PDB-4m6d: Crystal structure of the aptamer minF-lysozyme complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m6d

タイトル

Crystal structure of the aptamer minF-lysozyme complex.

要素

Lysozyme C
aptamer

キーワード

Hydrolase/RNA / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / Hydrolase-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Padlan, F.C. / Toro, R. / Girvin, M. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the aptamer minF-lysozyme complex.
著者: Malashkevich, V.N. / Padlan, F.C. / Toro, R. / Girvin, M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m6d.cif.gz	603.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m6d.ent.gz	495.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m4oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wbs-3 3let-1 3t9l-d 2f1r-d 5hnp-d 3ckg-d 1qs7-d 6bnt-d 4plx-3 4l3r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: Lysozyme C

B: aptamer

C: Lysozyme C

D: aptamer

E: Lysozyme C

F: aptamer

G: Lysozyme C

H: aptamer

I: Lysozyme C

J: aptamer

K: Lysozyme C

L: aptamer

173 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Lysozyme C

B: aptamer

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Lysozyme C

D: aptamer

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Lysozyme C

F: aptamer

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4

G: Lysozyme C

H: aptamer

登録者が定義した集合体
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5

I: Lysozyme C

J: aptamer

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28.9 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Lysozyme C

L: aptamer

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.914, 132.289, 131.539
Angle α, β, γ (deg.)	118.59, 96.39, 96.27
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ, lyz1 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: RNA鎖	aptamer 分子量: 14521.679 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: minF
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid, 0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic, Final pH 7.0, ...詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid, 0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic, Final pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.5 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid, 0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic, Final pH 7.0, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月18日

放射

プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.351
1	1	-H, H+K+L, -L	2	0.014
1	1	-H, -L, -K	3	0.015
1	1	H, L, -H-K-L	4	0.344
1	1	H, -H-K-L, K	5	0.267
1	1	-H, -K, H+K+L	6	0.009

反射

解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 67209 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	1.8	0.629	1	90.9
2.75-2.8	1.8	0.571	1	91.5
2.8-2.85	1.8	0.491	1	92.6
2.85-2.91	1.8	0.38	1	92.1
2.91-2.97	1.8	0.358	1	93.3
2.97-3.04	1.8	0.278	1	95.7
3.04-3.12	1.8	0.234	1	94.6
3.12-3.2	1.9	0.189	1	95.6
3.2-3.3	1.9	0.153	1	97.1
3.3-3.4	1.9	0.127	1	95.1
3.4-3.52	1.9	0.117	1	98.3
3.52-3.66	1.9	0.103	1	95.7
3.66-3.83	1.9	0.088	1	97.6
3.83-4.03	1.9	0.07	1	95.5
4.03-4.29	1.9	0.061	1	96.7
4.29-4.62	1.9	0.055	1	95.6
4.62-5.08	1.9	0.051	1	96.7
5.08-5.81	1.9	0.047	1	96.8
5.81-7.32	1.9	0.042	1	95.6
7.32-50	1.9	0.037	1	90.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.41 Å	37.82 Å
Translation	6.41 Å	37.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M4O

4m4o

解像度: 2.68→38.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 20.942 / SU ML: 0.198 / SU R Cruickshank DPI: 0.1634 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. ORIGINALLY DATA WERE PROCESSED IN H3, WITH ONE RNA:PROTEIN HETERDIMER PER ASYMMETRIC UNIT. BUT REFINEMENT STATISTICS WERE AROUND 0.32/0.36. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	3007	5.3 %	RANDOM
R_work	0.16549	-	-	-
obs	0.16832	53394	79.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 122.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-33.08 Å²	-1.5 Å²	-4.37 Å²
2-	-	74.15 Å²	-12.52 Å²
3-	-	-	-41.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→38.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6006	5357	0	69	11432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.015	12133
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.421	1.572	17653
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.51	5	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.809	23.131	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.936	15	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.677	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.263	11.357	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.878		3852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.995	15.212	9043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.222	3	12133
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	53.84	5	11360

LS精密化シェル

解像度: 2.685→2.754 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	13	-
R_work	0.196	338	-
obs	-	-	6.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1779	0.7723	0.3213	2.3696	0.7497	0.2932	0.0506	-0.0258	-0.135	-0.0105	-0.0091	-0.3771	0.0766	0.042	-0.0415	0.2279	0.0705	0.0342	0.4258	-0.0997	0.3336	-2.969	-37.59	-29.807
2	2.1168	0.1804	0.3367	3.837	-0.6388	2.9442	-0.5241	0.6805	0.6364	-0.2013	-0.3189	0.4377	-0.0843	0.1562	0.843	0.5224	-0.008	-0.1893	0.947	-0.085	0.5589	-25.676	-48.064	-56.111
3	1.621	0.6232	0.533	3.7814	0.7182	0.6339	-0.067	-0.1064	0.2243	0.071	0.0359	0.3319	-0.1358	-0.1235	0.031	0.2103	0.0433	0.0562	0.4162	-0.1298	0.3367	-22.025	-17.267	-18.462
4	6.2988	3.0799	-2.9472	3.2331	-1.1894	1.443	-0.0655	-0.3072	-0.2807	-0.5221	-0.1539	-0.3671	-0.1025	0.143	0.2194	0.4745	0.0718	-0.1816	0.7015	-0.1178	0.6161	1.007	10.776	-22.45
5	1.6284	-0.6689	0.6292	2.4575	-1.2344	0.927	-0.0341	0.1871	0.1269	0.0654	-0.1638	-0.4533	-0.141	0.1765	0.1979	0.2666	0.0005	0.0101	0.4608	0.0475	0.3603	-2.787	44.493	-19.824
6	1.064	-0.5989	-0.557	3.1215	0.0337	0.3951	-0.1903	-0.0033	0.1614	0.5687	0.1473	0.4793	0.029	-0.0844	0.043	0.5405	0.0621	-0.1088	0.6044	-0.1369	0.6229	-25.512	72.576	-15.698
7	1.1365	-1.2501	0.903	2.589	-1.6521	1.6556	0.153	0.0185	-0.2627	-0.0244	0.0834	0.3959	-0.013	-0.0706	-0.2364	0.2431	-0.0097	-0.028	0.4774	0.0638	0.3609	-21.968	24.425	-8
8	1.4395	-0.1044	1.3461	1.4847	-0.6144	1.5729	-0.1506	0.0421	0.4181	0.0507	-0.1739	-0.3506	-0.1011	0.1491	0.3244	0.6442	0.0824	0.0175	0.5221	0.0593	0.4703	1.012	13.988	18.214
9	1.4134	0.0611	-0.5346	0.0996	0.3359	1.549	0.039	-0.0827	-0.0594	0.0303	0.0374	-0.0302	0.0639	0.1	-0.0764	0.2802	0.0192	-0.0208	0.465	-0.0124	0.0183	-2.816	-4.693	46.028
10	2.991	-0.1716	-1.2472	1.0589	-0.6063	1.2196	-0.3525	-0.0974	-0.4556	-0.2854	0.3011	0.3061	0.4662	0.0511	0.0514	0.4722	0.0749	0.0049	0.614	0.0986	0.154	-25.558	-22.189	68.174
11	1.4143	-0.0733	-1.164	0.4419	0.4459	2.8925	0.143	0.1434	0.0249	-0.0824	0.0288	-0.0131	-0.111	-0.181	-0.1718	0.211	0.0244	-0.0211	0.4442	-0.0752	0.0384	-21.962	-4.999	22.831
12	4.215	-2.258	-1.5308	1.6092	1.1811	0.9377	0.027	-0.4057	-0.467	0.0967	-0.0091	-0.0062	0.2419	-0.0383	-0.0179	0.5085	-0.0279	0.0678	0.7067	-0.078	0.4049	1.319	-23.009	0.489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-10 - 9999
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-10 - 9999
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-10 - 9999
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-10 - 9999
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-10 - 9999
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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