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- PDB-4mbb: Cubic crystal form of PIR1 dual specificity phosphatase core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mbb
タイトルCubic crystal form of PIR1 dual specificity phosphatase core
要素RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
キーワードHYDROLASE / Atypical Dual Specificity Phosphatase / PIR1-core / RNA splicing / Helical hairpin / PTP-loop / deep catalytic cleft / Phosphate-binding loop (P-loop) / Acidic loop (WPD-loop) / RNA phosphatase / Dual specificity phosphatase / RNA-RNP complex-1 / dephosphorylation / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / phosphatase activity / RNA processing / intercellular bridge / protein dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / fibrillar center / nuclear speck / mitochondrion ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / phosphatase activity / RNA processing / intercellular bridge / protein dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / fibrillar center / nuclear speck / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site ...: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure of Human PIR1, an Atypical Dual-Specificity Phosphatase.
著者: Sankhala, R.S. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6083
ポリマ－21,4771
非ポリマー1302
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子

A: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子

A: RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8249
ポリマ－64,4323
非ポリマー3916
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_456z-1,x,y+11
crystal symmetry operation9_546y,z-1,x+11
Buried area4850 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.740, 92.740, 92.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-516-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA/RNP complex-1-interacting phosphatase / Dual specificity protein phosphatase 11 / Phosphatase that interacts with RNA/RNP complex 1


分子量: 21477.498 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-207 / 変異: C152S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cell culture / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP11, PIR1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O75319, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Bis-Tris 0.1M, NaCl 0.2M, polyethylene glycol 3350 22%, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A10.972
シンクロトロンNSLS X29A21.07
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2013年3月19日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2013年6月19日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9721
21.071
反射解像度: 1.85→15 Å / Num. obs: 22788 / % possible obs: 99.09 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YN9

1yn9


解像度: 1.849→14.664 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.82 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1875 1129 4.96 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
obs0.1694 22769 99.09 %-
all-22788 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.849→14.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 6 181 1701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3782129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.606609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8485-1.93250.29141430.24022703X-RAY DIFFRACTION100
1.9325-2.03410.22521450.20892674X-RAY DIFFRACTION100
2.0341-2.16120.2131410.192710X-RAY DIFFRACTION100
2.1612-2.32740.19431390.17262706X-RAY DIFFRACTION100
2.3274-2.56060.19441380.17762716X-RAY DIFFRACTION100
2.5606-2.92850.21921400.17852716X-RAY DIFFRACTION100
2.9285-3.67990.20571430.16412721X-RAY DIFFRACTION99
3.6799-14.6640.14551400.15192694X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4903-3.0101-6.6361.80143.55458.0699-0.0975-1.07590.84170.9002-0.08850.6319-0.0191-0.0847-0.1750.5695-0.0439-0.00520.4435-0.18660.686311.615331.0366112.1285
23.5210.2956-0.80692.1791.33517.67740.2869-0.05280.4745-0.26660.1534-0.4859-0.89050.2791-0.24530.3832-0.08030.09890.2246-0.02710.424723.701529.070292.4934
32.74060.53920.75624.9821-1.99082.64560.0463-0.97060.63260.8954-0.07540.3349-1.5751-0.1635-0.43140.682-0.00210.05780.3321-0.12610.477715.89336.2435106.3712
42.90270.2027-0.61992.9740.02483.02870.36290.03730.8672-0.1259-0.0068-0.173-0.92640.0873-0.2730.5513-0.05680.11850.2448-0.00930.507617.325735.457796.2904
54.997-1.6332-1.2835.24171.35745.21460.10060.09510.5497-0.0690.01880.3418-0.8209-0.1478-0.06890.3482-0.00350.0210.30360.02680.26749.51227.192494.3572
63.35923.7687-3.72666.3114-5.54455.25930.24030.73880.3185-0.26390.64891.4379-0.424-0.9084-0.72570.36270.0561-0.00610.43660.02970.29098.856821.556782.8397
72.94740.9218-1.0323.4411.18121.09740.21470.29150.4011-0.47990.0907-0.1545-0.4463-0.2398-0.15790.32350.02050.08480.21330.06030.2317.504423.797586.08
83.7416-0.3128-0.06512.85480.85815.85030.00150.2517-0.0692-0.19010.0859-0.19820.06180.2647-0.09630.2459-0.02520.05390.27980.01030.263824.081414.84888.7288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 65 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 123 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 140 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 141 through 171 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 172 through 207 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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