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- PDB-4m64: 3D crystal structure of Na+/melibiose symporter of Salmonella typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m64
タイトル3D crystal structure of Na+/melibiose symporter of Salmonella typhimurium
要素Melibiose carrier protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / melibiose permease / melibiose/Na+ symport / membrane transport protein / membrane carrier / glycoside-pentoside-hexuronide:cation symporter family / major facilitator superfamily / secondary active transport
機能・相同性
機能・相同性情報


symporter activity / sodium ion transport / carbohydrate transport / transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:galactoside symporter / Sodium:galactoside symporter, conserved site / Sodium:galactoside symporter family signature. / Lactose permease-like / MFS/sugar transport protein / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Melibiose permease
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ethayathulla, A.S. / Guan, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structure-based mechanism for Na(+)/melibiose symport by MelB.
著者: Ethayathulla, A.S. / Yousef, M.S. / Amin, A. / Leblanc, G. / Kaback, H.R. / Guan, L.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melibiose carrier protein
B: Melibiose carrier protein
C: Melibiose carrier protein
D: Melibiose carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,9434
ポリマ－216,9434
非ポリマー00
水00
1
A: Melibiose carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2361
ポリマ－54,2361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Melibiose carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2361
ポリマ－54,2361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Melibiose carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2361
ポリマ－54,2361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Melibiose carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2361
ポリマ－54,2361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.206, 127.206, 206.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Melibiose carrier protein / Melibiose permease / Melibiose transporter / Na+ (Li+)/melibiose symporter / Thiomethylgalactoside permease II


分子量: 54235.633 Da / 分子数: 4 / 変異: L5M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: melB, STM4299 / プラスミド: pK95 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30878

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 0.1M NaCl, 0.05M CaCl2, 32% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月19日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→40 Å / Num. all: 99230 / Num. obs: 52990 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Threading Model of MelBst on FucP

解像度: 3.35→38.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 48.125 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35945 2712 5.1 %RANDOM
Rwork0.31189 ---
obs0.31422 50526 99.38 %-
all-52990 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 93.708 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1 Å2-0 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→38.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12982 0 0 0 12982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.95318160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.048329344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6551679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.57622.363474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.505152026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4391550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.1029.396740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.1029.396739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.78614.0648411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.29313.6768395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2589.326576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8269.0336575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.29613.5379744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined29.86483.0555140
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other29.86483.05155141
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.439 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 182 -
Rwork0.191 3557 -
obs--93.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0852-0.06-0.10920.04390.07330.1522-0.0030.0174-0.01320.0068-0.0170.0051-0.0091-0.00720.020.0199-0.0126-0.00560.0233-0.00270.055-29.3989-48.1309106.7358
20.00350.006-0.00580.0174-0.0140.01220.0070.0037-0.00610.0144-0.0086-0.0026-0.01540.00130.00160.03010.0149-0.0190.0484-0.03840.0369-26.1346-48.456757.5525
30.06310.05240.020.05030.03170.0414-0.005-0.01220.0115-0.0082-0.00760.0147-0.01220.01560.01270.02010.0119-0.01320.03690.00590.0448-29.5376-48.11715.3419
40.08210.0808-0.06210.0862-0.05640.05050.00270.0058-0.01690.0007-0.0157-0.0117-0.0087-0.01740.0130.02490.0161-0.02780.0491-0.01580.0324-26.5765-47.883-43.675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 448
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 449
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 431
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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