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Yorodumi- PDB-7d98: Crystal structure of full-length CbnR complexed with the target D... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7d98 | |||||||||
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Title | Crystal structure of full-length CbnR complexed with the target DNA complex | |||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / LysR-type regulatory protein / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Cupriavidus necator (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.6 Å | |||||||||
Authors | Senda, M. / Giannopoulou, E. / Senda, T. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021 Title: Crystal structure of the full-length LysR-type transcription regulator CbnR in complex with promoter DNA. Authors: Giannopoulou, E.A. / Senda, M. / Koentjoro, M.P. / Adachi, N. / Ogawa, N. / Senda, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7d98.cif.gz | 583.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7d98.ent.gz | 402.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7d98.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7d98_validation.pdf.gz | 462 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7d98_full_validation.pdf.gz | 476.3 KB | Display | |
Data in XML | 7d98_validation.xml.gz | 41.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7d98_validation.cif.gz | 56.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/7d98 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1iz1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32085.215 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cupriavidus necator (bacteria) / Gene: cbnR, BJN34_37375 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9WXC7 #2: DNA chain | | Mass: 17319.121 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Cupriavidus necator (bacteria) #3: DNA chain | | Mass: 17190.037 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Cupriavidus necator (bacteria) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 64.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 20%(w/v) PEG 3350, 0.5%(w/v) n-Octyl-pyranoside, 4%(v/v) Tacsimate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.9 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2016 |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.6→20 Å / Num. obs: 23984 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 116.8 Å2 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 3.6→3.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4793 / Rpim(I) all: 0.458 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IZ1 Resolution: 3.6→20 Å / SU ML: 0.5551 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.3685 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 124.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.6→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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