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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m64 | ||||||
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タイトル | 3D crystal structure of Na+/melibiose symporter of Salmonella typhimurium | ||||||
![]() | Melibiose carrier protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / melibiose permease / melibiose/Na+ symport / membrane transport protein / membrane carrier / glycoside-pentoside-hexuronide:cation symporter family / major facilitator superfamily / secondary active transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ethayathulla, A.S. / Guan, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based mechanism for Na(+)/melibiose symport by MelB. 著者: Ethayathulla, A.S. / Yousef, M.S. / Amin, A. / Leblanc, G. / Kaback, H.R. / Guan, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 626 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 524.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 480.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 607.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 74.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 97.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54235.633 Da / 分子数: 4 / 変異: L5M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: melB, STM4299 / プラスミド: pK95 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 0.1M NaCl, 0.05M CaCl2, 32% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月19日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.35→40 Å / Num. all: 99230 / Num. obs: 52990 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Threading Model of MelBst on FucP 解像度: 3.35→38.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 48.125 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 93.708 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.35→38.64 Å
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拘束条件 |
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