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- PDB-4m82: The structure of E292S glycosynthase variant of exo-1,3-beta-gluc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m82
タイトルThe structure of E292S glycosynthase variant of exo-1,3-beta-glucanase from Candida albicans complexed with p-nitrophenyl-gentiobioside (product) at 1.6A resolution
要素EXO-1,3-BETA-GLUCANASE
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 5 / GLYCOSIDE HYDROLASE / CELL WALL HYDROLASE / GLYCOSYNTHASE / PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation in or on host organism / glucan metabolic process / glucan 1,3-beta-glucosidase / single-species biofilm formation on inanimate substrate / adhesion of symbiont to host cell / glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / fungal-type cell wall organization / glucan catabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cell-substrate adhesion ...single-species biofilm formation in or on host organism / glucan metabolic process / glucan 1,3-beta-glucosidase / single-species biofilm formation on inanimate substrate / adhesion of symbiont to host cell / glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / fungal-type cell wall organization / glucan catabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cell-substrate adhesion / cell adhesion molecule binding / extracellular vesicle / transferase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Chem-NGB / Glucan 1,3-beta-glucosidase / Glucan 1,3-beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.592 Å
データ登録者Nakatani, Y. / Cutfield, S.M. / Larsen, D.S. / Cutfield, J.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Major Change in Regiospecificity for the Exo-1,3-beta-glucanase from Candida albicans following Its Conversion to a Glycosynthase.
著者: Nakatani, Y. / Larsen, D.S. / Cutfield, S.M. / Cutfield, J.F.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXO-1,3-BETA-GLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4615
ポリマ－45,6931
非ポリマー7684
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.785, 64.333, 94.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EXO-1,3-BETA-GLUCANASE


分子量: 45693.312 Da / 分子数: 1 / 断片: EXO-1,3-BETA-GLUCANASE (unp residues 40-438) / 変異: E292S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: ATCC 10261 / 遺伝子: CaO19.10507, XOG, XOG1 / プラスミド: PPIC9K / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115/KM71
参照: UniProt: Q5AI63, UniProt: P29717*PLUS, glucan 1,3-beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-NGB / 4-nitrophenyl 6-O-beta-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / P-NITROPHENYL-GENTIOBIOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 463.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C18H25NO13
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細DUE TO ALTERNATIVE CODON USAGE BY CANDIDA ALBICANS, THIS POSITION IS A SER WHEN FROM NATURAL ...DUE TO ALTERNATIVE CODON USAGE BY CANDIDA ALBICANS, THIS POSITION IS A SER WHEN FROM NATURAL SOURCES, AND A LEU WHEN EXPRESSED IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1M HEPES-KOH, 0.2M CACL2, 19% PEG8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→39.44 Å / Num. all: 48332 / Num. obs: 48285 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 39.2
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 6562 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1CZ1

1cz1


解像度: 1.592→28.218 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 2436 5.05 %RANDOM
Rwork0.1474 ---
obs0.1492 48214 98.98 %-
all-48332 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.592→28.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3206 0 52 486 3744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0784697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0891217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5918-1.62430.23841340.18792208X-RAY DIFFRACTION84
1.6243-1.65960.22411410.17762676X-RAY DIFFRACTION100
1.6596-1.69820.22171520.17042673X-RAY DIFFRACTION100
1.6982-1.74070.1971400.16642718X-RAY DIFFRACTION100
1.7407-1.78780.20991310.16042689X-RAY DIFFRACTION100
1.7878-1.84030.20151490.16032694X-RAY DIFFRACTION100
1.8403-1.89970.22031500.15052681X-RAY DIFFRACTION100
1.8997-1.96760.21341210.14992708X-RAY DIFFRACTION100
1.9676-2.04640.21071680.15132678X-RAY DIFFRACTION100
2.0464-2.13950.18961350.14592702X-RAY DIFFRACTION100
2.1395-2.25220.18071510.14992718X-RAY DIFFRACTION100
2.2522-2.39330.19531370.14352721X-RAY DIFFRACTION100
2.3933-2.57790.19221280.15562754X-RAY DIFFRACTION100
2.5779-2.83720.18841570.1472716X-RAY DIFFRACTION100
2.8372-3.24720.1711380.1462766X-RAY DIFFRACTION100
3.2472-4.08910.15781510.12672785X-RAY DIFFRACTION100
4.0891-28.22260.15331530.14252891X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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