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- PDB-4m6v: Structure of the carboxyl transferase domain from Rhizobium etli ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m6v
タイトルStructure of the carboxyl transferase domain from Rhizobium etli pyruvate carboxylase with pyruvate and biocytin
要素PYRUVATE CARBOXYLASE
キーワードLIGASE / TIM Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. ...pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Cyclin A; domain 1 / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Homeodomain-like / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Arc Repressor Mutant, subunit A / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biocytin / PYRUVIC ACID / Pyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lietzan, A.D. / St.Maurice, M.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2014
タイトル: The role of biotin and oxamate in the carboxyltransferase reaction of pyruvate carboxylase.
著者: Lietzan, A.D. / Lin, Y. / St.Maurice, M.
履歴
登録2013年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE CARBOXYLASE
B: PYRUVATE CARBOXYLASE
C: PYRUVATE CARBOXYLASE
D: PYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,87030
ポリマ－279,8544
非ポリマー4,01726
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.641, 157.828, 244.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.563578, 0.095274, -0.82055), (0.058133, -0.98629, -0.154445), (-0.824015, -0.134743, 0.550312)-20.01678, -32.89041, -13.78724
3given(-0.998661, 0.05122, -0.0072), (0.047993, 0.969525, 0.240247), (0.019286, 0.23958, -0.970685)-85.43018, -12.00077, 114.69685
4given(0.55236, -0.149221, 0.820141), (-0.121287, -0.987765, -0.098033), (0.824735, -0.045323, -0.5637)-67.23268, -43.55867, 121.45577

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PYRUVATE CARBOXYLASE


分子量: 69963.375 Da / 分子数: 4 / 断片: CARBOXYL TRANSFERASE DOMAIN, UNP residues 465-1067 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: pyc, RHE_CH04002 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)* / 参照: UniProt: Q2K340, pyruvate carboxylase

-
非ポリマー , 7種, 387分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID


分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#6: 化合物
ChemComp-BYT / Biocytin / N~6~-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}-L-lysine


分子量: 372.483 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H28N4O4S
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch crystallization under oil / pH: 6
詳細: 11% (w/v) PEG 8000, 100 mM BisTris (pH 6.0), 345 mM Tetramethylammonium chloride, BATCH CRYSTALLIZATION UNDER OIL, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12706 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12706 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 128300 / Num. obs: 128103 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer software from EMBLデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JX4

4jx4


解像度: 2.4→49.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 15.37 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22319 6448 5 %RANDOM
Rwork0.18369 ---
obs0.18568 121746 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.58 Å20 Å20 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3----4.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17838 0 206 361 18405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01918487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0217207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.97725201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.801339506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80252388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22224.204754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.923152779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.63815100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02121179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6152.9829525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6152.9829524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5634.46711895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5634.46811896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6763.0638962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6763.0638963
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5924.54113298
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.1323.73521110
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.12723.73621104
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 463 -
Rwork0.245 8637 -
obs--97.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4976-0.0435-0.14531.39640.74021.47470.0087-0.0750.0498-0.2410.0652-0.0293-0.3519-0.0103-0.07390.1821-0.00980.00720.0413-0.03470.0801-37.5518-3.385516.1466
21.5574-0.5257-1.03812.00120.27931.9053-0.314-0.66760.11660.53810.436-0.38550.21590.5868-0.1220.19160.2068-0.08960.3998-0.16490.2158-13.2932-35.063425.6525
31.02460.4729-1.15421.2147-0.34692.9516-0.154-0.2619-0.1530.2510.0733-0.11950.2540.67470.08070.31320.23820.02830.34670.02380.1175-49.7333-12.417997.2326
41.3114-0.2725-0.64761.95620.46732.27130.1360.20920.0421-0.2436-0.10240.52440.3507-0.5099-0.03360.51740.07170.04530.29620.11480.3813-74.9426-39.603780.0667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A471 - 1067
2X-RAY DIFFRACTION1A1101 - 1106
3X-RAY DIFFRACTION1B1101
4X-RAY DIFFRACTION1A1201 - 1343
5X-RAY DIFFRACTION1B1201
6X-RAY DIFFRACTION2B471 - 1067
7X-RAY DIFFRACTION2B1102 - 1107
8X-RAY DIFFRACTION2B1202 - 1285
9X-RAY DIFFRACTION3C471 - 1067
10X-RAY DIFFRACTION3C1101 - 1107
11X-RAY DIFFRACTION3C1201 - 1277
12X-RAY DIFFRACTION3D1201
13X-RAY DIFFRACTION4D471 - 1067
14X-RAY DIFFRACTION4D1101 - 1106
15X-RAY DIFFRACTION4D1202 - 1256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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