PDB-4m63: Crystal Structure of a Filament-Like Actin Trimer Bound to the Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m63

タイトル

Crystal Structure of a Filament-Like Actin Trimer Bound to the Bacterial Effector VopL

要素

Actin-5C
T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization

キーワード

ACTIN-BINDING PROTEIN / actin nucleator / actin nucleation / HYDROLASE / WASP Homology 2 domain / VopL C-terminal domain / cytoskeleton / ATP-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / EPHB-mediated forward signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cell-extracellular matrix interactions / RHOBTB2 GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ovarian fusome organization / Platelet degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.748 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Zahm, J.A. / Rosen, M.K.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: The Bacterial Effector VopL Organizes Actin into Filament-like Structures.
著者: Zahm, J.A. / Padrick, S.B. / Chen, Z. / Pak, C.W. / Yunus, A.A. / Henry, L. / Tomchick, D.R. / Chen, Z. / Rosen, M.K.

履歴

登録	2013年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月13日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m63.cif.gz	864.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m63.ent.gz	736.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4m63_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m63_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4m63_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	4m63_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m63	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3el2S 3seoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5n6u-2 5ax8-d 4pc3-d 1sw5-d 4pc2-d 3saj-d 4pc6-d 4njq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization

B: T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization

C: Actin-5C

D: Actin-5C

E: Actin-5C

ヘテロ分子

181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	287.759, 66.084, 103.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological unit is a VopL dimer bound to an actin trimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization 分子量: 26816.123 Da / 分子数: 2 / 断片: VopL C-terminal domain residues 247-484 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: BB22OP / 遺伝子: VopL, VPBB_A1249 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T1R / 参照: UniProt: L0I5A1
#2: タンパク質	Actin-5C 分子量: 41808.750 Da / 分子数: 3 / Mutation: D286A, V287A, D288A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: 5C-actin, Act5C, CG4027 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P10987, EC: 3.6.1.3
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M MMT buffer, 20% (w/v) PEG 1500, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9776 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9776 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.748→44.59 Å / Num. all: 49991 / Num. obs: 49991 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 75.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.268 / Net I/σ(I): 19.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.748-2.801	3.3	0.738	1.5	2409	1.259	99.2
2.801-2.85	3.4	0.66		2478	1.152	99.2
2.85-2.9	3.6	0.626		2453	1.15	100
2.9-2.96	3.7	0.592		2486	1.199	100
2.96-3.03	3.7	0.457		2518	1.247	100
3.03-3.1	3.7	0.369		2480	1.275	100
3.1-3.17	3.8	0.277		2463	1.363	100
3.17-3.26	3.7	0.233		2505	1.369	100
3.26-3.36	3.8	0.187		2474	1.424	100
3.36-3.46	3.7	0.142		2529	1.408	100
3.46-3.59	3.7	0.113		2486	1.323	100
3.59-3.73	3.7	0.089		2461	1.246	100
3.73-3.9	3.7	0.075		2529	1.259	100
3.9-4.11	3.7	0.063		2512	1.12	100
4.11-4.36	3.7	0.056		2494	1.07	100
4.36-4.7	3.7	0.056		2531	1.313	100
4.7-5.17	3.7	0.061		2503	1.23	100
5.17-5.92	3.6	0.055		2534	1.308	99.9
5.92-7.46	3.5	0.039		2547	1.385	99.9
7.46-50	3.5	0.031		2599	1.242	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SEO, 3EL2

3seo

3el2

解像度: 2.748→44.592 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 33.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2715	2484	4.97 %	RANDOM
R_work	0.2191	-	-	-
obs	0.2216	49937	98.08 %	-
all	-	49937	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 305.97 Å² / B_iso mean: 101.9627 Å² / B_iso min: 37.7 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.46 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.748→44.592 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11864	0	96	0	11960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12201
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.656	16515
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1836
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.302	4534

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.748-2.8007	0.4052	98	0.3835	1839	1937	69
2.8007-2.8578	0.3814	135	0.3445	2654	2789	99
2.8578-2.92	0.3884	139	0.3363	2624	2763	100
2.92-2.9879	0.4266	137	0.3218	2672	2809	100
2.9879-3.0626	0.3618	142	0.2978	2681	2823	100
3.0626-3.1454	0.306	135	0.2816	2679	2814	100
3.1454-3.2379	0.3537	146	0.2914	2637	2783	100
3.2379-3.3424	0.3457	139	0.2865	2654	2793	100
3.3424-3.4618	0.3367	144	0.2601	2679	2823	100
3.4618-3.6003	0.3275	129	0.249	2696	2825	100
3.6003-3.7641	0.3	150	0.2319	2640	2790	100
3.7641-3.9625	0.3129	140	0.2138	2706	2846	100
3.9625-4.2105	0.2325	133	0.1969	2690	2823	100
4.2105-4.5353	0.2403	144	0.1753	2682	2826	100
4.5353-4.9912	0.204	144	0.1755	2692	2836	100
4.9912-5.7122	0.234	140	0.195	2713	2853	100
5.7122-7.1919	0.2687	149	0.225	2737	2886	100
7.1919-44.5978	0.2232	140	0.1794	2778	2918	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1565	-0.1002	-0.1773	0.2345	0.0009	0.2655	-0.2445	1.0348	-0.1062	0.0731	0.4858	-0.0718	-0.3416	0.3043	0.0016	0.851	-0.3658	-0.1737	1.4163	0.0687	0.6136	25.0978	5.1543	-48.3435
2	0.73	-0.0638	0.1877	0.5336	-0.4702	0.6413	-0.1711	0.1554	-0.2534	-0.1705	0.1141	-0.1085	0.5315	-0.4324	-0	0.8663	-0.1847	-0.0158	0.5467	-0.0073	0.5702	25.935	-21.8379	-24.5332
3	0.177	-0.1666	0.0294	0.2699	-0.2417	0.1934	-0.0076	-0.0817	0.1531	-0.0422	-0.0025	0.0202	-0.0697	0.1632	-0	0.7771	-0.1056	-0.0272	1.1277	-0.0058	0.6185	15.418	-0.4833	-41.3302
4	0.0794	-0.0013	0.0077	-0.0047	0.0069	0.0371	-0.1898	-0.0819	-0.0387	-0.15	-0.7643	-0.0828	-1.0795	-0.3543	-0.0009	0.9902	0.0138	-0.201	1.4117	-0.0461	0.6793	11.7746	17.6595	-38.2993
5	0.314	0.057	-0.2996	-0.1706	-0.178	0.626	-0.1161	-0.0093	-0.1148	0.1059	0.0572	0.1629	-0.1449	-0.403	-0	0.7052	-0.0515	-0.0677	0.6513	0.0165	0.7203	12.3445	25.5022	1.6419
6	0.213	-0.133	-0.1646	0.4647	0.3814	0.2777	0.0657	-0.0857	0.1822	-0.0308	-0.1175	-0.174	0.1394	0.1572	0	0.6524	-0.0761	0.0491	0.4363	0.0298	0.4732	25.8455	18.6484	18.6263
7	0.4727	-0.6484	0.2056	0.7702	0.5162	0.5864	-0.3609	0.2773	-0.008	-0.1084	0.0342	0.0782	-0.3973	-0.1811	-0.0001	0.8737	-0.0753	-0.1297	0.9611	0.0135	0.7935	10.7944	22.3894	-18.1406
8	0.1885	0.0955	-0.2417	0.2501	0.0744	0.6433	-0.0401	0.1904	0.0815	-0.003	-0.2226	-0.0869	-0.188	0.1485	-0	0.5233	-0.0578	-0.0551	0.5719	0.1091	0.6023	45.0428	-2.7502	-27.3021
9	0.8165	-0.3686	0.5311	0.9426	-0.8182	0.6228	0.1173	0.0518	-0.2976	0.0142	-0.4611	-0.2411	-0.1428	0.6255	-0.0006	0.6134	0.0427	0.0005	0.659	0.121	0.5701	52.5338	-9.9403	-18.0538
10	1.5733	0.3475	-0.1532	1.7204	0.3504	0.6296	0.3103	0.3422	0.01	0.6249	-0.4227	0.8334	0.0737	0.3714	-0.0778	0.8833	-0.1914	0.103	0.4209	-0.0832	0.6405	39.6061	9.0088	-13.949
11	0.6725	-0.0979	0.6257	3.2923	-0.4965	2.6499	0.5049	-0.2964	0.7589	1.2515	-1.1972	1.0189	-0.4247	1.1233	-1.2994	1.2607	-0.4154	0.3212	-0.0103	-0.3758	0.8004	38.6454	17.9996	-8.1592
12	1.1904	-0.5344	0.9745	0.2144	-0.3986	0.8208	0.2331	0.0981	0.0842	0.7042	-0.465	0.0075	-0.158	0.5216	-0.0869	1.079	-0.4366	0.0699	0.613	-0.1094	0.6251	50.0384	13.9751	-3.079
13	0.075	-0.0328	-0.0982	0.0745	0.0985	0.2459	0.115	-0.3933	-0.0819	0.3961	-0.056	-0.3364	0.0897	0.5063	0	0.832	0.0396	-0.1478	0.8209	0.2091	0.6109	59.3488	-12.2755	-9.8601
14	0.1087	-0.0869	0.0876	-0.0109	-0.0769	0.0589	0.1854	0.2256	-0.2043	0.0964	-0.3278	-0.4218	0.0766	-0.3103	-0	0.643	-0.2519	0.124	0.6494	-0.0372	0.6147	9.8621	-7.7648	18.3342
15	0.0108	-0.0158	0.0928	0.0304	-0.0579	0.0723	0.1006	1.0265	0.0096	0.1209	0.0549	0.3523	0.0418	-0.2268	-0.0001	0.7524	-0.0341	-0.0873	0.9906	-0.0062	0.6195	11.6497	4.0106	3.0647
16	0.2824	-0.3981	-0.5062	0.5063	0.4224	0.794	-0.0862	-0.0104	0.1361	0.1492	-0.0463	0.1199	0.1072	-0.2973	-0	0.5721	-0.1146	0.0323	0.591	0.0233	0.6111	14.3647	-2.3796	24.6781
17	1.4133	0.2461	-0.1144	0.6667	0.3615	0.5829	0.0839	0.0408	0.182	-0.0841	0.0442	-0.1358	0.2988	0.1061	-0	0.6958	0.0232	0.0195	0.4267	0.0114	0.5579	30.6774	-14.5407	7.4515
18	0.6426	-0.4308	-0.2468	0.495	0.6677	0.6304	-0.2082	-0.1549	-0.251	0.2414	0.2524	-0.1167	0.8456	0.4734	0	0.8208	0.1281	-0.0992	0.7101	0.0367	0.5857	35.7283	-18.0622	21.2505
19	0.1	0.0244	0.025	0.0331	0.0826	0.0568	0.1075	0.4952	-0.2719	0.1817	-0.3961	0.1717	0.4678	-0.1174	-0.0001	0.9724	-0.1789	0.1109	0.5841	0.0516	0.6629	16.3117	-17.631	24.5066
20	0.0728	-0.0017	-0.1326	-0.0019	-0.0191	0.2515	0.1	-0.7416	0.1909	0.9317	-0.0255	0.1034	-0.1551	-0.3503	0	1.0163	-0.1628	0.2537	1.0343	-0.0563	0.713	8.5255	0.4287	38.1437
21	0.8578	-0.1578	0.3965	0.8107	0.4547	0.4913	0.2686	0.6711	0.0201	-0.532	-0.1204	0.3085	1.4558	0.9648	0.0322	0.6723	0.4573	0.0593	1.1025	0.0669	0.5007	64.1311	-0.3741	37.5487
22	0.6783	0.0259	0.6435	1.0836	-0.3227	1.895	0.0691	-0.0256	0.0211	-0.1648	-0.0649	-0.0822	0.4066	-0.034	-0	0.3594	-0.0254	0.0301	0.4976	0.0462	0.4751	43.0872	8.9035	46.6154
23	-0.0128	-0.0513	-0.0573	0.1281	-0.0621	0.028	0.1288	-0.1571	-0.0666	0.1676	-0.1351	-0.5247	1.0027	1.1219	-0.0003	1.1353	0.5153	-0.1903	1.496	0.0472	1.0952	76.1032	-3.273	50.5111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 247 through 279 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 280 through 396 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 397 through 455 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 474 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 247 through 321 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 322 through 382 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 383 through 475 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 6 through 78 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 79 through 145 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 146 through 216 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 217 through 319 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 320 through 337 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 338 through 374 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 5 through 37 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 38 through 68 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 69 through 165 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 166 through 246 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 247 through 328 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 329 through 348 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 349 through 374 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 6 through 145 )	E
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 146 through 346 )	E
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 347 through 374 )	E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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