PDB-4m8x: GS-8374, a Novel Phosphonate-Containing Inhibitor of HIV-1 Protea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m8x

タイトル

GS-8374, a Novel Phosphonate-Containing Inhibitor of HIV-1 Protease, Effectively Inhibits HIV PR Mutants with Amino Acid Insertions

要素

Protease

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / HIV protease / aspartic protease / GS8374 / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Grantz saskova, K. / Brynda, J. / Rezacova, P. / Kozisek, M. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: GS-8374, a prototype phosphonate-containing inhibitor of HIV-1 protease, effectively inhibits protease mutants with amino acid insertions.
著者: Grantz Saskova, K. / Kozisek, M. / Stray, K. / de Jong, D. / Rezaova, P. / Brynda, J. / van Maarseveen, N.M. / Nijhuis, M. / Cihlar, T. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2013年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m8x.cif.gz	99.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m8x.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4m8x_validation.pdf.gz	1022.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m8x_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4m8x_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	4m8x_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/4m8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/4m8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m8yC 2rkfS 2rkg S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oot-d 1mtb-d 1zpa-1 1hos-d 2nxd-d 6pjf-d 2hc0-d 1zsr-d 4cps-d 1meu-d 2cej-d 2bpw-d 2qhc-d 4f75-d 4hvp-d 6oxp-d 1bwa-d 3em4-1 1ec3-d 3r4b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

23 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.756, 61.756, 83.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID	Beg label alt-ID	End label alt-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	A	A	1 - 99	1 - 99
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	2	B	B	1 - 99	1 - 99
1	2	KGQ	KGQ	KGQ	KGQ	4	B	C	101		A	A
2	2	KGQ	KGQ	KGQ	KGQ	4	B	D	102		B	B

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10783.658 Da / 分子数: 2 / 変異: L10F, I13V, G16A, K20M, D37S, I46V, I54M, A71V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q90JJ9, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-KGQ / DIETHYL ({4-[(2S,3R)-2-({[(3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YLOXY]CARBONYL}AMINO)-3-HYDROXY-4-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}BUTYL]PHENOXY}METHYL)PHOSPHONATE 分子量: 728.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₉N₂O₁₂PS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5 M ammonium sulphate and 0.1 M sodium acetate pH 5.25-5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K PH範囲: 5.25-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.05 Å / Num. all: 11333 / Num. obs: 10764

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RKF

2rkf

解像度: 2.05→53.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 16.431 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26576	538	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20069	-	-	-
all	0.20339	10832	-	-
obs	0.20339	10764	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0.07 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→53.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1512	0	98	74	1684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	2.034	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3.008	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.235	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.345	24.426	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.206	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.789	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.056	1.5	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.148	1.5	415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.97	2	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.141	3	696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.642	4.5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	576	tight positional	0.1	0.05
1	1	713	medium positional	0.47	0.5
2	2	82	medium positional	0.11	0.5
1	1	576	tight thermal	0.26	0.5
1	1	713	medium thermal	0.28	2
2	2	82	medium thermal	0.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	38	-
R_work	0.319	758	-
obs	-	796	94.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9361	-0.2191	-0.2005	3.1328	-0.8737	5.6289	0.052	0.0802	0.1037	0.0171	-0.0998	-0.2382	-0.1	0.2858	0.0477	0.2872	-0.05	-0.0172	0.3184	0.0366	0.0766	1.117	56.35	2.724
2	0.4752	0.8688	-0.9545	4.4797	-1.7483	2.2067	0.0217	0.0572	0.1147	-0.0248	0.1338	0.0735	0.0261	-0.2146	-0.1555	0.3053	-0.0075	-0.0261	0.361	0.0851	0.0781	-6.506	62.882	-5.093
3	7.4817	4.7642	-5.5592	4.3864	-2.9283	4.543	-0.581	1.1976	0.8854	-0.171	0.8206	0.6412	0.3778	-0.8155	-0.2397	0.2307	-0.1702	-0.1688	0.5163	0.225	0.1333	-17.541	58.952	-10.118
4	0.7518	0.6848	-0.8691	2.5344	-1.5276	6.0523	-0.0189	-0.172	-0.0355	-0.0357	-0.0838	-0.1751	0.1517	0.3276	0.1027	0.3047	0.0336	0.0009	0.3065	0.0409	0.0768	1.128	50.65	5.473
5	0.6063	-1.123	0.6913	5.2651	-1.7247	2.6564	0.0411	-0.0408	-0.1294	0.0207	0.1364	0.0383	-0.0299	-0.2716	-0.1775	0.3103	-0.0069	0.0148	0.3406	0.0801	0.0743	-6.499	44.063	13.231
6	8.9188	-5.1515	7.5064	5.9165	-5.2301	10.5154	-0.3684	-1.2728	-1.1998	0.2161	0.8874	1.0302	-0.3614	-0.9116	-0.519	0.2205	0.1282	0.1903	0.5	0.2356	0.1516	-17.551	47.996	18.212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	86 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	10 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	63 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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