PDB-4m2s: Corrected Structure of Mouse P-glycoprotein bound to QZ59-RRR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m2s

タイトル

Corrected Structure of Mouse P-glycoprotein bound to QZ59-RRR

要素

Multidrug resistance protein 1A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ATP-Binding Cassette Transporter / Multidrug Efflux / Adenosine Triphosphate / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain / regulation of intestinal absorption ...hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain / regulation of intestinal absorption / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus / response to antineoplastic agent / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / Prednisone ADME / terpenoid transport / ceramide floppase activity / response to glycoside / floppase activity / ceramide translocation / establishment of blood-retinal barrier / protein localization to bicellular tight junction / response to alcohol / ABC-family proteins mediated transport / response to thyroxine / establishment of blood-brain barrier / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / cellular response to L-glutamate / intercellular canaliculus / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / response to vitamin D / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / response to vitamin A / intestinal absorption / response to glucagon / phospholipid translocation / cellular response to antibiotic / cellular hyperosmotic salinity response / maintenance of blood-brain barrier / cellular response to alkaloid / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / lactation / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to estradiol stimulus / response to progesterone / female pregnancy / brush border membrane / placenta development / circadian rhythm / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 4.4 Å

データ登録者

Li, J. / Jaimes, K.F. / Aller, S.G.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Refined structures of mouse P-glycoprotein.
著者: Li, J. / Jaimes, K.F. / Aller, S.G.

履歴

登録	2013年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m2s.cif.gz	954.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m2s.ent.gz	805.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4m2s_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m2s_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4m2s_validation.xml.gz	49.8 KB	表示
CIF形式データ	4m2s_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m1mC 4m2tC 3g5u 3g60 3g61 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m2t-1 5kpi-2 3g61-1 4m2t-2 3g60-1 4lsg-1 6h4w-d 6h4r-d 30485 6h4o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (15) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multidrug resistance protein 1A

B: Multidrug resistance protein 1A

ヘテロ分子

285 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multidrug resistance protein 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multidrug resistance protein 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.629, 115.090, 374.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Multidrug resistance protein 1A / ATP-binding cassette sub-family B member 1A / MDR1A / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3 分子量: 141677.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P21447, xenobiotic-transporting ATPase
#2: 化合物	ChemComp-0JZ / (4R,11R,18R)-4,11,18-tri(propan-2-yl)-6,13,20-triselena-3,10,17,22,23,24-hexaazatetracyclo[17.2.1.1~5,8~.1~12,15~]tetracosa-1(21),5(24),7,12(23),14,19(22)-hexaene-2,9,16-trione / cyclic-tris-(R)-valineselenazole / QZ59-RRR 分子量: 687.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀N₆O₃Se₃

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.5 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.00695 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00695 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→25 Å / Num. obs: 26657 / % possible obs: 99.39 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 4.4→24.507 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.7 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: AUTHORS STATE THAT THIS STRUCTURE WAS REFINED AGAINST THEIR ORIGINAL DATA OF PDB ENTRY 3G60.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2939	4600	9.56 %
R_work	0.2274	-	-
obs	0.2338	26656	94.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.4→24.507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18367	0	72	0	18439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778	25409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.073	6830
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2921
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3229

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.4-4.4498	0.3435	168	0.2968	1466	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4498-4.5018	0.3699	163	0.2836	1517	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5018-4.5564	0.3232	182	0.2873	1528	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5564-4.6137	0.3317	142	0.2877	1527	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6137-4.674	0.3507	153	0.2756	1485	X-RAY DIFFRACTION	99
4.674-4.7375	0.2929	171	0.2755	1508	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7375-4.8047	0.3692	171	0.2902	1552	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8047-4.8759	0.3911	164	0.266	1481	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8759-4.9515	0.3424	140	0.2834	1511	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9515-5.032	0.3686	167	0.2806	1516	X-RAY DIFFRACTION	98
5.032-5.118	0.3223	157	0.2833	1515	X-RAY DIFFRACTION	99
5.118-5.2102	0.3492	142	0.2826	1527	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2102-5.3094	0.3155	147	0.2633	1507	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3094-5.4166	0.3149	138	0.2629	1565	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4166-5.5331	0.3576	182	0.2962	1477	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5331-5.6603	0.366	151	0.2741	1535	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6603-5.8	0.3939	158	0.2946	1529	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8-5.9546	0.4566	171	0.2863	1480	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9546-6.1272	0.406	154	0.2946	1495	X-RAY DIFFRACTION	98
6.1272-6.3217	0.3807	136	0.2624	1522	X-RAY DIFFRACTION	97
6.3217-6.5435	0.3302	156	0.2557	1481	X-RAY DIFFRACTION	96
6.5435-6.8001	0.3338	161	0.2348	1432	X-RAY DIFFRACTION	93
6.8001-7.1024	0.3491	137	0.2325	1396	X-RAY DIFFRACTION	92
7.1024-7.4668	0.2515	176	0.2159	1367	X-RAY DIFFRACTION	90
7.4668-7.9198	0.2476	130	0.1876	1344	X-RAY DIFFRACTION	88
7.9198-8.5075	0.2161	157	0.1732	1329	X-RAY DIFFRACTION	88
8.5075-9.3206	0.2064	161	0.1536	1306	X-RAY DIFFRACTION	86
9.3206-10.5733	0.2354	130	0.1503	1333	X-RAY DIFFRACTION	86
10.5733-12.9829	0.2368	123	0.1679	1242	X-RAY DIFFRACTION	81
12.9829-24.5076	0.3227	112	0.2849	1049	X-RAY DIFFRACTION	68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7905	0.3174	-0.1477	0.3829	0.8945	3.1219	-0.4405	-2.5561	-1.3128	0.7661	-2.6651	-0.805	1.3641	3.0485	-0.8703	1.7741	-0.8202	0.4425	0.7869	-0.5792	2.291	46.0672	66.1898	13.6106
2	1.2032	0.1647	1.1413	-0.4003	0.7024	-0.0445	-0.0018	0.5696	-0.4102	-0.2574	1.1832	-2.5888	-0.3041	-0.7467	0.0997	2.876	-0.7395	0.159	1.3433	-0.5666	2.396	23.1004	35.689	-13.5828
3	0.3906	-0.2759	-0.2648	0.9601	-1.2091	1.6193	0.3066	-0.6946	-0.4716	-0.747	-0.5105	0.1436	0.6573	0.213	-0.0815	2.1486	0.0496	0.0175	1.0265	-0.4531	2.0734	38.3502	53.6696	12.7115
4	1.0394	1.4471	0.7981	2.2576	-1.4016	3.4846	0.5379	1.2572	0.3813	-0.8988	-1.5202	0.1824	-1.0839	-0.5922	-0.0397	1.4333	0.0039	-0.0905	1.6112	-0.2142	2.0422	36.2344	72.1579	15.8294
5	2.7092	-1.6876	-0.7459	0.4683	0.7182	1.7012	0.3827	-0.4072	-0.7762	-1.7658	-0.8012	1.6146	-1.8327	-0.0417	0.0066	2.6206	-0.6318	0.5112	2.185	-0.5615	2.2475	9.9941	76.1301	7.2193
6	0.8021	0.0319	-2.2905	2.3211	1.3478	2.0416	-0.4219	-1.8616	0.4035	-2.3316	-0.8457	1.096	-2.6317	-1.1675	-0.0369	2.4838	-0.2227	0.3743	1.3739	-0.4833	1.5941	42.9319	81.3551	22.8623
7	3.3016	2.8795	-2.7765	2.5706	-3.8532	3.3997	-0.1224	-0.9649	0.0291	-0.4349	0.021	-0.2127	-0.5934	0.9067	-0	2.407	-0.2465	-0.0164	1.7627	-0.4001	1.7883	44.6835	92.5366	55.5741
8	2.0382	-1.8312	0.5005	2.7342	-1.5306	1.2043	0.4541	-2.1316	1.7695	3.369	-1.9707	0.109	2.3602	-0.6067	-1.6491	5.093	-0.639	0.4781	1.2396	-1.9376	3.3723	41.7128	117.1674	58.0777
9	5.4391	-1.0199	0.7957	2.0577	0.4574	0.9647	1.1969	0.5535	0.3771	-0.8287	-0.6826	-0.0345	-1.445	-0.8234	0.0994	2.0765	-0.6807	-0.0084	1.3947	-0.4374	2.1261	3.5535	62.6567	7.0767
10	0.4591	-1.1975	0.6436	-0.9535	0.9287	5.9049	0.745	-0.8933	-0.0775	1.0016	-0.8607	0.5986	1.661	-0.9122	-0	1.609	-0.7454	0.1567	1.5644	-0.1665	2.0034	17.2414	63.682	24.891
11	1.2038	1.0047	0.2176	-0.9365	-1.2058	-1.2317	0.5587	-0.6962	0.471	0.3612	-0.3586	0.1949	-0.0343	-0.1312	0	2.8152	-0.4791	0.5239	2.755	-0.612	2.2738	5.6642	85.9607	42.1901
12	2.5975	3.6381	0.1596	3.3784	-0.7584	0.557	0.756	-0.2046	1.0135	0.1166	-0.3452	0.5396	-0.3199	0.2449	0.0011	1.879	-0.1837	0.2181	1.4536	-0.0224	1.8867	26.482	55.1773	80.9908
13	-0.8515	-2.5791	-1.1003	-1.1469	-0.6702	0.7015	-0.6622	0.8698	-0.1665	0.0599	0.8731	0.324	1.5644	-1.0818	-0.0009	2.0751	-0.1945	0.3015	2.818	-0.5705	2.5752	39.7244	36.2534	86.518
14	1.1299	-0.2608	-0.3114	0.451	-0.3357	1.127	-0.6218	-1.1886	-1.0334	0.1995	0.2864	0.1148	-0.3638	0.3779	-0.0006	1.8142	-0.1417	0.3211	2.0214	0.1675	2.3238	35.0704	34.2807	87.3001
15	1.774	1.3345	-0.7584	1.016	0.8748	6.1344	-0.1322	-1.2276	0.7199	-0.098	0.5593	-0.5371	-0.7936	0.4062	-0.0012	1.7408	-0.2606	0.5155	2.6761	0.026	2.5487	78.4944	65.4784	57.7751
16	2.5518	-1.2271	-2.6944	-0.4024	0.7888	3.8951	-0.3021	-1.1697	0.2213	-0.381	-0.363	-0.1844	-0.3407	0.5163	0.0011	2.1705	-0.474	0.1374	2.4695	0.1002	1.6302	65.7935	66.0273	46.0991
17	2.8562	-2.3359	3.0166	1.3521	-2.5861	4.1753	-0.1236	0.4168	-0.9172	-0.1439	-0.1169	0.6758	-0.1212	1.0296	0.0004	1.562	-0.1286	0.3385	2.2329	-0.2732	1.9686	78.154	57.6453	40.8361
18	3.0512	-1.0009	-3.0451	-0.0937	0.1284	2.3878	0.3363	0.921	-0.8603	-0.0195	0.0083	0.4007	0.0193	-0.9948	-0.0002	2.1888	-0.2583	0.4331	1.9736	-0.2092	2.6487	27.3808	26.2989	76.2864
19	1.6063	-0.5676	-0.9264	0.1219	-0.05	0.8626	-0.8784	-3.2285	0.207	-0.0249	1.1554	0.9281	-0.3765	0.9505	0.0057	1.622	-0.6532	-0.0262	2.1949	-0.08	2.0063	50.4841	61.4469	55.4893
20	2.0105	-1.0737	1.0522	0.3069	-0.9115	1.2258	1.0343	1.5958	2.0261	0.4667	2.1001	1.824	-1.2141	-1.6746	0.0947	2.1843	-0.5181	-0.2816	1.9189	0.2602	1.7681	13.783	50.3081	76.9243
21	0.6782	0.2851	-2.5012	2.8102	2.4746	2.3714	-1.0139	2.4504	1.3101	-0.6091	1.0827	0.326	1.3035	-1.2008	-0.0022	1.7129	0.2242	0.5318	2.4332	0.0409	3.2266	20.9597	32.2253	76.9326
22	0.6635	-0.3457	-0.1987	0.5728	-0.9408	1.0216	0.1121	2.2602	-0.0331	-2.2494	1.6585	-1.3243	-0.2538	0.7161	0.1048	2.4364	0.2593	0.6343	2.7366	-1.3475	2.8381	60.1581	13.2304	42.258
23	4.9986	-0.037	0.1783	1.0121	0.042	-0.0577	0.6842	2.5754	2.409	-1.343	-2.2278	-2.3012	4.364	-2.0052	-0.0637	3.371	-0.3782	0.2424	2.7241	0.1077	1.6996	73.1393	21.4366	36.247
24	1.0162	-0.7142	-0.7798	2.4537	1.6961	0.6603	-0.2527	-0.0972	-1.1491	-1.095	0.5335	-0.0345	-0.5774	-0.0654	0.0009	2.448	-0.3483	0.4695	2.433	-0.4446	2.0823	66.6438	12.9464	49.2551
25	2.7513	-0.3123	-0.6026	0.5267	-1.0577	3.2069	-1.8746	-0.3236	-0.4411	-0.5654	1.492	-1.0844	-0.9748	-0.164	-0.0017	2.3033	-0.0032	0.2561	2.4334	-0.3889	2.4067	81.8581	14.6705	57.1453
26	9.9711	-1.2571	6.7495	3.8761	-5.9317	2.0638	4.5811	0.8242	-3.4435	-2.5625	-2.9433	-3.8482	8.339	2.6358	1.3204	0.61	-2.2885	2.6088	0.6136	1.6878	1.3681	83.8606	26.6869	31.3645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 30:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 63:99)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 100:153)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 154:208)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 209:323)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 324:401)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 402:595)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 596:626)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 681:794)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 795:908)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESID 909:1271)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 31:183)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 184:263)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 264:366)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 367:427)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 428:517)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESID 518:626)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESID 688:884)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND (RESID 885:926)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN B AND (RESID 927:961)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN B AND (RESID 962:1008)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN B AND (RESID 1009:1044)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN B AND (RESID 1045:1071)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN B AND (RESID 1072:1137)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN B AND (RESID 1138:1237)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN B AND (RESID 1238:1271)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)