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- PDB-4m5t: Disulfide trapped human alphaB crystallin core domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m5t
タイトルDisulfide trapped human alphaB crystallin core domain in complex with C-terminal peptide
要素(Alpha-crystallin B chain) x 2
キーワードCHAPERONE / small heat shock protein / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / cardiac myofibril / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / cardiac myofibril / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / response to hydrogen peroxide / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / microtubule binding / dendritic spine / perikaryon / response to hypoxia / lysosome / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone ...Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laganowsky, A. / Cascio, D. / Hochberg, G. / Sawaya, M.R. / Benesch, J.L.P. / Robinson, C.V. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The structured core domain of alpha B-crystallin can prevent amyloid fibrillation and associated toxicity.
著者: Hochberg, G.K. / Ecroyd, H. / Liu, C. / Cox, D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Collier, M.P. / Stroud, J. / Carver, J.A. / Baldwin, A.J. / Robinson, C.V. / Eisenberg, D.S. / Benesch, J.L. / Laganowsky, A.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain
C: Alpha-crystallin B chain
D: Alpha-crystallin B chain
E: Alpha-crystallin B chain
F: Alpha-crystallin B chain
G: Alpha-crystallin B chain
H: Alpha-crystallin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,95916
ポリマ－44,1908
非ポリマー7698
水1,38777
1
A: Alpha-crystallin B chain
B: Alpha-crystallin B chain
C: Alpha-crystallin B chain
D: Alpha-crystallin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3837
ポリマ－22,0954
非ポリマー2883
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Alpha-crystallin B chain
F: Alpha-crystallin B chain
G: Alpha-crystallin B chain
H: Alpha-crystallin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5759
ポリマ－22,0954
非ポリマー4805
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11560 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.010, 46.770, 77.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Alpha-crystallin B chain / Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / ...Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / Rosenthal fiber component


分子量: 9931.271 Da / 分子数: 4 / 断片: core domain (UNP residues 68-153) / 変異: E117C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYA2, CRYAB / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta 2 / 参照: UniProt: P02511
#2: タンパク質・ペプチド
Alpha-crystallin B chain / Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / ...Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / Rosenthal fiber component


分子量: 1116.268 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal peptide (UNP residues 156-164) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02511
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.085 M MES, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% PEG5000 MME, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月26日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→68.799 Å / Num. obs: 24867 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.050.3653.48197.2
2.05-2.110.2864.57197.7
2.11-2.170.2845.2198
2.17-2.240.2685.94198
2.24-2.310.2447.05196.4
2.31-2.390.2347.39194.3
2.39-2.480.2128.77199
2.48-2.580.16910.66199.3
2.58-2.70.13612.34199.2
2.7-2.830.10514.71199.2
2.83-2.980.0817.43198
2.98-3.160.06519.81197.6
3.16-3.380.05122.27195.1
3.38-3.650.0425.42194.4
3.65-40.03628.19198.6
4-4.470.03230.74198.9
4.47-5.160.03132.87198.5
5.16-6.320.03129.53195.5
6.32-8.940.02731.76195.3
8.940.02333.71198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→68.799 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9474 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9384 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.26 / SU R Cruickshank DPI: 0.201 / σ(F): 1.99 / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1268 5.11 %
Rwork0.1927 --
obs0.1954 24830 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.3275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7212 Å20 Å21.9449 Å2
2---7.0596 Å20 Å2
3---4.3384 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.264 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→68.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2979 0 40 77 3096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2414146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0461177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.08010.31271350.25262576X-RAY DIFFRACTION97
2.0801-2.17480.30821370.23222624X-RAY DIFFRACTION98
2.1748-2.28950.31381270.21432584X-RAY DIFFRACTION97
2.2895-2.43290.27421500.21152547X-RAY DIFFRACTION96
2.4329-2.62080.25521400.19912674X-RAY DIFFRACTION100
2.6208-2.88450.26141190.19372646X-RAY DIFFRACTION99
2.8845-3.30190.25251590.18422629X-RAY DIFFRACTION98
3.3019-4.160.21731330.16982600X-RAY DIFFRACTION96
4.16-68.83960.21721680.18772682X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 111.4844 Å / Origin y: 2.7788 Å / Origin z: 16.8857 Å
111213212223313233
T0.1801 Å2-0.0063 Å20.0256 Å2-0.2676 Å2-0.0115 Å2--0.217 Å2
L0.8851 °20.0927 °20.2446 °2-0.1363 °2-0.0127 °2---0.0092 °2
S-0.0134 Å °0.0412 Å °-0.0255 Å °-0.0148 Å °0.0337 Å °0.0057 Å °-0.0044 Å °0.0038 Å °-0.0174 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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