[日本語] English
万見
- PDB-4m24: Crystal structure of the endo-1,4-glucanase, RBcel1, in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m24
タイトルCrystal structure of the endo-1,4-glucanase, RBcel1, in complex with cellobiose
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5 / CELLULASE / TIM BARREL / BETA-1 / 4-ENDOGLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / cellulase / cellulase activity
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.386 Å
データ登録者Delsaute, M. / Berlemont, R. / Van elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Characterisation of two GH family 5 cellulases required for bacterial cellulose production
著者: Delsaute, M. / Bauvois, C. / Wei, Q. / Dehareng, D. / Byttebier, V. / Van elder, D. / Paquot, M. / Cornelis, P. / Galleni, M. / Berlemont, R.
#1: ジャーナル: ISME J / 年: 2009
タイトル: Insights into bacterial cellulose biosynthesis by functional metagenomics on Antarctic soil samples.
著者: Berlemont, R. / Delsaute, M. / Pipers, D. / D'Amico, S. / Feller, G. / Galleni, M. / Power, P.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional structure of RBcel1, a metagenome-derived psychrotolerant family GH5 endoglucanase.
著者: Delsaute, M. / Berlemont, R. / Dehareng, D. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C.
履歴
登録2013年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9694
ポリマ－36,3821
非ポリマー5873
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.700, 63.250, 98.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Endoglucanase / RBcel1 ENDO-1 / 4-GLUCANASE


分子量: 36382.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET-22b:RBcel1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1JI15, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: RBCel1 in 20 mM NaPi pH 6.5 and cellobiose 1% , was mixed 2:2 with well buffer (100mM Tris HCl pH 6.0 with 20 % w/v polyethylene glycol 600) using the hanging drop method with 500mL well ...詳細: RBCel1 in 20 mM NaPi pH 6.5 and cellobiose 1% , was mixed 2:2 with well buffer (100mM Tris HCl pH 6.0 with 20 % w/v polyethylene glycol 600) using the hanging drop method with 500mL well buffer in the well of the crystallization tray, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.386→49.26 Å / Num. all: 66287 / Num. obs: 64593 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 9.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 6112 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER(phenix.automr: 1.8.2_1309)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZJ

1gzj


解像度: 1.386→30.112 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 2 / 位相誤差: 14.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1489 5154 7.99 %INHERITED
Rwork0.124 ---
obs0.1263 64527 97.35 %-
all-64531 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.386→30.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2549 0 39 593 3181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1773860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0641079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3861-1.40180.1981790.1691834X-RAY DIFFRACTION88
1.4018-1.41830.2197960.13721979X-RAY DIFFRACTION96
1.4183-1.43560.19351080.13092016X-RAY DIFFRACTION95
1.4356-1.45380.1781150.12521978X-RAY DIFFRACTION97
1.4538-1.47290.1911180.11651977X-RAY DIFFRACTION95
1.4729-1.49310.15581340.1111975X-RAY DIFFRACTION97
1.4931-1.51440.16721280.10831970X-RAY DIFFRACTION96
1.5144-1.5370.1641390.10531982X-RAY DIFFRACTION97
1.537-1.56110.17571340.10431978X-RAY DIFFRACTION97
1.5611-1.58670.14521550.10811947X-RAY DIFFRACTION97
1.5867-1.6140.1521400.11352002X-RAY DIFFRACTION97
1.614-1.64340.13591710.10661951X-RAY DIFFRACTION97
1.6434-1.6750.16441700.11351968X-RAY DIFFRACTION97
1.675-1.70920.14921430.11651987X-RAY DIFFRACTION97
1.7092-1.74630.16081680.11111943X-RAY DIFFRACTION98
1.7463-1.78690.14261910.1171978X-RAY DIFFRACTION98
1.7869-1.83160.14451950.11411961X-RAY DIFFRACTION98
1.8316-1.88110.15841950.11721946X-RAY DIFFRACTION98
1.8811-1.93650.13691870.11531969X-RAY DIFFRACTION98
1.9365-1.9990.14862010.11941971X-RAY DIFFRACTION98
1.999-2.07040.16512060.11691965X-RAY DIFFRACTION98
2.0704-2.15330.13482110.12121960X-RAY DIFFRACTION98
2.1533-2.25120.1262360.11951957X-RAY DIFFRACTION98
2.2512-2.36990.14361730.12082006X-RAY DIFFRACTION99
2.3699-2.51830.15012150.12911983X-RAY DIFFRACTION99
2.5183-2.71260.14742070.13462007X-RAY DIFFRACTION99
2.7126-2.98540.16342270.14021995X-RAY DIFFRACTION99
2.9854-3.41680.14792120.13012039X-RAY DIFFRACTION99
3.4168-4.30290.12352360.12322042X-RAY DIFFRACTION99
4.3029-30.1190.1612640.14122107X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る