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- PDB-4m7s: Crystal structure of SeMet BtrN in an OPEN conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7s
タイトルCrystal structure of SeMet BtrN in an OPEN conformation
要素BtrN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / AdoMet radical fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2-deoxy-scyllo-inosamine dehydrogenase (AdoMet-dependent) / antibiotic biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-Deoxy-scyllo-inosamine dehydrogenase (BtrN-like) / 4Fe4S-binding SPASM domain / Iron-sulfur cluster-binding domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / IRON/SULFUR CLUSTER / S-adenosyl-L-methionine-dependent 2-deoxy-scyllo-inosamine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus circulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.022 Å
データ登録者Goldman, P.J. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: X-ray analysis of butirosin biosynthetic enzyme BtrN redefines structural motifs for AdoMet radical chemistry.
著者: Goldman, P.J. / Grove, T.L. / Booker, S.J. / Drennan, C.L.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BtrN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0326
ポリマ－31,0761
非ポリマー9575
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.408, 42.058, 50.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-654-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BtrN / BtrN protein


分子量: 31075.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 遺伝子: btrN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8G907
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / Density meas: 25.51 Mg/m3
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 13-18 % Jeffamine ED-2001 pH 7.0 (Hampton Research) and 100 mM imidazole pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 25638 / Biso Wilson estimate: 26.51 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.02-2.09174
2.09-2.18198.6
2.18-2.27199.9
2.27-2.391100
2.39-2.541100
2.54-2.741100
2.74-3.021100
3.02-3.451100
3.45-4.35199.8
4.35-501100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
APEXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.022→38.513 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.8353 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 1291 5.03 %
Rwork0.1706 --
obs0.173 13343 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.66 Å2 / Biso mean: 39.3754 Å2 / Biso min: 14.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.022→38.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1685 0 33 57 1775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1292410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.208657
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0216-2.10250.2961270.23132436256388
2.1025-2.19820.26461450.20462730287599
2.1982-2.31410.24821480.17627272875100
2.3141-2.45910.21611450.16627572902100
2.4591-2.64890.20241430.166127402883100
2.6489-2.91540.21151450.165327362881100
2.9154-3.3370.23311470.168427462893100
3.337-4.20350.20071420.152627582900100
4.2035-38.51970.20441490.172927282877100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56971.2777-0.60794.0611-0.22591.04370.04570.0539-0.2294-0.05070.0186-0.16640.28410.0511-0.05640.35530.048-0.04160.2477-0.04750.2313114.7691-20.851310.8999
21.83032.0284-0.75854.6268-2.80844.16280.0632-0.10130.05580.12260.00730.1179-0.1957-0.0539-0.08350.16070.0329-0.02740.1565-0.02470.151110.2061-13.167619.25
38.2012-5.78570.27817.66321.12816.2910.32180.3171-0.9409-0.4571-0.34930.6950.3841-0.61830.07990.2203-0.0636-0.0410.2707-0.00320.3261103.5411-24.722617.376
43.98771.5369-3.63794.5833-2.42883.6293-0.37160.2305-0.261-0.12030.2290.06140.5725-0.90010.41060.3301-0.1431-0.12750.4858-0.06950.3886101.4104-23.61894.9544
52.82970.08441.49914.14940.74435.3141-0.14760.4940.0104-0.68140.175-0.0604-0.24910.414-0.02330.269-0.03970.01450.28490.01640.1714116.1808-12.3211-0.8513
65.47670.5048-3.69594.6004-1.75618.0651-0.21630.2497-0.7085-0.01430.16911.03830.1015-0.7190.04120.3948-0.0463-0.08080.3212-0.08360.4995104.6389-21.8535-6.3811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:37)A1 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 38:107)A38 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 108:120)A108 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 135:170)A135 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 171:228)A171 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 229:249)A229 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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