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- PDB-4m4x: Structure and Dimerization Properties of the Aryl Hydrocarbon Rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m4x
タイトルStructure and Dimerization Properties of the Aryl Hydrocarbon Receptor (AHR) PAS-A Domain
要素Aryl hydrocarbon receptor
キーワードTRANSCRIPTION / AHR / PAS-A / Dimer / interface / transcription factor / ARNT
機能・相同性
機能・相同性情報


circumferential growth involved in left ventricle morphogenesis / cellular response to 3-methylcholanthrene / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / glomerulus morphogenesis / gland development / regulation of heart growth / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / kidney morphogenesis ...circumferential growth involved in left ventricle morphogenesis / cellular response to 3-methylcholanthrene / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / glomerulus morphogenesis / gland development / regulation of heart growth / Phase I - Functionalization of compounds / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / kidney morphogenesis / positive regulation of growth rate / lymphocyte homeostasis / Endogenous sterols / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / regulation of adaptive immune response / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / cardiac left ventricle morphogenesis / aryl hydrocarbon receptor complex / prostate gland development / reproductive structure development / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / B-1 B cell homeostasis / post-embryonic hemopoiesis / camera-type eye development / vasculature development / negative regulation of systemic arterial blood pressure / blood vessel morphogenesis / blood circulation / negative regulation of vasoconstriction / branching involved in blood vessel morphogenesis / blood vessel development / E-box binding / T cell homeostasis / aryl hydrocarbon receptor binding / B cell homeostasis / blood vessel remodeling / immune system process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of cell size / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / spleen development / xenobiotic metabolic process / B cell differentiation / liver development / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / cell morphogenesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aryl hydrocarbon receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Wu, D. / Potluri, N. / Kim, Y. / Rastinejad, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure and dimerization properties of the aryl hydrocarbon receptor PAS-A domain.
著者: Wu, D. / Potluri, N. / Kim, Y. / Rastinejad, F.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor
B: Aryl hydrocarbon receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2592
ポリマ－42,2592
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.173, 88.173, 110.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain B and segid A)
NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'B' and segid 'A ')

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor / Ah receptor / AhR


分子量: 21129.623 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS-A domain, UNP residues 110-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL / 遺伝子: Ahr / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30561
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 1.6 M Ammonium Sulfate and 2% PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 14659 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.55-2.598.10.8377350.9751100
2.59-2.648.80.7766980.991100
2.64-2.699.30.6667211.171100
2.69-2.759.40.5517161.063199.9
2.75-2.819.40.4447181.0851100
2.81-2.879.30.3837201.0411100
2.87-2.949.40.3117271.0511100
2.94-3.029.40.2397211.0541100
3.02-3.119.40.1747211.0661100
3.11-3.219.30.1517221.0571100
3.21-3.339.30.1217341.1011100
3.33-3.469.20.1017281.192199.6
3.46-3.629.30.0747281.091199.7
3.62-3.819.20.0577271.078199.7
3.81-4.059.10.057411.058199.7
4.05-4.369.20.0467371.025199.7
4.36-4.890.0487471.229199.2
4.8-5.498.90.0557501.738199.1
5.49-6.928.70.0527581.402198.2
6.92-5080.0368100.995195.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.551→33.86 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8256 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2446 736 5.04 %Random
Rwork0.2002 ---
obs0.2022 14617 99.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.61 Å2 / Biso mean: 60.8807 Å2 / Biso min: 25.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→33.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 0 39 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0982629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.189696
Refine LS restraints NCS数: 929 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 12.282 Å
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5514-2.74830.27571540.22526982852100
2.7483-3.02480.28941450.204427382883100
3.0248-3.46210.261650.186727322897100
3.4621-4.36040.21111350.185827982933100
4.3604-33.86260.2471370.21012915305298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.36280.83981.1413.6332-1.0666.3766-0.0739-0.02180.1139-0.18260.10770.0430.0709-0.1545-0.01410.29420.00490.02450.25850.02740.2632.18593.161712.3033
23.47181.97010.26475.1492-0.00193.3882-0.33870.58610.0224-0.55390.45820.7741-0.3011-0.2042-0.11020.4969-0.0569-0.13580.49990.14260.53958.748-10.52476.3064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq -10:9999)A107 - 266
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq -10:9999)B108 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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