PDB-4m57: Crystal structure of the pentatricopeptide repeat protein PPR10 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m57

タイトル

Crystal structure of the pentatricopeptide repeat protein PPR10 from maize

要素

Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / pentatricopeptide repeat / superhelical / RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA stabilization / chloroplast stroma / mRNA processing / mRNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Yin, P. / Li, Q. / Yan, C. / Liu, Y. / Yan, N.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the modular recognition of single-stranded RNA by PPR proteins.
著者: Yin, P. / Li, Q. / Yan, C. / Liu, Y. / Liu, J. / Yu, F. / Wang, Z. / Long, J. / He, J. / Wang, H.W. / Wang, J. / Zhu, J.K. / Shi, Y. / Yan, N.

履歴

登録	2013年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月18日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m57.cif.gz	270.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m57.ent.gz	229.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4m57_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m57_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	4m57_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	4m57_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/4m57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/4m57	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4m59C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d98-d 5hzi-d 6jxr-d 6rjv-d 2ntz-d 6no7-1 1onq-d 4or0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10

81.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.373, 176.536, 64.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10 / Pentatricopeptide repeat10 分子量: 81445.609 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 61-786 / 変異: C256S, C279S, C430S, C449S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ppr10, ZEAMMB73_867042 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8Y6I0

#1: タンパク質

Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10 / Pentatricopeptide repeat10

分子量: 81445.609 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 61-786 / 変異: C256S, C279S, C430S, C449S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ppr10, ZEAMMB73_867042 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8Y6I0

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8M sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane, 0.04M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→40 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.85→2.95 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.86→37.08 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	1765	5.09 %
R_work	0.24	-	-
obs	0.24	34666	99.5 %
all	-	34847	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.65 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.79 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-16.6778 Å²	0 Å²
3-	-	-	17.4678 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.86→37.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5326	0	0	0	5326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	5423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	7353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.605	1945
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	841
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	945

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8602-2.9375	0.313	134	0.3411	2395	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9375-3.0239	0.3091	138	0.3216	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0239-3.1214	0.3442	133	0.3107	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.2329	0.2908	129	0.2991	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2329-3.3623	0.3233	126	0.2934	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3623-3.5152	0.3043	142	0.2729	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5152-3.7004	0.22	160	0.2412	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7004-3.932	0.2577	134	0.2259	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.932-4.2351	0.2233	126	0.2117	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2351-4.6606	0.2046	152	0.1961	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6606-5.3333	0.1823	131	0.2174	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3333-6.7129	0.316	135	0.2882	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7129-37.0832	0.2572	125	0.1943	2560	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.7092 Å / Origin y: -2.2218 Å / Origin z: 9.2059 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.467 Å²	-0.0122 Å²	0.0242 Å²	-	0.5244 Å²	0.0238 Å²	-	-	0.5729 Å²
L	-0.1205 °²	0.1278 °²	0.0243 °²	-	0.4762 °²	0.1931 °²	-	-	0.1999 °²
S	0.0271 Å °	0.0434 Å °	0.0606 Å °	0.0759 Å °	-0.0483 Å °	0.0161 Å °	-0.0723 Å °	0.0064 Å °	0.0143 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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