PDB-4m1j: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PvdQ in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m1j

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PvdQ in complex with a transition state analogue

要素

Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ subunit alpha
Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ subunit beta

キーワード

HYDROLASE / transition state analogue / heterodimer / acylase / boronic acid / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone acylase / pyoverdine biosynthetic process / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / quorum sensing / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wu, R. / Clevenger, K. / Er, J. / Fast, W.L. / Liu, D.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Rational Design of a Transition State Analogue with Picomolar Affinity for Pseudomonas aeruginosa PvdQ, a Siderophore Biosynthetic Enzyme.
著者: Clevenger, K.D. / Wu, R. / Er, J.A. / Liu, D. / Fast, W.

履歴

登録	2013年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m1j.cif.gz	308.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m1j.ent.gz	246.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wks-d 3sra-d 3src-d 5ubk-d 3srb-d 4bth-d 1l1l-3 4wkt-d 1l1l-2 4k2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ subunit beta

A: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ subunit alpha

ヘテロ分子

80.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.948, 166.433, 94.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ subunit beta / Acyl-HSL acylase PvdQ subunit beta / PvdQ NTN-hydrolase Acylase beta subunit 分子量: 60632.078 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 217-762 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2385, pvdQ, qsc112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ subunit alpha / Acyl-HSL acylase PvdQ subunit alpha / PvdQ NTN-hydrolase Acylase alpha subunit 分子量: 17993.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pvdQ, qsc112, PA2385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#3: 化合物	ChemComp-B0S / tridecylboronic acid 分子量: 228.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₉BO₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M HEPES, 80 mM rubidium chloride, 9% PEG4000, 20% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→97.841 Å / Num. all: 104451 / Num. obs: 103032 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.124
反射シェル	最高解像度: 1.699 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→41 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8749 / SU ML: 0.18 / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1878	5146	5 %	RODOM
R_work	0.1623	-	-	-
obs	0.1636	103012	98.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.32 Å² / B_iso mean: 29.4603 Å² / B_iso min: 11.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5521	0	136	598	6255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.286	7888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	832
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.753	2173

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6995-1.7188	0.3169	159	0.2899	2965	3124	91
1.7188-1.739	0.2786	168	0.2767	3218	3386	98
1.739-1.7602	0.2823	166	0.2703	3226	3392	99
1.7602-1.7825	0.3057	187	0.2629	3223	3410	98
1.7825-1.806	0.2745	148	0.2519	3240	3388	99
1.806-1.8307	0.2826	160	0.2359	3225	3385	99
1.8307-1.8569	0.2388	178	0.2231	3228	3406	99
1.8569-1.8846	0.2441	168	0.2079	3263	3431	99
1.8846-1.914	0.2339	166	0.1972	3235	3401	99
1.914-1.9454	0.2356	157	0.1983	3255	3412	99
1.9454-1.979	0.2164	177	0.1943	3239	3416	99
1.979-2.015	0.2383	176	0.205	3145	3321	96
2.015-2.0537	0.2711	173	0.2233	3064	3237	93
2.0537-2.0956	0.2024	190	0.1683	3232	3422	99
2.0956-2.1412	0.1796	185	0.1607	3274	3459	99
2.1412-2.191	0.1662	167	0.1558	3270	3437	99
2.191-2.2458	0.1942	178	0.1479	3253	3431	99
2.2458-2.3065	0.1985	167	0.1486	3262	3429	100
2.3065-2.3744	0.1735	172	0.1491	3293	3465	99
2.3744-2.451	0.2142	181	0.1551	3291	3472	100
2.451-2.5386	0.1945	202	0.1564	3243	3445	100
2.5386-2.6403	0.1914	150	0.1552	3337	3487	100
2.6403-2.7604	0.1731	181	0.1551	3272	3453	100
2.7604-2.9059	0.1802	171	0.1539	3333	3504	100
2.9059-3.088	0.1894	160	0.149	3316	3476	100
3.088-3.3263	0.1668	168	0.1444	3346	3514	100
3.3263-3.661	0.153	160	0.1432	3359	3519	100
3.661-4.1905	0.144	173	0.1336	3351	3524	100
4.1905-5.2786	0.1497	178	0.137	3395	3573	100
5.2786-48.9409	0.2024	180	0.1743	3513	3693	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7991	-0.3154	0.348	0.4498	-0.0838	0.74	0.04	-0.0875	-0.0947	-0.0006	0.0248	0.0977	0.1262	-0.1541	-0.0647	0.1309	-0.0391	0.0007	0.1509	0.0065	0.137	15.8021	32.9233	7.1449
2	1.0975	0.5113	0.8963	1.3715	0.7141	2.1431	0.0421	0.1818	-0.124	-0.2569	0.0577	0.056	0.2914	0.202	-0.1068	0.2833	0.0588	-0.0234	0.1596	-0.0172	0.1911	32.4442	17.3218	-6.0082
3	0.3711	0.2394	0.044	0.1631	0.0126	0.0356	0.1095	0.1288	-0.2058	-0.3646	0.3842	-0.0147	-0.1246	0.3379	-0.3561	0.4285	0.0535	-0.0521	0.2531	-0.0292	0.2768	41.7132	45.4798	31.0939
4	4.9092	-3.7405	-3.7406	4.7611	3.2808	6.5886	-0.1069	-0.2763	0.0768	0.2898	0.2309	-0.1474	0.401	0.4704	-0.0551	0.1449	0.0203	-0.0244	0.1818	-0.0168	0.1303	43.9525	30.1232	21.2276
5	1.4829	-0.8027	1.4535	1.3931	-1.2623	2.4439	-0.0415	0.0868	0.0988	-0.0624	-0.0447	-0.1003	-0.0551	0.1375	0.095	0.1323	-0.0315	0.0058	0.1496	-0.0101	0.1569	34.6133	45.8152	4.2624
6	3.2855	0.0183	0.4085	6.5076	-5.2442	4.5026	-0.1018	-0.3059	0.217	0.465	0.1299	0.2838	-0.9286	-0.3735	-0.0769	0.2014	0.02	-0.0111	0.2058	-0.0661	0.2218	22.1359	51.5211	15.2146
7	5.0777	0.0288	-2.7342	1.3753	0.4462	3.6076	-0.0177	-0.304	0.3321	0.1066	0.1043	-0.1296	-0.058	0.283	-0.125	0.1356	0.0011	-0.0345	0.1558	-0.0131	0.1557	42.0373	44.4985	15.8601
8	2.212	2.1834	-3.4628	2.3655	-2.6438	9.6259	0.1748	0.0628	0.5375	0.0225	0.0437	0.0205	-0.3994	0.1516	-0.1575	0.1644	-0.0461	-0.0347	0.2026	0.0029	0.2236	42.4489	50.8915	5.7971
9	2.6545	-0.3645	2.0139	1.0371	-0.1461	3.282	0.0574	0.1305	-0.007	-0.0047	-0.015	0.0667	-0.0069	0.0123	-0.0527	0.1383	0.0095	0.0293	0.168	0.0031	0.1656	20.8694	46.3782	0.3875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 218 through 528 )	C
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 529 through 764 )	C
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 28 through 33 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 34 through 49 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 50 through 106 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 107 through 120 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 150 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 151 through 158 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 159 through 192 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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