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- PDB-4m1z: Crystal structure of MycP1 with the N-terminal propeptide removed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1z
タイトルCrystal structure of MycP1 with the N-terminal propeptide removed
要素(Membrane-anchored mycosin mycp1) x 2
キーワードHYDROLASE / subtilisin-like / propeptide-removed / serine protease / ESX-1 system / membrane-anchored
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / protein processing / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system peptidase S8A, mycosin / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sun, D.M. / He, Y. / Wang, C.L. / Zang, J.Y. / Tian, C.L.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: The putative propeptide of MycP1 in mycobacterial type VII secretion system does not inhibit protease activity but improves protein stability.
著者: Sun, D.M. / Liu, Q. / He, Y. / Wang, C.L. / Wu, F.M. / Tian, C.L. / Zang, J.Y.
履歴
登録2013年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-anchored mycosin mycp1
B: Membrane-anchored mycosin mycp1
C: Membrane-anchored mycosin mycp1
D: Membrane-anchored mycosin mycp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7154
ポリマ－81,7154
非ポリマー00
水5,242291
1
A: Membrane-anchored mycosin mycp1
C: Membrane-anchored mycosin mycp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8582
ポリマ－40,8582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
B: Membrane-anchored mycosin mycp1
D: Membrane-anchored mycosin mycp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8582
ポリマ－40,8582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.311, 83.611, 98.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Membrane-anchored mycosin mycp1 / Peptidase S8 and S53 / subtilisin / kexin / sedolisin


分子量: 38626.934 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-422 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0083, MSMEI_0081 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QNL1, subtilisin
#2: タンパク質・ペプチド Membrane-anchored mycosin mycp1 / Peptidase S8 and S53 / subtilisin / kexin / sedolisin


分子量: 2230.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0083, MSMEI_0081 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QNL1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 63-402 IN THE CHAINS C AND D ARE DELETIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate, 20% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97906 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97906 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 33595 / Num. obs: 33595 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.912
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2.845 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KB5

4kb5


解像度: 2.25→37.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.548 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22183 1519 5 %RANDOM
Rwork0.16598 ---
obs0.1688 28885 91.45 %-
all-33595 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→37.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4742 0 0 291 5033
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9626656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8135649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34424.332187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10515650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7171531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0223807
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 69 -
Rwork0.172 1240 -
obs--55.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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