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万見
- PDB-4m28: UDP-Glucose Pyrophosphorylase from Leishmania major in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m28
タイトルUDP-Glucose Pyrophosphorylase from Leishmania major in complex with UTP analog dUpCpp
要素UDP-glucose pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / UDP-glucose pyrophosphorylase / nucleotidyltransferase / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
機能・相同性
機能・相同性情報


UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / ciliary plasm / nuclear lumen / glycogen metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex ...UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UPC / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fuehring, J.I. / Routier, F.H. / Lamerz, A.-C. / Baruch, P. / Gerardy-Schahn, R. / Fedorov, R.
引用ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2013
タイトル: Catalytic mechanism and allosteric regulation of UDP-glucose pyrophosphorylase from Leishmania major
著者: Fuehring, J.I. / Routier, F.H. / Lamerz, A.-C. / Baruch, P. / Gerardy-Schahn, R. / Fedorov, R.
履歴
登録2013年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5212
ポリマ－56,0551
非ポリマー4661
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UDP-glucose pyrophosphorylase
ヘテロ分子

A: UDP-glucose pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0424
ポリマ－112,1102
非ポリマー9322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area2950 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area42770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.250, 108.470, 152.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2017-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UDP-glucose pyrophosphorylase


分子量: 56054.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: UGP, LMJF_18_0990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4QDU3, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UPC / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]uridine


分子量: 466.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1 M MES, 20% w/v PEG-4000, 200 mM Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月12日
詳細: monochromator (horizontally side diffracting Silicon 111 crystal).
放射モノクロメーター: monochromator (horizontally side diffracting Silicon 111 crystal).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.3 Å / Num. all: 126117 / Num. obs: 11151 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rsym value: 8 / Net I/σ(I): 11.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
CNS精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2OEF

2oef


解像度: 3→47.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 21.525 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.533 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27914 546 4.9 %RANDOM
Rwork0.21326 ---
all0.21642 11151 --
obs0.21642 10539 90 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.193 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3730 0 28 76 3834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9775196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71838435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2035482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56924.756164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.4915666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6631520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0058.2881931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0058.2861930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.5812.4342412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.57812.4362413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3828.7361899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3498.681887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.20812.8652764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.40165.7164259
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.29565.6294252
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 46 -
Rwork0.254 713 -
obs--84.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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