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万見
- PDB-4m5b: Crystal Structure of an Truncated Transition Metal Transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m5b
タイトルCrystal Structure of an Truncated Transition Metal Transporter
要素Cobalamin biosynthesis protein CbiM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter / Nickel
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Metal transport protein CbiM/NikMN / Cobalt uptake substrate-specific transmembrane region / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / NICKEL (II) ION / Cobalamin biosynthesis protein CbiM
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.833 Å
データ登録者Yu, Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Planar substrate-binding site dictates the specificity of ECF-type nickel/cobalt transporters
著者: Yu, Y. / Zhou, M.Z. / Kirsch, F. / Xu, C.Q. / Zhang, L. / Wang, Y. / Jiang, Z. / Wang, N. / Li, J. / Eitinger, T. / Yang, M.J.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobalamin biosynthesis protein CbiM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,54325
ポリマ－22,7661
非ポリマー2,77724
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.371, 103.160, 120.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-448-

HOH

21A-469-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cobalamin biosynthesis protein CbiM / TtNikM2


分子量: 22765.900 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-209 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: CbiM2, TTE1695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8R9C0
#2: 化合物...
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.1 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 35% PEG 300, 0.05M glycine, 0.1M sodium chloride, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. all: 35681 / Num. obs: 34896 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.833→28.41 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 1752 5.02 %
Rwork0.1833 --
obs0.1842 34877 97.77 %
all-35681 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.55 Å2 / Biso mean: 42.7206 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.833→28.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1562 0 182 87 1831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0232390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.659681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006278
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8332-1.88270.3395960.29922237233386
1.8827-1.93810.25971300.26692407253794
1.9381-2.00060.26951120.2452515262797
2.0006-2.07210.25331440.20892535267998
2.0721-2.15510.22511220.18382587270999
2.1551-2.25310.191570.162546270399
2.2531-2.37180.20321270.15932570269799
2.3718-2.52040.16131440.146925812725100
2.5204-2.71480.17521440.159925812725100
2.7148-2.98780.18071570.162225722729100
2.9878-3.41950.17521230.169526602783100
3.4195-4.30580.20281690.174826222791100
4.3058-28.41370.21011270.20082712283998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 94.3478 Å / Origin y: 108.6012 Å / Origin z: 17.3625 Å
111213212223313233
T0.2819 Å2-0.0396 Å20.0171 Å2-0.2157 Å20.0176 Å2--0.2027 Å2
L1.1659 °20.1953 °20.4676 °2-2.3007 °20.2514 °2--2.3148 °2
S-0.0382 Å °0.0443 Å °0.0289 Å °-0.2423 Å °0.0152 Å °0.0351 Å °0.1488 Å °0.0033 Å °0.0247 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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