+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4m77 | ||||||
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Title | Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group I212121 | ||||||
Components | (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Sm Like protein / RNA splicing | ||||||
Function / homology | Function and homology information mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / tRNA processing / U2-type prespliceosome ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / tRNA processing / U2-type prespliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / precatalytic spliceosome / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.111 Å | ||||||
Authors | Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA. Authors: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4m77.cif.gz | 432.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4m77.ent.gz | 359.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4m77.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4m77_validation.pdf.gz | 538.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4m77_full_validation.pdf.gz | 576.4 KB | Display | |
Data in XML | 4m77_validation.xml.gz | 40.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4m77_validation.cif.gz | 55 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m77 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4m75SC 4m78C 4m7aC 4m7dC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7 types, 14 molecules AHBICJDKELFMGN
#1: Protein | Mass: 12355.225 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K17L,C22S,I38L,C51S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM8, YJR022W, J1464, YJR83.16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P47093 #2: Protein | Mass: 11161.822 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C45S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P38203 #3: Protein | Mass: 10007.131 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C37S,C63S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P57743 #4: Protein | Mass: 9406.579 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM6, YDR378C, D9481.18 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q06406 #5: Protein | Mass: 10432.954 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM5, YER146W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40089 #6: Protein | Mass: 13027.045 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM7, YNL147W, N1202, N1780 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P53905 #7: Protein | Mass: 10627.117 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM4, SDB23, USS1, YER112W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40070 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: 20% PEG2000MME, 100mM Sodium Citrate 5.2, 10% 2-propanol, 50mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→40 Å / Num. all: 27294 / Num. obs: 26475 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4M75 Resolution: 3.111→29.979 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.987 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.111→29.979 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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