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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m2k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PLP-dependent cyclase OrfR in complex with PLP | ||||||
![]() | Aminotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / cyclase / PLP binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Nリアーゼ; アミジンの付加脱離 / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C.Y. / Liu, Y.C. / Lyu, S.Y. / Wu, C.C. / Li, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biosynthesis of streptolidine involved two unexpected intermediates produced by a dihydroxylase and a cyclase through unusual mechanisms. 著者: Chang, C.Y. / Lyu, S.Y. / Liu, Y.C. / Hsu, N.S. / Wu, C.C. / Tang, C.F. / Lin, K.H. / Ho, J.Y. / Wu, C.J. / Tsai, M.D. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4m23C ![]() 4m25C ![]() 4m26C ![]() 4m27C ![]() 4m2cC ![]() 4m2eC ![]() 4m2fC ![]() 4m2gC ![]() 4m2iC ![]() 4m2jSC ![]() 4m2mC ![]() 4ne0C C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43720.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 100mM Bis-Tris propane, 1M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月23日 |
放射 | モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→30 Å / Num. all: 35604 / Num. obs: 33773 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / % possible all: 91.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4M2J 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.925 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.199 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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