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万見
- PDB-4m7f: Crystal structure of tetrameric fibrinogen-like recognition domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7f
タイトルCrystal structure of tetrameric fibrinogen-like recognition domain of FIBCD1 with bound ManNAc
要素Fibrinogen C domain-containing protein 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / fibrinogen-like domain / N-acetyl-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / collagen-containing extracellular matrix / extracellular space / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain ...Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / Fibrinogen C domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Greenhough, T.J. / Holmskov, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Tetrameric Fibrinogen-like Recognition Domain of Fibrinogen C Domain Containing 1 (FIBCD1) Protein.
著者: Shrive, A.K. / Moeller, J.B. / Burns, I. / Paterson, J.M. / Shaw, A.J. / Schlosser, A. / Sorensen, G.L. / Greenhough, T.J. / Holmskov, U.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3129
ポリマ－51,3762
非ポリマー9367
水5,783321
1
A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,06620
ポリマ－102,7524
非ポリマー2,31416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
2
B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Fibrinogen C domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,18216
ポリマ－102,7524
非ポリマー1,42912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.540, 119.540, 44.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fibrinogen C domain-containing protein 1


分子量: 25688.055 Da / 分子数: 2
断片: FIBCD1 fibrinogen related domain (UNP residues 236-461)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIBCD1, UNQ701/PRO1346
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N539

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糖 , 2種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BM3 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / N-acetyl-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-mannose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DManpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-mannopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 325分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.7M Ammonium sulphate, 7% Dioxane, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9745 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月21日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9745 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→53.461 Å / Num. all: 36910 / Num. obs: 36910 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.214.30.1744.22310153610.174100
2.21-2.354.30.1611.62152950380.16199.9
2.35-2.514.30.1262044947540.1299.9
2.51-2.714.30.0947.41914444600.09499.9
2.71-2.974.30.06510.91768941040.06599.8
2.97-3.324.20.05511.71555736850.05599.8
3.32-3.834.10.057.61349232730.0599.7
3.83-4.73.80.05310.21055327920.05399.2
4.7-6.644.30.03814.2939222010.038100
6.64-53.4614.20.03318520412420.03399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.1.4データスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Native FIBCD1 structure

解像度: 2.1→53.461 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.888 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 1834 5 %random
Rwork0.1869 ---
obs0.1939 36910 99.7 %-
all-36910 --
溶媒の処理Bsol: 46.3891 Å2
原子変位パラメータBiso max: 56.4 Å2 / Biso mean: 18.1329 Å2 / Biso min: 5.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.635 Å20 Å20 Å2
2---2.635 Å20 Å2
3---5.271 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→53.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 56 321 3908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9262
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7972.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 36

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.120.2783430.2189948991
2.12-2.140.2055580.2031940998
2.14-2.160.2493570.19889791036
2.16-2.180.1788450.17599721017
2.18-2.210.2073460.18489661012
2.21-2.230.2351450.19619891034
2.23-2.260.3064450.23489741019
2.26-2.280.2222450.1953949994
2.28-2.310.2313490.19549911040
2.31-2.340.165330.17279731006
2.34-2.370.2138610.18439471008
2.37-2.40.2041500.18189751025
2.4-2.440.2138520.18369791031
2.44-2.470.2483400.18639711011
2.47-2.510.219590.17689591018
2.51-2.550.2377450.18299851030
2.55-2.60.2246410.19339891030
2.6-2.650.1947600.18579461006
2.65-2.70.2236580.18489531011
2.7-2.750.2241410.19169921033
2.75-2.810.2373660.17739551021
2.81-2.880.2109540.19059621016
2.88-2.950.2691500.19379791029
2.95-3.030.2621530.19549781031
3.03-3.120.2174500.19689641014
3.12-3.220.1923430.19289721015
3.22-3.330.2177590.18439771036
3.33-3.470.2023510.18859901041
3.47-3.620.2008510.17669741025
3.62-3.820.1841540.16599821036
3.82-4.060.1842560.16439731029
4.06-4.370.1883480.15139761024
4.37-4.810.1561650.1689651030
4.81-5.50.2542450.190810151060
5.5-6.930.2546610.24769941055
6.93-500.010.2169550.210810431098
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param
X-RAY DIFFRACTION5other_parupd.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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