.202	182	0.1877	3554	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5362-2.7317	0.2073	188	0.1767	3621	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7317-3.0061	0.2029	189	0.1667	3586	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0061-3.4399	0.1948	194	0.1506	3583	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4399-4.3295	0.1486	199	0.1218	3580	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3295-23.4636	0.1508	193	0.1219	3592	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.829	0.1255	-0.0435	1.5344	-1.1797	3.7327	-0.0194	-0.0395	0.1029	0.0529	-0.0298	0.0267	-0.5942	-0.1875	0.0514	0.2185	0.0657	-0.0145	0.1119	-0.0234	0.1147	-34.7841	24.8217	22.4453
2	2.1838	1.0592	-0.8289	1.3407	-0.6469	0.9605	-0.0716	0.1533	-0.0044	-0.1213	0.1093	0.0889	0.0639	-0.0386	-0.0431	0.1584	-0.0041	-0.0114	0.1319	-0.0179	0.1385	0.306	37.9563	3.5805
3	1.0243	0.3483	1.1057	1.1303	0.437	3.7485	-0.0225	0.1501	0.0203	-0.0412	-0.0163	-0.1055	-0.1095	0.5884	0.0369	0.0793	0.0035	0.0182	0.2447	0.0105	0.1185	1.9306	3.6445	13.9395
4	9.2741	6.4686	-0.8967	7.6135	-1.8552	4.1555	-0.0249	-0.3712	0.4005	0.2399	-0.0025	0.4446	-0.5237	-0.1467	0.0346	0.2271	0.0677	-0.0291	0.1055	-0.0078	0.1354	-37.1989	29.7927	9.0588
5	4.9572	1.7858	1.7065	3.4231	2.781	3.5114	0.1805	0.0378	-0.0241	0.0862	-0.0778	-0.3164	0.1011	0.5931	-0.058	0.1421	0.0049	0.0189	0.3061	0.0438	0.1117	7.3139	4.0021	27.3955
6	1.1246	2.1325	-0.7503	2.0035	-2.5282	1.8731	-0.1049	0.097	-0.0262	-0.6052	0.2711	-0.2242	0.0644	0.0117	-0.1448	0.19	0.01	0.0215	0.2225	-0.0422	0.1725	-5.2907	35.6634	17.0281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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