PDB-4m49: Lactate Dehydrogenase A in complex with a substituted pyrazine in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m49

タイトル

Lactate Dehydrogenase A in complex with a substituted pyrazine inhibitor compound 18

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dehydrogenase/reductase / nicotinamide adenine dinucleotide NADH / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Regulation of pyruvate metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.052 Å

データ登録者

Eigenbrot, C. / Ultsch, M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Identification of 2-amino-5-aryl-pyrazines as inhibitors of human lactate dehydrogenase.
著者: Fauber, B.P. / Dragovich, P.S. / Chen, J. / Corson, L.B. / Ding, C.Z. / Eigenbrot, C. / Giannetti, A.M. / Hunsaker, T. / Labadie, S. / Liu, Y. / Liu, Y. / Malek, S. / Peterson, D. / Pitts, K. ...

履歴

登録	2013年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4m49.ent.gz	450.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4m49_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m49_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4m49_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	4m49_validation.cif.gz	77.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m49	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1i10S 4jnk S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6baz-d 1i10-1 6p6u-2 4qsm-1 5w8j-d 5es3-1 6p6u-3 5ixs-d 5w8h-d 4i8x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.379, 81.821, 120.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 36603.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

#1: タンパク質

L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...

分子量: 36603.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 504分子

#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-22Y / 3-(5-amino-6-{[(1R)-1-phenylethyl]amino}pyrazin-2-yl)-4-chlorobenzoic acid 分子量: 368.817 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₇ClN₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG3350, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月26日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 90543 / Num. obs: 90472 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I10

1i10

解像度: 2.052→41.743 Å / SU ML: 0.16
Isotropic thermal model: individual atom isotropic thermal factors with TLS in 24 groups added for macromolecules
σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2237	545	0.6 %	random
R_work	0.1713	-	-	-
all	0.1718	90543	-	-
obs	0.1717	90472	99.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.675 Å² / k_sol: 0.301 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	16.8705 Å²	-0 Å²	-2.1209 Å²
2-	-	-0.8395 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-16.0311 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.052→41.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10272	0	320	490	11082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972	14940
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.974	4371
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0522-2.2587	0.2973	130	0.2415	22207	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2587-2.5855	0.2913	140	0.2016	22447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5855-3.2572	0.2416	126	0.1798	22557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2572-41.7519	0.1932	149	0.1495	22716	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1422	-0.1699	-0.519	0.2587	0.5372	1.2425	-0.1203	-0.3744	0.2501	-0.34	0.2946	-0.3398	-0.2842	0.2746	-0.1751	0.4092	-0.0365	-0.0167	0.5118	0.0024	0.4046	49.3996	-2.7036	7.4744
2	0.1855	-0.7439	-0.0978	1.8184	-0.0243	0.9962	-0.0326	0.0928	0.1122	0.1529	-0.0526	-0.116	-0.1258	0.1455	0.0893	0.3139	-0.0601	-0.0248	0.2324	0.0202	0.2783	47.2979	6.423	29.0016
3	2.4941	0.0112	0.2265	2.3727	1.2401	4.446	-0.1276	-0.8196	0.1526	0.8653	0.1287	-0.3802	0.504	0.5654	-0.0266	0.67	-0.0746	-0.108	0.6164	-0.0396	0.4171	52.432	23.3255	40.2046
4	1.1904	0.0311	-0.5702	0.3645	-0.1589	1.345	0.0098	-0.1096	0.1842	0.3001	-0.0074	0.0021	-0.4456	-0.0815	-0.014	0.5465	0.0361	0.0073	0.262	-0.0162	0.3058	30.3602	20.6676	40.3594
5	1.19	-0.3816	0.1435	0.8237	0.7807	1.1573	-0.0821	-0.3321	0.1187	0.2745	0.0746	0.0054	-0.1603	-0.1718	0.0018	0.5134	0.0481	0.0017	0.3371	-0.0182	0.3211	29.729	16.3634	45.2097
6	1.14	0.3822	0.6648	1.2528	0.4274	1.5967	-0.0046	-0.0659	0.4986	0.2262	-0.0278	0.0554	-0.6431	0.0745	0.0359	0.7036	-0.0113	0.0012	0.2879	-0.0299	0.4059	33.3902	32.8022	39.3507
7	1.9291	-1.1653	-1.3403	0.6486	0.7073	0.9394	0.0458	-0.1845	-0.16	0.6931	-0.0602	0.3189	0.1021	-0.4001	-0.0815	0.6449	-0.0309	0.1118	0.6354	-0.0082	0.4319	10.5746	1.8887	50.2831
8	1.221	-0.9942	0.0319	1.889	-0.2134	0.7137	-0.2277	-0.3729	-0.0195	0.4786	0.2633	0.1443	-0.2102	-0.3072	-0.0351	0.4247	0.0575	0.0521	0.3303	0.0252	0.2571	32.9053	-3.8878	46.8222
9	1.4587	-0.6458	0.6364	1.4412	-0.0203	1.3208	0.0223	-0.2068	-0.1227	0.3979	0.0524	-0.1072	-0.1999	-0.093	-0.0815	0.3971	0.0042	-0.0685	0.2619	0.0242	0.2472	47.2266	-16.2238	50.7073
10	0.576	-0.3111	0.5129	0.9018	-0.033	2.1117	0.0637	0.0675	-0.0896	0.0524	0.0106	-0.0698	0.1336	0.1038	-0.0824	0.2586	-0.0175	-0.0238	0.2456	-0.0048	0.2819	46.7992	-19.0707	28.5335
11	1.2365	0.2851	0.9684	1.6088	1.7479	4.2524	0.0037	0.1163	0.1281	0.1029	0.1858	-0.4716	0.0151	0.6512	-0.1767	0.2783	-0.0216	-0.0827	0.3337	0.0202	0.3908	58.218	-10.8856	30.6842
12	1.2234	-0.1072	0.8555	1.521	0.3878	1.5679	0.0093	0.0333	-0.2464	0.1427	0.131	-0.0106	0.2877	0.0391	-0.1205	0.2898	-0.0273	0.0274	0.2411	-0.0028	0.2683	43.0349	-24.2835	34.4407
13	0.7609	-1.3838	0.0037	2.5471	-0.0326	-0.0154	-0.3767	-0.0875	-0.6241	0.1948	0.0503	0.8684	0.0862	-0.0684	0.3257	0.6546	-0.1486	-0.0683	0.455	0.0544	0.6454	27.3743	-29.4326	29.1106
14	0.6143	-0.7581	-0.3981	0.9508	0.1059	1.7604	0.0533	-0.0243	-0.1858	0.0398	0.0598	0.0813	0.1262	-0.0897	-0.1023	0.235	-0.0619	0.0138	0.3592	0.0275	0.3727	12.6756	-12.771	22.3132
15	4.1323	-1.7266	1.793	2.5632	-0.4197	2.5086	-0.1138	0.2117	-0.2817	-0.5743	-0.043	0.6878	-0.033	-0.6639	0.1571	0.3703	-0.025	-0.0545	0.7609	0.0071	0.5486	-7.666	-7.4211	24.1212
16	1.0798	0.5338	0.3876	1.0332	0.3776	1.2352	-0.0287	-0.0842	0.0862	0.1007	-0.0558	0.3539	-0.2844	-0.5514	0.0587	0.3425	0.1099	0.0703	0.5377	-0.0064	0.4065	5.0561	9.6454	31.8913
17	0.9114	0.5031	1.0584	4.1554	1.0847	1.9685	0.0665	-0.3694	0.1993	0.0342	-0.0511	1.0852	-0.1906	-0.7854	-0.0262	0.4991	0.2217	0.1636	0.9861	0.0171	0.8057	-11.5055	8.3143	35.4334
18	-0.0132	0.4931	0.1676	4.36	1.3432	0.7536	0.1311	0.3162	0.4253	-0.4779	-0.0149	0.0372	-0.7797	0.0628	-0.0957	0.7084	0.0652	-0.0807	0.4463	0.0875	0.4502	25.377	27.8186	22.2878
19	1.3878	-0.1402	-0.7863	1.1878	-0.0751	1.9323	-0.0556	-0.0282	0.0304	0.0698	0.0956	0.1949	-0.3346	-0.3084	-0.04	0.3203	0.0353	-0.0079	0.3301	0.0237	0.3255	19.9275	8.4507	10.7354
20	2.1301	0.9183	0.536	2.805	1.5992	3.8273	0.3998	0.4259	-0.2953	-0.4098	-0.5159	0.6886	0.2711	-0.5541	0.0527	0.388	0.0834	-0.1685	0.4968	-0.0784	0.4875	21.1588	0.7235	-8.8238
21	0.147	-0.2195	-0.0352	1.2028	-0.4458	0.5674	0.0491	0.1135	-0.076	-0.0756	-0.0095	0.1161	0.1134	-0.0566	-0.0276	0.2413	-0.0438	-0.0266	0.3231	-0.0104	0.3042	32.2422	-12.6094	5.675
22	3.004	-2.1906	-0.3217	2.7367	0.167	0.6986	0.2376	0.466	-0.6133	-0.4093	-0.1864	0.5238	0.3501	-0.3369	-0.0285	0.4757	-0.0626	-0.0774	0.5279	-0.0952	0.477	24.151	-26.9839	6.1822
23	1.0676	-0.1686	0.8857	0.9856	-0.2266	1.0433	0.1324	0.1586	0.0057	-0.1485	-0.0981	0.0289	-0.0328	0.1802	-0.006	0.2614	0.0018	0.0107	0.3251	-0.0012	0.2615	36.0031	-7.2583	4.9503
24	1.6035	-1.4226	0.5043	5.9551	-1.8567	3.3063	0.1244	0.2904	-0.1237	-0.7343	-0.0052	0.1553	0.1599	-0.3214	-0.1307	0.5128	0.0608	-0.0645	0.442	-0.0844	0.3338	33.4826	-13.9163	-11.7348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:20)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 21:93)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 94:126)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 127:213)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 214:275)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 276:331)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 1:20)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 21:93)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 94:126)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 127:225)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 226:244)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 245:331)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 1:20)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 21:93)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 94:126)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 127:308)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 309:331)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 1:20)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 21:93)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 94:126)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 127:213)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 214:244)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 245:308)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 309:331)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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