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- PDB-4m77: Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group I212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m77
タイトルCrystal structure of Lsm2-8 complex, space group I212121
要素(U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Sm Like protein / RNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / tRNA processing / U2-type prespliceosome ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / tRNA processing / U2-type prespliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / precatalytic spliceosome / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG ...Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.111 Å
データ登録者Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA.
著者: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
I: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
K: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
L: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,03614
ポリマ－154,03614
非ポリマー00
水00
1
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0187
ポリマ－77,0187
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12370 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
2
H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
I: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
K: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
L: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0187
ポリマ－77,0187
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13260 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.103, 145.878, 149.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

-
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 14分子 AHBICJDKELFMGN

#1: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量: 12355.225 Da / 分子数: 2 / 変異: K17L,C22S,I38L,C51S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM8, YJR022W, J1464, YJR83.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47093
#2: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3


分子量: 11161.822 Da / 分子数: 2 / 変異: C45S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203
#3: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein


分子量: 10007.131 Da / 分子数: 2 / 変異: C37S,C63S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743
#4: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 9406.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM6, YDR378C, D9481.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06406
#5: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 10432.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM5, YER146W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40089
#6: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 13027.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM7, YNL147W, N1202, N1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53905
#7: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量: 10627.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM4, SDB23, USS1, YER112W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40070

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 20% PEG2000MME, 100mM Sodium Citrate 5.2, 10% 2-propanol, 50mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 27294 / Num. obs: 26475 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M75

4m75


解像度: 3.111→29.979 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 1330 5.02 %random
Rwork0.2466 ---
obs0.2477 26470 96 %-
all-27573 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.987 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7954 Å20 Å20 Å2
2--1.9331 Å20 Å2
3---0.5063 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.111→29.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8312 0 0 0 8312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31811329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1923097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1114-3.22250.39531270.35582255X-RAY DIFFRACTION88
3.2225-3.35140.36661510.32722536X-RAY DIFFRACTION99
3.3514-3.50370.31121390.28682571X-RAY DIFFRACTION99
3.5037-3.68810.27811200.27492576X-RAY DIFFRACTION99
3.6881-3.91870.32211380.2722569X-RAY DIFFRACTION99
3.9187-4.22050.27241480.24392532X-RAY DIFFRACTION98
4.2205-4.64380.21681260.18912568X-RAY DIFFRACTION97
4.6438-5.31260.22561260.20372511X-RAY DIFFRACTION96
5.3126-6.68110.30571150.27462529X-RAY DIFFRACTION94
6.6811-29.98010.22561400.23172493X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91693.0398-1.45044.66791.00283.7413-0.03130.4303-0.0061-0.33980.04150.1842-0.33750.2555-0.08790.56940.20710.0430.5533-0.09370.53099.8807-13.6403-4.3637
25.4152-1.1651-3.1142.94770.08887.6446-0.288-0.343-0.4520.04880.0920.04890.28230.38020.17810.50590.0711-0.04490.4761-0.02150.51596.2636-21.566312.7446
36.7718-1.19930.02734.21161.21474.51690.2418-0.0285-0.5476-0.09610.23630.39890.3175-0.1913-0.43860.6184-0.0190.04240.6205-0.00920.7337-9.0011-22.007717.6127
47.43081.1536-0.15736.096-1.52066.74570.3026-0.6926-0.46560.2592-0.09150.37450.1262-0.8664-0.12910.54060.1039-0.02310.6966-0.02030.5746-22.8687-8.630416.7886
58.14522.24142.25546.2584-0.33075.05490.5519-0.5615-0.19280.0938-0.26260.0501-0.1046-0.041-0.19750.46650.07740.06170.4882-0.15640.5023-23.34056.56066.3477
67.2903-1.6728-0.21784.167-1.0944.95660.46940.37720.4679-0.2549-0.2577-0.743-0.4871-0.1768-0.16270.6240.15920.14650.5988-0.07850.7551-11.390212.4425-5.8555
75.4365-0.12142.95833.5072-1.31173.08630.21860.6160.8025-0.002-0.0057-0.0909-0.04890.1029-0.31690.72110.13360.21830.7673-0.02060.7367.5465.4885-8.6056
81.21670.5148-1.46282.97252.03482.8751-0.15890.3621-0.22160.0380.06590.0135-0.0626-0.12310.09240.5492-0.08660.03550.48450.24460.52241.2664-22.456325.4934
96.3083-0.388-2.88712.65740.14127.4102-0.23390.41840.4405-0.02630.2112-0.2946-0.56530.0178-0.05630.6174-0.0267-0.0350.42720.07960.615724.5693-14.955829.1225
104.58240.99020.63026.3326-1.97927.8194-0.1622-0.10860.29810.29270.0217-0.246-1.00890.06240.13280.61150.030.06220.34590.05690.448122.0285-14.05645.1127
116.2820.68083.25524.2234-0.66186.10440.1705-0.8129-0.00320.9089-0.18020.4384-0.2914-0.4444-0.02850.9281-0.0160.12410.68360.09690.592423.1985-27.587858.5589
125.22640.4819-0.12795.0360.37246.9163-0.3038-0.3778-0.07390.4039-0.1224-0.569-0.0728-0.09970.44920.532-0.1099-0.01470.53390.16410.429933.9168-42.115258.5784
133.6096-1.1324-1.05355.4028-2.08586.9657-0.2377-0.3528-0.3234-0.2693-0.4811-1.06670.6860.9740.71830.63810.01430.1770.62060.21060.907344.8917-48.65745.8453
143.9034-2.54782.13664.64031.31314.818-0.20330.0704-0.3375-0.0021-0.4386-0.82980.89120.72720.55660.6353-0.03930.34120.71550.16770.795646.3627-41.667626.7556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain J
11X-RAY DIFFRACTION11chain K
12X-RAY DIFFRACTION12chain L
13X-RAY DIFFRACTION13chain M
14X-RAY DIFFRACTION14chain N

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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