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- PDB-4mbe: Sac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mbe
タイトルSac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex
要素
  • Cell division control protein 31
  • Nuclear mRNA export protein SAC3
  • Nucleoporin NUP1
  • Protein SUS1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TRANSCRIPTION / mRNA nuclear export / mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


half bridge of spindle pole body / spindle pole body duplication / actin filament-based process / DUBm complex / mitotic spindle pole body / Golgi vesicle transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / transcription export complex 2 / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript ...half bridge of spindle pole body / spindle pole body duplication / actin filament-based process / DUBm complex / mitotic spindle pole body / Golgi vesicle transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / transcription export complex 2 / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SLIK (SAGA-like) complex / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear localization sequence binding / mRNA 3'-end processing / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / SAGA complex / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / protein export from nucleus / enzyme activator activity / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / microtubule cytoskeleton organization / protein import into nucleus / nuclear envelope / protein transport / mitotic cell cycle / regulation of protein localization / chromatin organization / ribosomal small subunit biogenesis / microtubule binding / molecular adaptor activity / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / cell division / calcium ion binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1760 / Nuclear mRNA export protein Sac3 / SAC3 helical domain / Leucine permease transcriptional regulator helical domain / ENY2/SUS1 / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1760 / Nuclear mRNA export protein Sac3 / SAC3 helical domain / Leucine permease transcriptional regulator helical domain / ENY2/SUS1 / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 31 / Nucleoporin NUP1 / Nuclear mRNA export protein SAC3 / Transcription and mRNA export factor SUS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.612 Å
データ登録者Jani, D. / Meineke, B. / Stewart, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for binding the TREX2 complex to nuclear pores, GAL1 localisation and mRNA export.
著者: Jani, D. / Valkov, E. / Stewart, M.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 31
B: Nuclear mRNA export protein SAC3
C: Protein SUS1
D: Cell division control protein 31
E: Nuclear mRNA export protein SAC3
F: Protein SUS1
H: Nucleoporin NUP1
G: Nucleoporin NUP1
X: Nucleoporin NUP1
Y: Nucleoporin NUP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,71814
ポリマ－84,55810
非ポリマー1604
水59433
1
A: Cell division control protein 31
B: Nuclear mRNA export protein SAC3
C: Protein SUS1
G: Nucleoporin NUP1
X: Nucleoporin NUP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3597
ポリマ－42,2795
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area16960 Å2
手法PISA
2
D: Cell division control protein 31
E: Nuclear mRNA export protein SAC3
F: Protein SUS1
H: Nucleoporin NUP1
Y: Nucleoporin NUP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3597
ポリマ－42,2795
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.270, 62.399, 124.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain D and segid
12chain B and segid
22chain E and segid
13chain C and segid
23chain F and segid
14chain G and segid G
24chain H and segid H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain D and segidD0
112chain B and segidB0
212chain E and segidE0
113chain C and segidC0
213chain F and segidF0
114chain G and segid GG0
214chain H and segid HH0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Cell division control protein 31 / Nuclear pore protein CDC31 / Nucleoporin CDC31


分子量: 18774.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC31, DSK1, YOR257W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06704
#2: タンパク質 Nuclear mRNA export protein SAC3 / Leucine permease transcriptional regulator


分子量: 6623.573 Da / 分子数: 2 / Fragment: CDC31 interacting region, residues 753-805 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SAC3, LEP1, YDR159W, YD8358.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46674
#3: タンパク質 Protein SUS1


分子量: 11094.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUS1, YBR111W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WNK7

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 HGXY

#4: タンパク質・ペプチド
Nucleoporin NUP1 / Nuclear pore protein NUP1


分子量: 2893.461 Da / 分子数: 4 / Fragment: FXF 1 repeat containing region, residues 316-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP1, YOR098C, YOR3182C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20676

-
非ポリマー , 2種, 37分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月12日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→43.8 Å / Num. all: 23841 / Num. obs: 23841 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.61→2.73 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FWB

3fwb


解像度: 2.612→43.8 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 1219 5.12 %random
Rwork0.1998 ---
obs0.2017 23815 99.73 %-
all-23815 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.612→43.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5048 0 4 33 5085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8316867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9961969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003886
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1451X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
12D1451X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
21B498X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
22E498X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
31C812X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
32F812X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
41G68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
42H68X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL10.963
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6121-2.71660.30361200.25652525X-RAY DIFFRACTION100
2.7166-2.84030.31551210.2472503X-RAY DIFFRACTION100
2.8403-2.990.30811320.24662494X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.17720.26841480.23492467X-RAY DIFFRACTION100
3.1772-3.42250.30331240.23462522X-RAY DIFFRACTION100
3.4225-3.76670.26661310.19992498X-RAY DIFFRACTION99
3.7667-4.31140.23031420.17832514X-RAY DIFFRACTION100
4.3114-5.43030.20941430.17692510X-RAY DIFFRACTION100
5.4303-43.84280.19351580.18432563X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31740.3388-0.22460.93681.0931.5499-0.00970.13240.06470.1435-0.01020.2210.33530.1853-00.55690.09290.06080.56910.08790.4276-14.6295-24.0587-10.1915
20.38880.26240.17070.3205-0.03070.1248-0.1463-0.88840.4362-0.49440.8784-0.86120.30211.22020.00580.67130.1560.18541.22070.10820.9927-1.7095-18.4215-8.7096
31.72262.0009-1.18472.3588-1.11831.59170.4086-0.36780.28110.1963-0.22090.3221-0.27820.22780.01580.46390.03950.09130.53290.04050.4991-25.8214-23.3926-2.8812
40.73980.09610.12831.9885-0.62340.48530.52850.45970.40410.31850.02560.6601-0.1094-0.04620.00040.59580.0460.1310.75520.1410.7742-42.3959-30.04810.5934
50.5048-0.4211-0.52240.68430.55610.6552-0.50270.36790.5173-0.27540.54660.8541-0.6891-0.2964-0.44521.0301-0.0437-0.03230.50010.25270.8479-13.50569.1211-39.9624
60.1916-0.0921-0.17860.12510.06580.1763-0.15790.33420.1180.31780.38620.3154-0.1216-0.83670.00690.6680.08060.05380.5820.21620.4801-18.6266-3.2385-26.2041
71.3496-0.17240.64932.5987-0.61930.9233-0.4826-0.44350.3511-0.2098-0.0387-0.4746-0.0315-0.2024-0.06710.4240.20160.01090.89580.560.6424-24.0307-16.5137-15.0659
80.33680.04410.15980.1427-0.00240.49070.21420.2387-0.0604-0.0755-0.18730.14460.35890.3106-0.00010.56290.03680.00760.64230.20860.6269-31.9273-29.7928-3.97
90.2244-0.06010.06030.16670.15220.1890.2022-0.286-0.0259-0.02820.1388-0.5572-0.39930.1885-0.00120.5979-0.06580.02340.46690.00940.4509-3.8577-1.166-38.282
100.3933-0.32740.22780.83450.04970.24290.012-0.1125-0.12640.7287-0.0889-0.09440.55041.1568-0.58430.57910.2408-0.39580.96110.2094-0.3769-4.91851.4322-24.7988
110.20380.0444-0.04140.0412-0.03190.01480.7017-0.7911-0.090.21940.04040.0303-0.27550.47720.0060.89910.37230.13540.93780.09130.496-15.50673.0215-17.2657
121.3384-0.61030.68880.2662-0.27240.28660.5331-0.3121-0.66370.2435-0.56160.7668-0.3124-0.21890.01250.93870.34260.21521.28450.17320.8535-29.2967-5.5698-16.7536
130.03860.03110.07410.00650.00790.08790.3944-0.6444-0.4598-0.15681.5206-0.40031.44751.43410.00751.42970.1362-0.42841.4125-0.36081.7012-28.5501-21.0034-24.2717
140.0228-0.0129-0.01010.0079-0.01250.0201-0.78650.3691-0.334-0.3982-0.04260.8272-0.6505-0.04720.00280.722-0.1119-0.16831.5752-0.14451.0518-29.7315-8.2981-27.948
150.1226-0.03490.30660.91040.36840.91240.75841.28270.0617-0.27680.0728-0.0782-0.6507-1.35530.0830.63020.3164-0.01751.18720.10560.8769-27.1684.7125-24.7144
162.63220.32731.57390.12830.00631.37250.4644-0.60011.0405-0.13-0.0833-0.5469-1.1014-0.54960.21190.84240.11690.08270.3435-0.16260.6467-10.589510.5908-30.6452
172.0141-0.11381.57811.39911.06391.8154-0.11840.2345-0.3276-0.06580.14410.0642-0.14690.277-00.4705-0.0244-0.00940.36250.01870.3896-4.7661-10.355-52.0019
182.3572-2.3907-0.34312.53930.86852.0030.3428-0.11190.2823-0.0976-0.2162-0.9937-0.33151.15010.44690.3916-0.0584-0.17510.72590.01130.63327.0058-10.9361-49.6094
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290.220.0991-0.17010.091-0.22610.532-0.7884-1.08570.29540.67470.5247-0.0645-0.27380.61-0.02240.98980.38230.21571.0617-0.35081.4521-19.589-14.1401-37.7286
300.2004-0.27870.3660.653-0.13580.89520.9834-0.15640.35240.17220.41120.5308-0.1067-0.48893.33281.4008-0.07381.22360.76750.46750.5903-19.7107-27.4331-34.2884
310.01780.0609-0.02450.96740.8721.25880.1617-0.5533-0.73810.1777-0.03510.30140.51170.25240.30480.93220.07660.09680.63510.3210.909-9.2877-42.2381-36.2865
321.62-0.9222-2.59960.51411.46924.14270.4431-0.20630.633-0.167-0.4227-0.7206-0.7814-0.17971.1590.8003-0.1058-0.55680.95630.31991.15396.0534-42.6455-29.1325
330.9709-1.70760.29733.1397-0.48680.1232-0.7231-0.1672-1.0115-0.57620.36150.63140.15490.1246-0.15230.61940.13360.13780.68130.18520.4399-11.4638-6.8736-26.357
340.5741-0.583-1.81040.9222.05795.8779-0.14390.26550.2979-1.5645-0.33920.01680.4147-0.87410.12271.1016-0.15960.26540.4211-0.01121.3214-2.91566.1522-41.3028
350.1835-0.0194-0.19480.00430.02490.21030.1804-0.23790.03380.1596-0.082-0.11340.3593-0.35350.00671.8727-0.346-0.44171.16910.29271.253410.6555-37.838-24.6669
360.56770.05720.08682.1670.63470.1858-0.27920.17290.56160.39690.595-1.010.4460.666-0.03310.7128-0.0719-0.12780.86560.20320.4631-1.4799-25.1226-36.0415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 13:59 )A13 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 60:73 )A60 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 74:120 )A74 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 121:161 )A121 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 756:763 )B756 - 763
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 764:780 )B764 - 780
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 781:788 )B781 - 788
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 789:805 )B789 - 805
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 2:12 )C2 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 13:22 )C13 - 22
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 23:31 )C23 - 31
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 32:50 )C32 - 50
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 51:62 )C51 - 62
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 63:68 )C63 - 68
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 69:81 )C69 - 81
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 82:95 )C82 - 95
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 13:65 )D13 - 65
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 66:79 )D66 - 79
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 80:129 )D80 - 129
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 130:161 )D130 - 161
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 755:758 )E755 - 758
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 759:767 )E759 - 767
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 768:787 )E768 - 787
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 788:805 )E788 - 805
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN F AND RESID 8:12 )F8 - 12
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN F AND RESID 13:30 )F13 - 30
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN F AND RESID 31:39 )F31 - 39
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN F AND RESID 40:49 )F40 - 49
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN F AND RESID 50:60 )F50 - 60
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN F AND RESID 61:72 )F61 - 72
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN F AND RESID 73:87 )F73 - 87
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN F AND RESID 88:95 )F88 - 95
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN G AND RESID 331:339 )G331 - 339
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN X AND RESID 325:330 )X325 - 330
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN Y AND RESID 327:330 )Y327 - 330
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN H AND RESID 330:339 )H330 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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