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- PDB-7d98: Crystal structure of full-length CbnR complexed with the target D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d98
タイトルCrystal structure of full-length CbnR complexed with the target DNA complex
要素
  • (DNA (56-mer)) x 2
  • LysR-type regulatory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / LysR-type regulatory protein / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LysR-type regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Senda, M. / Giannopoulou, E. / Senda, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06098 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am0101001 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the full-length LysR-type transcription regulator CbnR in complex with promoter DNA.
著者: Giannopoulou, E.A. / Senda, M. / Koentjoro, M.P. / Adachi, N. / Ogawa, N. / Senda, T.
履歴
登録2020年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR-type regulatory protein
B: LysR-type regulatory protein
P: LysR-type regulatory protein
Q: LysR-type regulatory protein
G: DNA (56-mer)
H: DNA (56-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,8506
ポリマ－162,8506
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16010 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area55170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.819, 105.819, 602.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質
LysR-type regulatory protein


分子量: 32085.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: cbnR, BJN34_37375 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXC7
#2: DNA鎖 DNA (56-mer)


分子量: 17319.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cupriavidus necator (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (56-mer)


分子量: 17190.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cupriavidus necator (バクテリア)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20%(w/v) PEG 3350, 0.5%(w/v) n-Octyl-pyranoside, 4%(v/v) Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月13日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→20 Å / Num. obs: 23984 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 116.8 Å2 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.6→3.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4793 / Rpim(I) all: 0.458

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
PHENIX1.18.2-3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IZ1

1iz1


解像度: 3.6→20 Å / SU ML: 0.5551 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3685
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2861 1187 4.95 %
Rwork0.2344 22773 -
obs0.237 23960 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 124.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8088 1170 0 0 9258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.706113291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04471603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.80961760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.760.36731270.33312740X-RAY DIFFRACTION97.48
3.76-3.960.38021380.29592755X-RAY DIFFRACTION97.8
3.96-4.210.29621620.26572754X-RAY DIFFRACTION97.98
4.21-4.530.261450.22262784X-RAY DIFFRACTION98.35
4.53-4.980.28541510.20942819X-RAY DIFFRACTION98.64
4.98-5.680.29761440.23882860X-RAY DIFFRACTION98.78
5.68-7.10.30071440.24562950X-RAY DIFFRACTION99.29
7.1-200.25091760.20083111X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.599916573451.168926608220.6801924822934.06138581536-3.374581201794.86871583318-0.5074001127890.0827633782156-0.212498875206-1.007895600290.538810163744-0.0864965633177-0.00685275791722-1.12740514397-0.0175205123911.33304613135-0.2512918448640.1187757657771.18211092537-0.07272721904261.13238749962-22.1646111271-18.3663603187-50.260525693
22.259940121281.06647710439-1.396365461462.22179189686-0.3777748670425.05031139241-0.145679856020.00865178079095-0.19093654806-0.335669723410.0545688514752-0.2093000624150.02836707431360.2459975485840.05293854011970.7950001831010.0225227855091-0.02291012497010.55445629552-0.0318237670140.793209255281-2.83752519679-17.293809297-23.1009723239
34.14422500954-0.807054198719-0.3047557492775.5444791673-1.156924320762.944888916210.222607441171-0.3583242346110.0417111238961-0.4871264605840.08606395474750.2127785932740.163462349880.472692963891-0.08018114434420.758655484787-0.0313138676844-0.1681240699260.570946861839-0.055918508630.759858630566-14.4248760955-14.4502635316-10.776056858
43.141047462420.967386911321-1.601636017321.62715980486-0.5470011885295.21121589764-0.1029574732010.0841505587513-0.0413716934368-0.3095629649990.072325152251-0.439929562038-0.159560105551-0.01166874440750.04699065463940.7765934081040.00835897394834-0.03162228938690.5606533466670.02348421991110.8835257584522.91668662537-15.8609713287-23.5790937153
56.326633052391.79842713414-1.399502998673.10884257257-1.50687550470.918880098454-1.222520860830.187543745279-0.584847411255-0.5766600594520.549602597809-0.432699080393-0.1884861338981.017850268990.4880574676821.84177847411-0.7620352438190.1851502622541.53605407335-0.07014046337060.969934617128-6.29529909779-19.9535106977-67.8183631484
64.5785979151-1.630026679990.9720498181361.417841246711.98297027147.275171718311.41017929719-0.812699550053-0.2407665098070.43387361033-0.949480608575-0.392041981173-0.291042264712-0.127281819712-0.2537914178591.74421477386-0.392018680059-0.1844486899531.05586417943-0.05118508978960.999866947193-11.1376645874-28.0664935697-52.9480299411
72.596108254261.57810178106-1.55845548683.81306977433-1.230766266254.17233594445-0.3370444516040.519601287074-0.134131198306-0.3336416852470.4545081101810.2580477923210.214413662569-0.723193557494-0.02099541348120.708358310047-0.104274309949-0.08530757384390.741189196607-0.02755103541360.780402988882-35.2134212887-46.3656254358-17.582537011
82.49132120280.742749988311-3.74772360388.97791649288-4.215105215216.8880599313-0.449826319146-0.04632079392021.16004908115-0.7577485513791.367253527621.191832620051.72606337606-1.01115130235-0.4771974614941.08463159399-0.318064599003-0.1721716644081.50361704491-0.02251782092451.2681161951-52.8599620525-26.57454841890.401760336274
94.37342455465-0.540340356235-0.02920873609174.16300530185-5.055682010636.4198764738-0.351919620164-0.5118879834750.791440894458-0.5195722523290.7127236337240.03565221429230.619896239455-0.480636077355-0.3501948502260.958388437645-0.214410276635-0.06741118926631.02596903591-0.2587693124881.28209458668-46.3716457158-22.77276897893.25173762269
102.752526517721.118762641160.1739204741534.570156364070.3275552072291.279646463340.206340777971-0.4089768158740.03710785429440.729420422144-0.3415811418770.209323883563-0.2364231034170.193674435592-0.06599815478380.8617282226150.0343034235779-0.05204051488040.668039934070.01301357883460.833590301938-20.0436695641-39.78021895671.59637352575
113.49268853587-0.6240323536170.2497712206916.16635794503-0.6577582236062.64163647924-0.007128462761210.1066741455720.102082988838-0.6172150484310.187474273472-0.09240550734540.04853639087490.07012403581520.0004390054436990.947664820696-0.1232266067880.0503762033810.656880562029-0.1534323916850.906789438249-9.38749864609-38.8088475269-16.9041656659
125.263527078062.28318992184-0.3969959225485.27898517315-0.05064348109224.15195805983-0.261689018891-0.3508669745080.0609619802807-0.2677368410680.11426050658-0.09160994235380.3516382918440.1987729771990.224829505070.748530109009-0.022951634897-0.02523458807910.580621497065-0.0773144121440.853382840019-12.8304421525-41.4253382452-15.6856762074
138.48681316574-2.07165299127-4.064348004768.839507082121.856121459622.50260675428-0.526609792572-0.56066206192-0.04088672562991.21264397419-0.212266699904-0.4804024016650.8602562691310.2712130385180.6313825042541.065035523240.111376643707-0.2945239065740.7170907495680.1398786062080.732135067715-14.7220941267-34.63295658786.70127005166
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 86 )AA2 - 861 - 77
22chain 'A' and (resid 87 through 213 )AA87 - 21378 - 204
33chain 'A' and (resid 214 through 239 )AA214 - 239205 - 230
44chain 'A' and (resid 240 through 294 )AA240 - 294231 - 285
55chain 'B' and (resid 1 through 60 )BB1 - 601 - 51
66chain 'B' and (resid 61 through 86 )BB61 - 8652 - 77
77chain 'B' and (resid 87 through 294 )BB87 - 29478 - 283
88chain 'P' and (resid 1 through 28 )PC1 - 281 - 28
99chain 'P' and (resid 29 through 86 )PC29 - 8629 - 82
1010chain 'P' and (resid 87 through 177 )PC87 - 17783 - 173
1111chain 'P' and (resid 178 through 201 )PC178 - 201174 - 197
1212chain 'P' and (resid 202 through 260 )PC202 - 260198 - 256
1313chain 'P' and (resid 261 through 278 )PC261 - 278257 - 274
1414chain 'P' and (resid 279 through 292 )PC279 - 292275 - 288
1515chain 'Q' and (resid 1 through 87 )QD1 - 871 - 87
1616chain 'Q' and (resid 88 through 170 )QD88 - 17088 - 170
1717chain 'Q' and (resid 171 through 234 )QD171 - 234171 - 229
1818chain 'Q' and (resid 235 through 293 )QD235 - 293230 - 288
1919chain 'G' and (resid 4 through 13 )GE4 - 13
2020chain 'G' and (resid 14 through 42 )GE14 - 42
2121chain 'G' and (resid 43 through 47 )GE43 - 47
2222chain 'G' and (resid 48 through 55 )GE48 - 55
2323chain 'H' and (resid 0 through 4 )HF0 - 4
2424chain 'H' and (resid 5 through 14 )HF5 - 14
2525chain 'H' and (resid 15 through 46 )HF15 - 46
2626chain 'H' and (resid 47 through 50 )HF47 - 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る