PDB-4mbx: Structure of unliganded B-Lymphotropic Polyomavirus VP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mbx

タイトル

Structure of unliganded B-Lymphotropic Polyomavirus VP1

要素

Major Capsid Protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / jelly roll / polyomavirus / viral capsid (structural) protein / DNA encapsidation / receptor binding / Sialylated oligosaccharides / Viral Coat Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

B-lymphotropic polyomavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Khan, Z.M. / Neu, U. / Schuch, B. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structures of B-Lymphotropic Polyomavirus VP1 in Complex with Oligosaccharide Ligands.
著者: Neu, U. / Khan, Z.M. / Schuch, B. / Palma, A.S. / Liu, Y. / Pawlita, M. / Feizi, T. / Stehle, T.

履歴

登録	2013年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mbx.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mbx.ent.gz	898.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mbx_validation.pdf.gz	520.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mbx_full_validation.pdf.gz	533.8 KB	表示
XML形式データ	4mbx_validation.xml.gz	113.8 KB	表示
CIF形式データ	4mbx_validation.cif.gz	160.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mbyC 4mbzC 1vpnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mby-1 4mby-2 4poq-1 4mbz-1 4mbz-2 4pot-2 6y66-1 4poq-2 4u62-1 6y65-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Major Capsid Protein VP1

B: Major Capsid Protein VP1

C: Major Capsid Protein VP1

D: Major Capsid Protein VP1

E: Major Capsid Protein VP1

F: Major Capsid Protein VP1

G: Major Capsid Protein VP1

H: Major Capsid Protein VP1

I: Major Capsid Protein VP1

J: Major Capsid Protein VP1

ヘテロ分子

303 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major Capsid Protein VP1

B: Major Capsid Protein VP1

C: Major Capsid Protein VP1

D: Major Capsid Protein VP1

E: Major Capsid Protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Major Capsid Protein VP1

G: Major Capsid Protein VP1

H: Major Capsid Protein VP1

I: Major Capsid Protein VP1

J: Major Capsid Protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.010, 95.920, 231.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.451609, -0.845942, 0.283604), (0.841913, 0.298824, -0.449318), (0.295349, 0.441686, 0.847161)	1.80316, -1.38432, -1.06614
3	given	(-0.418847, -0.524699, 0.741119), (0.513861, -0.809865, -0.282958), (0.748674, 0.262316, 0.608832)	3.80888, -0.236, -2.16858
4	given	(-0.421196, 0.520821, 0.742522), (-0.525219, -0.807507, 0.268472), (0.739418, -0.276908, 0.613664)	4.15668, 1.76327, -2.19031
5	given	(0.459038, 0.8417, 0.284297), (-0.843621, 0.312642, 0.43653), (0.278544, -0.440223, 0.853591)	1.50809, 2.78073, -0.82625
6	given	(-0.977112, -0.212441, -0.011019), (-0.212355, 0.971028, 0.109592), (-0.012582, 0.109423, -0.993916)	65.87148, 0.66746, 113.76813
7	given	(-0.263385, -0.886484, -0.380492), (-0.885077, 0.065159, 0.460861), (-0.383754, 0.458148, -0.801769)	63.19434, 3.41571, 115.13501
8	given	(0.52172, -0.339374, -0.782709), (-0.335076, -0.925256, 0.177833), (-0.784559, 0.169488, -0.596441)	59.88453, 1.11224, 116.86166
9	given	(0.294056, 0.678746, -0.672931), (0.685228, -0.640544, -0.34665), (-0.666329, -0.359176, -0.653451)	61.07758, -2.92092, 116.13782
10	given	(-0.629816, 0.751771, -0.195379), (0.753715, 0.530698, -0.387652), (-0.187738, -0.391409, -0.900863)	64.60448, -3.02174, 114.34209

#1: タンパク質	Major Capsid Protein VP1 分子量: 30125.059 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) B-lymphotropic polyomavirus (ウイルス) 遺伝子: VP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04010*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 12% (v/v) Isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→40 Å / Num. all: 249079 / Num. obs: 246146 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.97 % / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 3.05 % / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0025	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VPN

1vpn

解像度: 1.92→39.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 6.822 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19813	12420	5 %	RANDOM
R_work	0.16485	-	-	-
obs	0.16655	233717	98.83 %	-
all	-	249026	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	-0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→39.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20912	0	118	1877	22907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	21741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.975	29649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.851	5	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.569	25.365	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.252	15	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.302	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	16458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.286	2.931	11079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.923	4.378	13852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.507	3.484	10661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.059	11.871	34987
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	896	-
R_work	0.257	17343	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7723	2.6559	5.6013	5.2933	5.8045	22.8772	0.0903	-0.0713	-0.0074	0.0381	-0.0208	-0.0048	0.4475	-0.5265	-0.0695	0.0853	0.0343	-0.0402	0.2878	0.0051	0.2082	45.4153	24.5404	49.7857
2	1.6806	-0.1127	1.245	1.128	-0.1307	1.8718	-0.0393	-0.0005	0.1528	0.1627	0.0661	0.1212	-0.3243	-0.0054	-0.0268	0.13	0.022	0.027	0.0945	-0.0104	0.0941	41.0784	26.2369	98.1866
3	3.0102	-0.6541	1.747	0.4508	-0.4482	1.6733	-0.0547	-0.0395	0.1083	0.0428	0.0163	0.0151	-0.1085	-0.0272	0.0384	0.04	-0.0073	-0.0167	0.0653	-0.0189	0.0338	43.1619	21.8618	89.0137
4	0.6957	-0.083	0.2735	0.4819	-0.34	1.5584	-0.0126	-0.0274	0.0532	0.0523	0.0079	0.0628	-0.0472	-0.1106	0.0047	0.0364	0.0097	-0.0241	0.0621	-0.0181	0.0457	34.6953	18.7517	94.5446
5	8.4191	-8.6301	-7.5514	18.0622	14.9699	19.4391	-0.5593	-0.8046	-0.1865	1.6407	0.0965	1.0916	0.5161	-0.0812	0.4629	0.3037	-0.0018	0.0913	0.2604	0.0139	0.2611	13.8771	27.6103	77.658
6	13.0622	4.3568	12.2858	1.895	5.9876	19.712	-0.2207	-0.0372	0.2348	-0.1045	-0.0413	0.1097	-0.2251	-0.182	0.262	0.2525	0.0773	-0.0899	0.1792	0.0494	0.2241	57.1517	-5.9609	43.682
7	1.5855	-0.0756	0.709	0.7948	-0.3974	2.424	0.0793	0.099	0.0645	-0.0317	0.0414	-0.1184	-0.1195	0.2921	-0.1207	0.0472	-0.0201	-0.0035	0.1045	-0.0009	0.0845	70.2827	18.9559	82.796
8	0.9887	-0.8131	1.1397	1.3756	-1.6101	3.7408	-0.0043	0.0709	0.0871	0.0447	-0.0391	-0.0927	-0.1168	0.1534	0.0433	0.023	-0.0148	-0.0239	0.0927	-0.009	0.0589	64.9515	11.7244	77.5768
9	0.6316	-0.2388	-0.0763	0.6186	0.1702	1.6254	0.011	-0.0011	0.0888	0.0094	0.0005	-0.0231	-0.1238	0.0682	-0.0116	0.0314	-0.0134	-0.0211	0.0863	0.0056	0.0386	58.2518	23.0034	83.4767
10	1.662	-0.2999	2.2227	0.7221	-0.7571	5.0892	0.0116	0.0309	0.0357	-0.0424	0.0675	0.0588	-0.1089	-0.0246	-0.0791	0.0186	0.0027	-0.0064	0.072	-0.0072	0.0309	62.0954	17.649	74.6101
11	12.3479	-2.8377	11.299	3.7441	-2.4812	11.1779	-0.1423	0.2897	0.5961	-0.2759	-0.1317	-0.1462	-0.2488	0.0419	0.2741	0.2502	-0.0174	0.0067	0.24	-0.0285	0.2076	35.0042	-28.3439	55.1054
12	0.7757	-0.2769	0.5602	0.9086	-0.0318	2.8569	0.0656	0.0338	-0.1513	-0.0581	0.0711	-0.1704	0.1677	0.1175	-0.1367	0.0662	0.0426	-0.011	0.1294	-0.0202	0.096	73.1992	-14.6441	81.1792
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	154 - 298
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	26 - 41
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	42 - 100
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	101 - 107
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	108 - 154
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	155 - 299
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	26 - 37
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	38 - 76
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	77 - 119
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	120 - 154
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	155 - 300
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	26 - 37
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	38 - 107
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	108 - 154
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	155 - 242
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	243 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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