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万見
- PDB-4m1f: X-ray crystal structure of E. coli apo NrdF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1f
タイトルX-ray crystal structure of E. coli apo NrdF
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily ...Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of E. coli apo NrdF
著者: Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4751
ポリマ－36,4751
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9502
ポリマ－72,9502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area3610 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.511, 78.511, 267.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

21A-606-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta / R2F protein / Ribonucleotide reductase 2


分子量: 36475.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2676, JW2651, nrdF, ygaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37146, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97897
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97897 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.987 Å / Num. all: 34048 / Num. obs: 33502 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.673 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N37

3n37


解像度: 2→29.987 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.823 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1987 1704 5.1 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.1774 33502 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.9 Å2 / Biso mean: 29.2023 Å2 / Biso min: 17.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.36 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2295 0 0 238 2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022361
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.963216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7363.0015164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7725287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94724.821112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.15515400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0741510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02544
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 115 -
Rwork0.258 2253 -
all-2368 -
obs--96.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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